计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

47

帖子

0

威望

401

eV
积分
448

Level 3 能力者

16726#
发表于 Post on 2022-10-12 23:30:23 | 只看该作者 Only view this author
请问老师TZVP和PVTZ是一个意思吗?我看cc-PVTZ和def2-TZVP都是3-zeta基组,所以有此问题。

1万

帖子

0

威望

9885

eV
积分
22129

Level 6 (一方通行)

16727#
发表于 Post on 2022-10-13 00:39:18 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-12 15:08
看到下面的文章在使用Gaussian09进行结构优化以后,直接对优化前后的晶体的晶格常数等进行了比较,有些疑惑 ...

高斯倒是能算晶体,只不过效率极其差,基本没人用。
不过我感觉更可能的是作者不仅用了高斯进行了一些计算,还用了其他的某种算周期性体系的程序,这里的晶体计算是用后者进行的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

201

帖子

0

威望

892

eV
积分
1093

Level 4 (黑子)

16728#
发表于 Post on 2022-10-13 08:55:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-12 21:24
你现在虽然用的是双齿配体,但是每个配体都是单齿配位的。如果你要研究的就是双齿配体的单齿配位,那就加 ...

好的谢谢老师,老师我想问一下你是怎么看出我这个结构的距离没有达到Co-N的正常配位键范围内的呢?是因为GV里面没有显示,还是说有什么判断的方法呢?

35

帖子

0

威望

89

eV
积分
124

Level 2 能力者

16729#
发表于 Post on 2022-10-13 08:56:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-13 00:39
高斯倒是能算晶体,只不过效率极其差,基本没人用。
不过我感觉更可能的是作者不仅用了高斯进行了一些计 ...

作者使用的是量子力学分块方法对热力学性质进行了计算,但具体我还没太明白,不知道这是否就是您说的周期性运算

35

帖子

0

威望

89

eV
积分
124

Level 2 能力者

16730#
发表于 Post on 2022-10-13 08:57:06 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-13 08:56
作者使用的是量子力学分块方法对热力学性质进行了计算,但具体我还没太明白,不知道这是否就是您说的周期 ...

这个我再继续学习一下

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16731#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 11:00:18 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-13 08:56
作者使用的是量子力学分块方法对热力学性质进行了计算,但具体我还没太明白,不知道这是否就是您说的周期 ...

Gaussian直接支持PBC计算,三维PBC效率极低
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16732#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 11:00:47 | 只看该作者 Only view this author
cxh19990601 发表于 2022-10-12 23:30
请问老师TZVP和PVTZ是一个意思吗?我看cc-PVTZ和def2-TZVP都是3-zeta基组,所以有此问题。
是cc-pVTZ不是cc-PVTZ
p和P都体现已经带了极化函数,VTZ和TZV都体现是价层3-zeta
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16733#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 11:05:46 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-12 22:08
看到下面的文章在使用Gaussian09进行结构优化以后,直接对优化前后的晶体的晶格常数等进行了比较,有些疑惑 ...

截图里没体现是Gaussian计算的
Gaussian的PBC功能算这种分子晶体几乎根本算不动。应当用CP2K
此文的描述很不科学,分子孤立状态下能量最低构象跟晶体状态中的结构往往不对应、有很大差异,此文都没区分清楚。看下文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9885

eV
积分
22129

Level 6 (一方通行)

16734#
发表于 Post on 2022-10-13 15:24:19 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-13 01:56
作者使用的是量子力学分块方法对热力学性质进行了计算,但具体我还没太明白,不知道这是否就是您说的周期 ...

是否用分块方法和是否是周期性运算没有必然联系
关键在于作者是把一个无穷大的体系分成无穷多个块算的,还是把一个有限大的体系分成有限多个块算的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

29

帖子

0

威望

3306

eV
积分
3335

Level 5 (御坂)

16735#
发表于 Post on 2022-10-13 19:41:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 primashen 于 2022-10-14 09:29 编辑

锌配合物优化原子挤成一堆,不收敛。
初始结构直接采用晶体结构,中心金属二价锌离子,两个羧酸根配体鳌合配位,还有两个水分子配体。泛函B3PW91(也尝试了b3lyp,pbe0),CHO使用6-31G*基组,二价Zn离子使用Lanl2DZ,电荷0,自旋多重度1或3。
SCF不收敛尝试了Sob博文中提到的方法,都不见收敛,且原子挤成一堆,不知该如何完成配合物该优化。谢谢各位老师。

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16736#
发表于 Post on 2022-10-13 19:56:36 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2022-10-13 19:41
锌配合物优化原子挤成一堆,不收敛。
初始结构直接采用晶体结构,中心金属二价锌离子,两个羧 ...

自旋多重度如何是3?配体有开壳吗?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

29

帖子

0

威望

3306

eV
积分
3335

Level 5 (御坂)

16737#
发表于 Post on 2022-10-13 20:21:27 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-13 19:56
自旋多重度如何是3?配体有开壳吗?

是我考虑错了,羧酸配体电荷-1,配体应该也是闭壳的,Zn2+ d10构型,配合物应该是电中性、单重态。单重态同样遇到锌周围原子挤成一堆,不收敛。

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16738#
发表于 Post on 2022-10-13 20:28:35 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2022-10-13 20:21
是我考虑错了,羧酸配体电荷-1,配体应该也是闭壳的,Zn2+ d10构型,配合物应该是电中性、单重态。单重态 ...

方便贴出输入输出文件吗?
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

29

帖子

0

威望

3306

eV
积分
3335

Level 5 (御坂)

16739#
发表于 Post on 2022-10-13 20:32:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 primashen 于 2022-10-13 20:37 编辑
chands 发表于 2022-10-13 20:28
方便贴出输入输出文件吗?
关键词行加 SCF(novaracc,noincfock)后出现,后又使用了笛卡尔坐标,还是不行

file:///C:/Users/asus/Desktop/QQ截图20221013203107.pngGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle     2 -     1 -    25
Tors failed for dihedral    25 -     1 -     2 -     8
Tors failed for dihedral     2 -     1 -    25 -    26
Tors failed for dihedral     2 -     1 -    25 -    27
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g16/l103.exe at Sun Oct  9 10:28:18 2022.
Job cpu time:       0 days 18 hours 42 minutes 46.1 seconds.
Elapsed time:       0 days  1 hours 23 minutes  7.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     83 Int=      0 D2E=      0 Chk=     15 Scr=      1



QQ截图20221013203107.png (82.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

QQ截图20221013203107.png

1万

帖子

0

威望

9885

eV
积分
22129

Level 6 (一方通行)

16740#
发表于 Post on 2022-10-13 21:49:34 | 只看该作者 Only view this author
primashen 发表于 2022-10-13 13:32
关键词行加 SCF(novaracc,noincfock)后出现,后又使用了笛卡尔坐标,还是不行

GradGradGradGradGradGrad ...

FormBX had a problem表示程序用的还是内坐标,且因为三原子共线导致结构优化失败。原因是当用GDIIS时,即使指定笛卡尔坐标,程序也自动改用内坐标。解决方法是去掉GDIIS。
截图的问题是SCF不收敛,但是结合你贴出的结构,原子都挤在Zn附近判断,最可能的原因是你输入文件里赝势没指定对。仔细对照http://sobereva.com/60检查输入文件格式,包括空行的数量和位置都不能错
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 17:06 , Processed in 0.175710 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list