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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-21 20:45:50 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-21 14:17
只要SCF波函数是稳定的,就可信

老师,怎么看IRC计算任务的波函数是否稳定呢?我用关键词 stable并且 guess=read读取IRC计算的.chk文件测试可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-21 20:48:25 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 20:45
老师,怎么看IRC计算任务的波函数是否稳定呢?我用关键词 stable并且 guess=read读取IRC计算的.chk文件测 ...

可以。注意这是对IRC最后一个点而言的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-21 20:49:20 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,环丙烷氢提取反应计算的IRC曲线反应物一侧端点结构优化后,进一步扫描图中的1-4-10键角之后,与文献结构仍有较大差异(B4-10:4.79556 vs 文献3.07308;A1-4-10:127 vx文献120);因为当前的键角127是我初步扫描曲线的最低点,所以如果想更接近文献结构,固定该键角扫描键长可以吗?或者老师们认为通过扫描获取较稳定结构的话怎么设置合理呢?谢谢

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发表于 Post on 2022-10-21 20:58:43 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 13:49
请教各位老师,环丙烷氢提取反应计算的IRC曲线反应物一侧端点结构优化后,进一步扫描图中的1-4-10键角之后 ...

B4-10比文献长得太多了,估计是因为和文献理论级别不统一,比如忘加色散校正了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-10-21 21:00:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-21 20:48
可以。注意这是对IRC最后一个点而言的

老师,再追问一下,①我用输出文件里最后一个SCF Done后的能量在IRC曲线上找,发现他是产物一侧的端点结构,那么我做的IRC对应的最后一个点就是产物一侧的结构。这样的话如果结果稳定,是不是也不能表示IRC计算的SCF波函数稳定呢?②如果在IRC计算的时候就输入关键词SCF=QC stable,这样是不是每一步的波函数稳定性都会判断?

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发表于 Post on 2022-10-21 21:04:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-21 20:58
B4-10比文献长得太多了,估计是因为和文献理论级别不统一,比如忘加色散校正了

老师我用的是um062x 6-311**,所以没加。文献是MP2 cc-pVTZ;

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发表于 Post on 2022-10-21 21:29:20 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 14:04
老师我用的是um062x 6-311**,所以没加。文献是MP2 cc-pVTZ;

那可以检查一下是不是格点太粗糙了,M06-2X对格点很敏感,如果格点不够大,势能面会坑坑洼洼的,可能你的分子会陷在一个小坑里
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-21 22:20:15 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-10-21 19:41
老师们,晚上好,请教个问题,这是输入文件和输出的截图(文件太大,传不上来),第一次没有opt=maxcycle=2 ...

都已经给你合并到这个答疑专贴里了,你又重新发个新帖子干嘛?
过于简单初级的问题不要单独发主贴,避免拉低论坛帖子平均水准。初级问题一律在这里以跟帖方式提问。别人早就回复过你了,好好看16853和16854楼
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发表于 Post on 2022-10-22 08:15:54 | 只看该作者 Only view this author
好,第一次,现在知道了,我以为帖子没了又发了一遍,谢谢老师们的指导

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发表于 Post on 2022-10-22 08:21:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-21 19:45
你贴的输出文件部分不包含有效的报错信息。仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html,了解怎 ...

好的,谢谢老师的指导

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发表于 Post on 2022-10-22 08:22:51 | 只看该作者 Only view this author
wxsxjj 发表于 2022-10-21 19:48
向上检索  Optimization stop 得到opt stop原因
不如先去看李大博士整理的帖子(http://bbs.k ...

好的,谢谢老师的指导

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发表于 Post on 2022-10-22 08:57:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-21 15:53
按http://sobereva.com/278的方法消虚频,如果消不掉,说明是数值误差问题,把优化收敛限设严、格点加大 ...

#p opt=(tight,recalc=5) freq um062x 6-311g(d,p) nosymm收敛,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-22 11:12:37 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,对于图片里的①环丙烷氢提取反应 cC3H6 + O = cC3H5 + OH 的高压极限速率常数HPL如何计算呢?②因为第一步涉及无能垒的反应前复合物RC-abs的形成,所以高压极限速率常数HPL的计算需要用变分过渡态理论吗?③文献里该反应的HPL计算 “ The high-pressure limiting (HPL) rate constants were calculated by conventional transition state theory (TST) over a temperature range of 500–2000 K.  ” 以及“All rate constant calculations were carried out by the KiSThelP2019 program ”,作者的意思是直接采用kisthelp里的双分子反应,输入过渡态的.kinp/.out文件、环丙烷和H原子的.out文件计算吗?麻烦老师们看看,谢谢

202210221048106351..png (56.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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发表于 Post on 2022-10-22 12:09:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2022-11-7 11:15 编辑

各位大佬老师好,关于Gview6默认的自旋多重度问题,要请教各位。

我的分子式为:C46 H46 N2 O4 Br2,虽然是季铵盐,但很明显体系的电子数是偶数,但是导入Gview里后,默认的自旋多重度只有2,4等等可以选择,都没有1这个选项。所以有两个问题想请教各位:

1. 会让Gview默认我输入的分子自旋多重度为2,是因为我在绘制结构亦或是其他地方出了问题吗?

2. 如果只是Gview自身默认的情况不准确,我是否可以或者说必须在gjf文件里将“0 2”改成“0 1”呢?

谢谢各位!

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-10-22 12:41:19 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-22 12:09
各位大佬老师好,关于Gview6默认的自旋多重度问题,要请教各位。

我的分子式为:C46 H46 N2 O4 Br2,虽 ...

这种情况多半是什么地方多H或缺H,如果你改成 0 1,Gaussian马上说电荷数和自旋多重度不配,马上报错。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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