计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125151

管理员

公社社长

16906#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 17:10:28 | 只看该作者 Only view this author
yuchen230 发表于 2022-10-20 17:00
萌新问下声子谱的问题,我用的vasp+phonopy用冷冻声子法计算的声子谱,出现了很多虚频带,请问还有救嘛,结 ...

不属于量子化学问题
去第一性原理版问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

458

帖子

0

威望

1713

eV
积分
2171

Level 5 (御坂)

16907#
发表于 Post on 2022-10-20 17:36:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-20 17:10
1. 不要看GaussView默认的电荷和自旋多重度,GaussView总是默认电荷=0,然后如果电子数是奇数的话自旋多 ...

感谢老师的回答,基于您的回复,我还想追问几个问题:

1. Gview里的电荷是指的体系电荷对吗?也就是说阴阳子都包含的整体为电中性,那么我应选择的电荷数就是0请问这样理解是否正确呢?还是说我的季铵盐里,有机的部分带多少电荷我就应该选设置电荷为几呢?

2. 我如果是在溶剂=水的体系里优化季铵盐(阴离子为溴),那么我选择6-31+G*就相当于只对分子局部(重原子)加了弥散对吗?那针对这个加了弥散优化好的结果,计算单点能时是否依然需要加弥散呢?

再次感谢老师为我们解惑!

5

帖子

0

威望

81

eV
积分
86

Level 2 能力者

16908#
发表于 Post on 2022-10-20 17:56:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 17:10
不属于量子化学问题
去第一性原理版问

好的,谢谢老师,我重新发一下

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

16909#
发表于 Post on 2022-10-20 18:14:09 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-20 10:36
感谢老师的回答,基于您的回复,我还想追问几个问题:

1. Gview里的电荷是指的体系电荷对吗?也就是说 ...

1. 对,总电荷,即使你的体系里不止一个分子/离子,也是总电荷。
2. 对,单点加弥散的必要性甚至比结构优化加弥散的必要性还要大。不过你可以只对Br加弥散,节省计算时间
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

458

帖子

0

威望

1713

eV
积分
2171

Level 5 (御坂)

16910#
发表于 Post on 2022-10-20 20:35:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2022-10-20 20:46 编辑
wzkchem5 发表于 2022-10-20 18:14
1. 对,总电荷,即使你的体系里不止一个分子/离子,也是总电荷。
2. 对,单点加弥散的必要性甚至比结构 ...

感谢老师!!关于这个的最后一个问题是:
我有必要直接写上int=superfine来预防加了弥散后的可能的难以/无法收敛吗?还是说没必要在没算过的时候就加,除非无法收敛报错,否则没必要上来就加呢?

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

16911#
发表于 Post on 2022-10-20 21:44:47 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-20 13:35
感谢老师!!关于这个的最后一个问题是:
我有必要直接写上int=superfine来预防加了弥散后的可能的难以/ ...

个人觉得没必要。可以先挑一个最难收敛的体系不加int=superfine计算,如果收敛困难,就加上int=superfine,并且以后算其他分子都加;如果收敛没问题,就统一不加int=superfine
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16912#
发表于 Post on 2022-10-21 08:32:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 16:13
没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的 ...

不好意思老师,我昨天看错了,以为您让我单独发个帖子,谢谢您删除

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16913#
发表于 Post on 2022-10-21 08:36:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 16:13
没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的 ...

老师,我重新在原贴上传了计算的输入、输出文件、麻烦您看看。昨天看错了,以为您回复我最好单独发个帖子,不好意思。

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16914#
发表于 Post on 2022-10-21 08:54:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-10-21 08:56 编辑
sobereva 发表于 2022-10-20 16:13
没你的具体out文件不好判断
如果那个点一下子突越到了本应该是最后一个点的位置,可能gview或Gaussian的 ...

看了老师适合nosymm的情况:优化、扫描、对称破缺。我把优化时候的方法直接复制过来,没有删掉nosymm,我去掉nosymm之后结尾显示SCF不收敛。尝试了几个办法,其中您不支持的SCF=QC能显示正常的IRC。老师,请问加了SCF=QC的IRC可信吗?

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

16915#
发表于 Post on 2022-10-21 14:17:25 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 01:54
看了老师适合nosymm的情况:优化、扫描、对称破缺。我把优化时候的方法直接复制过来,没有删掉nosymm,我 ...

只要SCF波函数是稳定的,就可信
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16916#
发表于 Post on 2022-10-21 15:32:01 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我计算了环丙烷H提取反应的IRC,并且取其反应物一侧曲线的端点结构进行结构优化,但是优化结束的结构出现了两个虚频。相应的输入输出文件在附件里(RC-H指的是端点结构优化的输入/输出文件),可以请老师们看看问题出在哪里吗?

202210211525141200..png (51.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

IRC

IRC

202210211530545105..png (57.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

反应前复合物RC

反应前复合物RC

appendix.zip

364.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

16917#
发表于 Post on 2022-10-21 15:53:04 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-21 08:32
老师们好,我计算了环丙烷H提取反应的IRC,并且取其反应物一侧曲线的端点结构进行结构优化,但是优化结束的 ...

http://sobereva.com/278的方法消虚频,如果消不掉,说明是数值误差问题,把优化收敛限设严、格点加大后再试
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

78

帖子

0

威望

252

eV
积分
330

Level 3 能力者

16918#
发表于 Post on 2022-10-21 19:41:31 | 只看该作者 Only view this author

结构优化,程序报错

老师们,晚上好,请教个问题,这是输入文件和输出的截图(文件太大,传不上来),第一次没有opt=maxcycle=291,结果程序报错,有l9999的错误,加了之后结果和正常的格式都不一样,请教一下,研一学生,可能问的问题比较白痴,老师们,多多包涵!

202210211936103115..png (93.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202210211936103115..png

WF2O-C2H2.gjf

5.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

1万

帖子

0

威望

9876

eV
积分
22118

Level 6 (一方通行)

16919#
发表于 Post on 2022-10-21 19:45:15 | 只看该作者 Only view this author
你贴的输出文件部分不包含有效的报错信息。仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html,了解怎么找实际的报错信息在哪,然后按对应的方法解决,如果这篇文章的方法没法解决你的报错,再来问
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

98

帖子

1

威望

1942

eV
积分
2060

Level 5 (御坂)

16920#
发表于 Post on 2022-10-21 19:48:37 | 只看该作者 Only view this author
向上检索  Optimization stop 得到opt stop原因
不如先去看李大博士整理的帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
能解决绝大多数问题了
而且使用MP2做构型优化有些自取其辱了,优化也没必要aug-cc-pVTZ级别
谈谈量子化学中基组的选择 http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 http://sobereva.com/60

计算化学公社有无数适合新手的帖子,好好看一下。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 08:07 , Processed in 0.259333 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list