计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

149

eV
积分
166

Level 3 能力者

16906#
发表于 Post on 2022-10-25 19:45:28 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian安装后运行出现无报错中断,如何调整

本帖最后由 ydeyun 于 2022-10-25 20:03 编辑

大家好,我在centos系统中安装Gaussian,按照以下步骤安装的,首次运行时出现了无报错中断,运行中断处结果如下图所示,请问出现这种情况的原因,感谢!




202210251949511843..png (86.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202210251949511843..png
路虽远行则将至,事虽难做则必成

18

帖子

0

威望

131

eV
积分
149

Level 2 能力者

16907#
发表于 Post on 2022-10-25 21:04:28 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-25 14:36
segmentation violation有很多原因。比如内存溢出,比如访问了不存在的分区,诸如此类。这个得慢慢查。

谢谢老师指导!

17

帖子

0

威望

366

eV
积分
383

Level 3 能力者

16908#
发表于 Post on 2022-10-26 12:12:30 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,最近在计算一个过渡金属-有机小分子配体形成的配合物对CO分子的配位过程
这个反应在100 oC, 1个大气压下进行,
相关实验结果表明这个过程应该是放热过程,即CO配位后的配合物较吸附前更稳定。

我通过分别计算CO配位后的分子结构,以及分别优化未配位CO的配合物以及CO的结构,通过两者的差值分别得到了zpe校正的能量deltaE和自由能deltaG。
现在deltaE显示是放热过程,但deltaG是吸热过程,且两者相差较大
我发现主要是因为单个CO分子中对吉布斯自由能的校正是一个负数。
请问这种情况下可以用zpe校正后的电子能量进行讨论吗?
还有请问会让CO的自由能矫正为负数的原因是什么?

谢谢各位老师

1016

帖子

0

威望

2096

eV
积分
3112

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16909#
发表于 Post on 2022-10-26 13:44:18 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-10-26 12:12
各位老师好,最近在计算一个过渡金属-有机小分子配体形成的配合物对CO分子的配位过程
这个反应在100 oC, 1 ...

不了解你的体系,你的反应是气相、液相、非均相?
另外,等温等压体系下的放/吸热是焓变。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

2

帖子

0

威望

189

eV
积分
191

Level 3 能力者

16910#
发表于 Post on 2022-10-26 13:50:04 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我最近在TDDFT下计算了Er3+离子团簇的UV-Vis光谱。
泛函使用的是PBE0,对Er3+以外的原子使用6-31G**基组,对Er3+使用SDD赝势中的大核赝势MWB57及其标配基组,计算出的光谱与实验光谱符合得还可以。
但我有一个疑问是:稀土离子的发光通常是由4f-4f跃迁产生的,而在MWB57赝势中,4f电子是被赝化的,那么请问这种计算方式是否合理呢?
谢谢各位老师!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

16911#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 14:37:23 | 只看该作者 Only view this author
warfarin 发表于 2022-10-26 13:50
各位老师好,我最近在TDDFT下计算了Er3+离子团簇的UV-Vis光谱。
泛函使用的是PBE0,对Er3+以外的原子使用6 ...

不合理,需要用小核赝势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

16912#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 14:39:29 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-10-26 12:12
各位老师好,最近在计算一个过渡金属-有机小分子配体形成的配合物对CO分子的配位过程
这个反应在100 oC, 1 ...

讨论吸热放热用焓变,讨论热力学自发性用自由能变。deltaG对应的不是吸热放热。都是物理化学知识
“zpe校正的能量deltaE” 对应的是0K下内能变化,没实际意义,实际又不是在0K下发生的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

366

eV
积分
383

Level 3 能力者

16913#
发表于 Post on 2022-10-26 14:48:25 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-26 13:44
不了解你的体系,你的反应是气相、液相、非均相?
另外,等温等压体系下的放/吸热是焓变。

是气液两相体系,催化剂溶于溶剂中。
除了放热外,对体系进行原位检测也发现在反应条件下只有CO配位后的配合物。
请问这种情况可以用焓变来讨论吗

1016

帖子

0

威望

2096

eV
积分
3112

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

16914#
发表于 Post on 2022-10-26 15:01:53 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-10-26 14:48
是气液两相体系,催化剂溶于溶剂中。
除了放热外,对体系进行原位检测也发现在反应条件下只有CO配位后的 ...

可以(而且应该)用焓变讨论。
注意过渡金属可能也与溶剂分子配位,另外CO与配合物的反应估计是配体交换反应(交换出有机小分子或者溶剂小分子),我猜大概是CO与金属离子的作用很强导致放热。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

16915#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 15:29:44 | 只看该作者 Only view this author
ydeyun 发表于 2022-10-25 19:45
大家好,我在centos系统中安装Gaussian,按照以下步骤安装的,首次运行时出现了无报错中断,运行中断处结果 ...

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

93

帖子

1

威望

1399

eV
积分
1512

Level 5 (御坂)

16916#
发表于 Post on 2022-10-26 16:22:06 | 只看该作者 Only view this author
老师们,请教一下,Irfanview是不是可以批量去白边啊?大概怎么操作?自己鼓捣了一阵不得要领。

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

16917#
发表于 Post on 2022-10-26 17:08:33 | 只看该作者 Only view this author
请教老师们,standard enthalpy of activation (Δ⧧H°298)指的是TS与反应物的H(298)之差吗?

17

帖子

0

威望

149

eV
积分
166

Level 3 能力者

16918#
发表于 Post on 2022-10-26 20:01:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-26 15:29
Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能 ...

非常感谢社长,问题已经解决。最开始的服务器用的是CentOS Linux release 7.8.2003系统,gaussian的版本是Gaussian_16_C01_AVX_Linux_x64,发现会无报错停止。然后我换用G09_D01版本的Gaussian在相同的服务器上,发现可以正常运行了。同时我将Gaussian_16_C01_AVX_Linux_x64装在另外一台CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)系统的服务器上,发现也可以正常运行。感觉应该是版本和系统兼容性的问题。
路虽远行则将至,事虽难做则必成

141

帖子

0

威望

507

eV
积分
648

Level 4 (黑子)

16919#
发表于 Post on 2022-10-26 21:10:26 | 只看该作者 Only view this author
想请问下老师,最近想用gromacs做溶剂盒子的分子动力学模拟,用packmol生成了溶剂盒子,想用sobbtop产生top文件,但是溶剂盒子分子数过大,很难用gussian优化得到chk文件,这个时候是只能选择用gromacs自带的solvate-box命令去做溶剂盒子吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

16920#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-27 05:06:59 | 只看该作者 Only view this author
sxh3231796 发表于 2022-10-26 21:10
想请问下老师,最近想用gromacs做溶剂盒子的分子动力学模拟,用packmol生成了溶剂盒子,想用sobbtop产生top ...

记住Gaussian、sobtop怎么拼

显然不可能直接用Gaussian算整个溶剂盒子,sobtop产生拓扑文件、Gaussian计算波函数文件,此语境下都是对单分子而言的。

产生溶剂盒子结构和产生拓扑文件完全是两码事。先理清楚思路

以后分子动力学的问题不要发到本帖里问,应当发到分子模拟板块
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 14:56 , Processed in 0.996551 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list