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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-10-10 17:22:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-10-10 17:24 编辑

%mem给得太大,超出PC机内存,改小了可以运行。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-10-10 17:40:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-10 14:59
你的几何优化已经收敛了,做freq的时候才出的报错,而且不是SCF不收敛,而是从第一步opt的任务读取来的满 ...

感谢卢老师指点!我大概有点明白了,我再研究研究,谢谢您!

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发表于 Post on 2022-10-10 20:47:40 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-10 17:22
%mem给得太大,超出PC机内存,改小了可以运行。

感谢老师!改成default可以运行了!

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发表于 Post on 2022-10-10 20:55:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-10 14:42
可以,但是档次不能差太多,诸如S你用6-31G*,而Te你用lanl2DZ,就明显不合适,后者都没有d极化函数
如 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-10 22:12:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-10-10 22:13 编辑

老师们,对于图中的两种配合物,相同级别下考察了Co-O和Ni-O键的Mayer键级,显示Ni-O的比较大。我用CDA和ETS-NOCV分析,都定义了三个片段:配体,金属,五个水分子。计算了两个片段间金属与配体的电荷转移,显示配体向Ni转移的电荷量比向Co转移的多,这与键级的大小是否有一些联系?但是在ETS-NOCV分析中,总的轨道作用能,Co配合物比Ni配合物大很多,轨道相互作用,会造成电荷转移和电子极化,是因为Co配合物的电子极化程度较大吗?

1665410464940.jpg (119.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2022-10-10 22:43:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-10 14:46
带上#P重算一次,等10个小时,如果这次也是卡住,上传输出文件。没更多的细节别人没法判断

好的好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-11 09:32:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-10 16:10
频率计算的更新速度远慢于结构优化的更新速度,所以如果你熟悉了结构优化的输出文件更新频率,就会觉得频 ...

好的老师,我把时间加长,再等等

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发表于 Post on 2022-10-11 14:46:07 | 只看该作者 Only view this author
请问下卢老师,Gaussian做opt+freq时,想要提取上一步结构优化的中某一步继续优化时,是不是读取上一步优化的chk文件,然后关键词写geom(allcheck,step=n),读取第n步的结构与电荷、自旋多重度?

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发表于 Post on 2022-10-11 19:36:22 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下我在用赝势基组的时候我该怎么判断自旋呢?比如说我一个元素核外电子是80,我的赝势基组是75这种情况应该怎么判断呢?还有我想问一下各位老师我在自定义基组的时候如果我用了Genecp关键词但是我选用的是全电子基组但是没有定义赝势,这时候计算的结果会和其他条件一样只是用gen关键词计算的结果是一样的吗?

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发表于 Post on 2022-10-11 21:43:27 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问一个计算多步反应活化能时的相关问题,对于如图的一个两步反应,我希望计算第二步的能垒。我一共得到了三个IM的结构,一个是初期单独优化得到的结构(IM0),一个是从TS1跑irc并优化得到的产物结构(IM1),一个是从TS2跑irc并优化得到的原料结构(IM2)
目前能量上IM0 < IM1 < IM2 但区别不大,结构上主要是一些细微的构象区别。

请问第二步的能垒应该怎么计算?TS2-IM0可以吗?
另外如果探讨第一步放热时,是否可以用A-IM0?
谢谢!

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发表于 Post on 2022-10-11 22:36:09 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-11 12:36
各位老师我想问一下我在用赝势基组的时候我该怎么判断自旋呢?比如说我一个元素核外电子是80,我的赝势基组 ...

和普通判断自旋多重度的方法一样,只不过只数价电子里的自旋向上、向下的单电子数,而不考虑被赝化的电子。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-10-11 22:43:19 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-10-11 14:43
各位老师,请问一个计算多步反应活化能时的相关问题,对于如图的一个两步反应,我希望计算第二步的能垒。我 ...

最严格的做法是对A、TS1、IM、TS2、B都做构象搜索,确认没有遗漏能量更低的构象。因为从你计算结果来看IM的重要的构象可能很多,不能排除IM0仍然不是最稳定构象。然后按下一段“比较严格的做法”接着做。
比较严格的做法是,在TS1和TS2之间从左到右依次画IM1、IM0、IM2,其中如果你确定IM0、IM1、IM2之间是快平衡(而且你觉得审稿人也对此没有疑问),那么IM1和IM0、IM0和IM2之间可以直接用线连起来,否则还需要找IM1和IM0、IM0和IM2之间的过渡态。能垒、反应能之类的都以IM0为基准计算。
不那么严格的做法是只画IM0(前提仍然是确认IM0、IM1、IM2之间是快平衡)。注意如果只画一个构象,这个构象只能是IM0,因为只有这样才能保证不影响讨论总反应的动力学。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-10-11 23:01:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-11 22:36
和普通判断自旋多重度的方法一样,只不过只数价电子里的自旋向上、向下的单电子数,而不考虑被赝化的电子 ...

老师就是相当于先按电子填充规则填充好,只算后5个填充价电子的自旋吗?

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发表于 Post on 2022-10-11 23:14:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下有没有办法判断一个模型存不存在?我现在在算二价Co离子和偕胺肟的配位,在优化的时候一直SCF错,然后很多方法也试过了,结果都是SCF报错,我之前按自旋为4的时候可以优化出来,但是我想比较一下不同自旋的能量,所以想算一下自旋为2的时候的结构,结果一直SCF报错,按SCF不收敛贴子试了很多方法,现在用小一点的基组算输出文件在下面,请问各位老师这个输出文件里面能看出什么有用信息吗?

Co_AO2.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-12 01:18:59 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-11 23:14
各位老师我想问一下有没有办法判断一个模型存不存在?我现在在算二价Co离子和偕胺肟的配位,在优化的时候一 ...

不带极化函数优化根本没意义
都SCF不收敛了,还不代#P监控计算过程?
很多方法也试过了”这种描述没意义,根本没体现试过了什么。诸如novaracc对当前这种不带弥散函数的小基组基本没用。该说的下文都说了,没有可补充的
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61



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