计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

89

eV
积分
124

Level 2 能力者

16741#
发表于 Post on 2022-10-13 22:59:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-13 15:24
是否用分块方法和是否是周期性运算没有必然联系
关键在于作者是把一个无穷大的体系分成无穷多个块算的, ...

wzkchem5老师您好,刚看到您这篇回帖,目前看到两篇学位学位论文通过分块对分子晶体展开了讨论,都是将有限大的体系来进行分块,他们分别以单个晶胞、单个分子作为一个分块,文章中的相关描述见附图。我现在能计算不考虑分子间相互作用时分子的能量,对分块情况有了大致的了解,但是具体怎么将这些相互作用在Gaussian中如何进行操作还不是很明白,不知您是否有什么建议或者恳请您指点一下。第一篇:[1]罗鸿远. 基于计算机模拟技术的药物分子奥氮平多晶型研究[D].上海交通大学,2020.DOI:10.27307/d.cnki.gsjtu.2020.001154.



第二篇:[2]石曼. 基于分块量子化学方法的分子晶体NMR化学位移计算[D].华东师范大学,2021.DOI:10.27149/d.cnki.ghdsu.2021.000870.



谢谢wzkchem5老师。

1万

帖子

0

威望

9885

eV
积分
22129

Level 6 (一方通行)

16742#
发表于 Post on 2022-10-14 02:28:06 | 只看该作者 Only view this author
Kayla1488 发表于 2022-10-13 15:59
wzkchem5老师您好,刚看到您这篇回帖,目前看到两篇学位学位论文通过分块对分子晶体展开了讨论,都是将有 ...

真空里的单体、二体能量你肯定会算,至于怎么加背景电荷,看http://sobereva.com/579
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

29

帖子

0

威望

3306

eV
积分
3335

Level 5 (御坂)

16743#
发表于 Post on 2022-10-14 09:30:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-13 21:49
FormBX had a problem表示程序用的还是内坐标,且因为三原子共线导致结构优化失败。原因是当用GDIIS时, ...

谢谢老师,已经收敛,是赝势没有设置合适。

85

帖子

0

威望

1463

eV
积分
1548

Level 5 (御坂)

16744#
发表于 Post on 2022-10-14 09:58:48 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我想计算RESP电荷,我可以在B3LYP/6-31G*下优化,之后再用B3LYP/6-311G**算单点来得到RESP电荷么?(因为我之前已经对我的结构用B3LYP/6-31G*优化过了,不是很想重新优化,但不知道最终得到的结构可靠么?)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16745#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 11:00:18 | 只看该作者 Only view this author
liang666 发表于 2022-10-14 09:58
请问老师,我想计算RESP电荷,我可以在B3LYP/6-31G*下优化,之后再用B3LYP/6-311G**算单点来得到RESP电荷么 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

89

eV
积分
124

Level 2 能力者

16746#
发表于 Post on 2022-10-14 11:19:52 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-14 02:28
真空里的单体、二体能量你肯定会算,至于怎么加背景电荷,看http://sobereva.com/579

谢谢wzkchem5老师 您分享的这篇帖子真的太详细了,我会认真学习的。

85

帖子

0

威望

1463

eV
积分
1548

Level 5 (御坂)

16747#
发表于 Post on 2022-10-14 11:24:50 | 只看该作者 Only view this author

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16748#
发表于 Post on 2022-10-14 11:34:53 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,在扫描图片1里这个双自由基的二面角时候,遇到New curvilinear step not converged.Error imposing constraints报错,观察每一步的二面角度数变化,发现他并没有按照10°的增幅变化,例如第一/二个点度数由-58.78883变为-87.20056(图2),请问这是“步子扯得太大”的问题吗?谢谢老师

202210141134029883..png (60.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1

1

202210141134185476..png (115.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

2

2

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16749#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 12:19:08 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 11:34
请教各位老师,在扫描图片1里这个双自由基的二面角时候,遇到New curvilinear step not converged.Error im ...

为什么扫4-1-2-3,扫4-3-2-1多好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

201

帖子

0

威望

892

eV
积分
1093

Level 4 (黑子)

16750#
发表于 Post on 2022-10-14 12:47:22 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想请问一下,我怎么可以让Gaussian的输出文件里面显示电子占据轨道,并显示这个轨道是成键还是反键轨道呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

16751#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 13:48:55 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-10-14 12:47
各位老师我想请问一下,我怎么可以让Gaussian的输出文件里面显示电子占据轨道,并显示这个轨道是成键还是反 ...

如果是指看轨道图形,看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

对多原子体系,轨道是算成键还是反键轨道看具体语境。诸如非占据的pi轨道,往往用pi*表示,并称为反pi轨道,但实际上这样的轨道如果被占据的话,可能对于有的键会加强、对有的键会削弱(看此轨道在相应原子间的分布判断),因此又不是完全的反键轨道。
对于特定的键而言,哪些轨道起成键作用、反键作用,可以用Multiwfn令原子间Mulliken重叠布局分解为轨道贡献考察,看下文相应部分
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

39

eV
积分
48

Level 2 能力者

16752#
发表于 Post on 2022-10-14 14:25:12 | 只看该作者 Only view this author

请问在量子化学中怎么判断体系单电子数啊

请问在量子化学中怎么判断体系单电子数啊

1万

帖子

0

威望

9885

eV
积分
22129

Level 6 (一方通行)

16753#
发表于 Post on 2022-10-14 14:27:01 | 只看该作者 Only view this author
画出最优共振式,然后一个一个数里面有几个代表自由基的点
至于怎么画共振式,这是最基础的化学常识(不属于计算化学范畴了),自己查
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16754#
发表于 Post on 2022-10-14 14:36:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 12:19
为什么扫4-1-2-3,扫4-3-2-1多好

老师您好,我没有注意,直接在gaussview里选了四个原子,所以二面角和顺序也是有关系的吗?我换成3321试一下

1016

帖子

0

威望

2126

eV
积分
3142

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16755#
发表于 Post on 2022-10-14 15:24:18 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-14 14:36
老师您好,我没有注意,直接在gaussview里选了四个原子,所以二面角和顺序也是有关系的吗?我换成3321试 ...

有关系,如果是4-3-2-1,那么4-3-2是一个平面,3-2-1是另一个平面,3-2是两平面交线,想象两个平面相交张成一个二面角。如果是4-1-2-3就是另一回事了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 17:06 , Processed in 0.194007 second(s), 27 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list