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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-10 11:09:05 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化频率不更新

本帖最后由 张晨阳 于 2022-10-12 10:02 编辑



各位老师好,在优化分子激发态时输出文件目前一直是这样,是怎么回事?


6)R`}B92R})V{VYIB_R_RC2.png (22.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

6)R`}B92R})V{VYIB_R_RC2.png

C[K0_7@%$OD8(5JQILU}E09.png (130.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

C[K0_7@%$OD8(5JQILU}E09.png

-S1.log

300.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2022-10-10 11:15:36 | 只看该作者 Only view this author
等着呗,急个啥……
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发表于 Post on 2022-10-10 14:34:05 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想分析化合物的芳香性、超极化率、UV-Vis光谱等性质随中心原子种类的变化情况,就是这四种:O, S, Se, Te,。但是Te是第五周期元素,我想使用赝势。
使用了赝势的结果和没有使用的结果可以相互比较吗?我之前的分析对比都是在相同泛函和基组下进行的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 14:40:42 | 只看该作者 Only view this author
张晨阳 发表于 2022-10-10 11:09
各位老师好,在优化分子激发态时输出文件目前一直是这样,是怎么回事?

这种事上传个输出文件一下子别人就清楚了
当前什么关键性信息都没体现,诸如计算级别、体系大小、用的核数等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 14:42:00 | 只看该作者 Only view this author
星纹c 发表于 2022-10-10 14:34
老师好,我想分析化合物的芳香性、超极化率、UV-Vis光谱等性质随中心原子种类的变化情况,就是这四种:O, S ...

可以,但是档次不能差太多,诸如S你用6-31G*,而Te你用lanl2DZ,就明显不合适,后者都没有d极化函数
如果希望描述精度尽可能一致,可以用def2系列基组
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 14:43:56 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-9 22:54
请问各位老师有没有对分子动力学的势能函数的选取查找之类的教程呢?最近想了解分子动力学但是发现势函数这 ...

几句话说不清楚,不同类型体系用的势函数/力场相差往往极大
可以直接描述你要算的体系,让别人给建议。要么就去搜和你研究的体系相同或相仿佛的文献,看他们都用什么力场。
当前帖子是专门回答量化问题的,以后分子动力学的问题去分子模拟板块发帖问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 14:46:39 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-9 11:37
我想问一下各位老师在算gaussian的时候有没有出现过他计算进程一直卡在一个步骤,然后我看文件的修改日期从 ...

带上#P重算一次,等10个小时,如果这次也是卡住,上传输出文件。没更多的细节别人没法判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 14:52:18 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-9 11:40
非常感谢sob老师百忙之中的细心回复!看过您的回复后还有两个问题想请教社长:

1. 请问如果能够判断二 ...

1 原则上可以自己摆,在此之前多看点pi-pi堆积的研究文章积累常识。
如果拿不准,可以把自己摆的初始结构贴出来让别人给你看看靠不靠谱、是否有必要做构型搜索
不用摆得太精确,毕竟还得做几何优化,会自发调节。

2 wB97XD是优化大共轭二聚体的首选之一,诸如我的18碳环的pi-pi堆积研究文章也是用的这个,看
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html
以及最近的我的研究工作:
18碳环与oligoparaphenylene (OPP)形成的新颖的双马达纳米转子复合物的量子化学和分子动力学研究:Zeyu Liu,* Xia Wang, Tian Lu,* et al., Novel dual-motor nanorotator assembled by cyclo[18]carbon and figure-eight carbon hoop, ChemRxiv (2022) DOI: 10.26434/chemrxiv-2022-lb0dt

CAM-B3LYP根本没法描述色散作用,算pi-pi堆积完全错误。M06-2X又慢又容易出虚频,强烈不推荐。
6-31G*做优化略low,可以重要地方用6-311G*,不重要地方用6-31G*
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-10 14:59:17 | 只看该作者 Only view this author
lr8616 发表于 2022-10-10 11:01
感谢卢老师回复!最开始计算没有用scf=conver=6,最后无法收敛,于是就加上了这一条,想着算完之后的结构 ...

你的几何优化已经收敛了,做freq的时候才出的报错,而且不是SCF不收敛,而是从第一步opt的任务读取来的满足scf=conver=6标准的收敛的波函数不满足freq时默认的SCF收敛限。用IOp的时候对于多步任务(如opt freq)仅对于第一步生效。你单独拿最后的结构做freq时,带着那些IOp并用guess=read,才能不出这种报错
然而,SCF=conver=6的收敛精度对于振动分析来说太糙了。
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发表于 Post on 2022-10-10 15:58:39 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想请教一下这个问题是什么原因?无论是什么结构都会这样,也没有明显的错误代码

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发表于 Post on 2022-10-10 16:10:17 | 只看该作者 Only view this author
张晨阳 发表于 2022-10-10 04:09
各位老师好,在优化分子激发态时输出文件目前一直是这样,是怎么回事?

频率计算的更新速度远慢于结构优化的更新速度,所以如果你熟悉了结构优化的输出文件更新频率,就会觉得频率计算卡了,其实没卡
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-10-10 16:27:15 | 只看该作者 Only view this author
sgcg1997 发表于 2022-10-10 15:58
老师您好,想请教一下这个问题是什么原因?无论是什么结构都会这样,也没有明显的错误代码

具体问题是什么?
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-10-10 16:43:35 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-10 16:27
具体问题是什么?

就是运行之后报错2070,然后out文件后面也没有明显的错误代码,只有如图所示的信息,新手小白无从下手,优化不同的化学结构也会出现同样的问题

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发表于 Post on 2022-10-10 16:45:59 | 只看该作者 Only view this author
sgcg1997 发表于 2022-10-10 16:43
就是运行之后报错2070,然后out文件后面也没有明显的错误代码,只有如图所示的信息,新手小白无从下手, ...

给出输入输出文件。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

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发表于 Post on 2022-10-10 16:55:19 | 只看该作者 Only view this author
@chands

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