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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-27 20:30:18 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-27 10:49
不知具体计算过程,但是要注意,
据之前的帖子过渡金属配合物是在溶液里,CO是气态,CO是溶在溶液里参加 ...

老师好,反应是在CO一个大气压下进行,CO是气态但没有鼓泡,但溶液进行搅拌,因为整个金属配合物是在溶液里,猜测反应是CO溶解在溶液里参与反应。反应过程中CO没有不断通入,但是因为是大过量应该反应前后变化可以忽略。在反应条件下,平衡右移反应完全

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发表于 Post on 2022-10-27 22:24:52 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我在计算石墨炔表面吸附Pd原子的结合能的问题中,采用公式E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) 进行结合能计算。在用gaussian对AB,A和B分别进行opt+freq计算后,得到的能量有以下几个:

Electronic Energy (EE)
Sum of electronic and zero-point Energies
Sum of electronic and thermal Energies
Sum of electronic and thermal Enthalp
Sum of electronic and thermal Free Energies

请问:
1.代入公式的E具体要用这5个能量中的哪个来代入呢?
2.是否需要进行BSSE校正呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 06:38:17 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2022-10-27 15:11
想请教一下各位老师,我在用gaussian优化季铵盐分子(基态)时(N+是吡啶盐,阴离子是溴),使用cam-b3lyp/ ...

这不说明什么,也不需要刻意理解什么
Br-显然应该带弥散函数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 06:40:55 | 只看该作者 Only view this author
Mary 发表于 2022-10-27 22:24
老师好,我在计算石墨炔表面吸附Pd原子的结合能的问题中,采用公式E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) 进 ...

QQ群里已经问了,干嘛在这里又问一遍?



群里我都明确回复了
和现实中的结合倾向性相对应,用自由能
怎么算自由能好好看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html


用个足够大的基组,不用counterpoise考虑BSSE
仔细看
计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的
http://sobereva.com/381http://bbs.keinsci.com/thread-6047-1-1.html

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发表于 Post on 2022-10-28 10:19:23 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,我对环丁烷双自由基进行键长的柔性扫描,以寻找生成两分子乙烯的过渡态,输入文件如图。但是想到之前sob老师在柔性扫描例子5.6里提到“由于涉及到共价键断裂,所以关键词必须用guess(mix,always),让每一步都产生对称破缺初猜波函数,使得扫描到已经对应双自由基状态的结构时,波函数能够收敛到双自由基状态(但是否确实能够奏效,还需要之后再考察输出信息)”,使用的是相应的“# UM062X/6-31G* guess(mix,always) opt=modredundant pop=always nosymm”我的问题是:对于从双自由基出发的涉及断共价键的扫描计算,只在最开始构造对称破缺波函数,之后读取它可以吗?

202210281013505690..png (35.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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发表于 Post on 2022-10-28 10:23:46 | 只看该作者 Only view this author
请教老师们,在对双自由基键长进行扫描(#p um062x/6-311g(d,p) guess=mix stable=opt nosymm构造对称破缺初猜波函数;#p um062x opt=modredundant 6-311g(d,p) nosymm guess=read geom=allcheck )之后,out文件报错是link 9999,Optimization stopped. 达到了步数上限还没收敛。①对于扫描计算,还可以使用“量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法http://sobereva.com/164”中提供的方法解决吗?②报错的文件在gview扫描曲线显示的极大点还可以作为过渡态初猜使用吗?谢谢老师

202210281019422296..png (155.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2022-10-28 10:52:52 | 只看该作者 Only view this author

老师们,可以请教一下嘛,算静电势时,wfn时出现在的wfn文件是空的,换成wfx时,会有L1的错误,还有什么方法算静电势嘛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-28 11:25:57 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-10-28 10:52
老师们,可以请教一下嘛,算静电势时,wfn时出现在的wfn文件是空的,换成wfx时,会有L1的错误,还有什么 ...

明显是你输入文件有问题,导致文件没有生成
上传输入输出文件才能告诉你原因
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发表于 Post on 2022-10-28 19:40:13 | 只看该作者 Only view this author
MoF4O-C2H2.gjf (5.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) MoF4O-C2H2.log (31.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) WF4O-C2H2.gjf (5.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) WF4O-C2H2.log (4.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202210281940065449..png (51 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

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MoF4O-C2H2.gjf

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发表于 Post on 2022-10-28 19:44:26 | 只看该作者 Only view this author

两个是一样的情况,MOF4O-C2H2的用的WFN,出来WFN文件是空的,WF4O-C2H2用的WFX,出来的log文件出错了,(试了很多次,一个结构两种方法,都用了,)

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发表于 Post on 2022-10-28 20:07:25 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,图片里的TS是通过对•CH2-CH2=CH-CH2•双自由基扫描中间的C2-3键长、对扫描曲线极大点结构优化得到的(前面在找过渡态的时候都使用了自旋极化单重态,过渡态输出文件<S**2>= 0.7181)。现在计算过渡态的能量,电荷与自旋多重度设置0 1,是不是也要向之前一样继续构造对称破缺初猜波函数呢?突然有点迷茫了,双自由基是很常见的自旋极化单重态的例子,但是对于这个过渡态,我就不太清楚,还望老师们指点,谢谢。

202210282007069900..png (59.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

双自由基——TS——乙烯

双自由基——TS——乙烯

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发表于 Post on 2022-10-28 20:17:40 | 只看该作者 Only view this author
有一个小问题请教老师们,在opt+freq优化完了分子结构之后,计算单点能的时候我一般都是只提取分子结构,在输入方法、关键词等,没有用过guess=read;请问在计算单点能的这一步读取上一步结构优化的波函数有什么帮助吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-28 22:48:36 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-28 13:17
有一个小问题请教老师们,在opt+freq优化完了分子结构之后,计算单点能的时候我一般都是只提取分子结构,在 ...

参见http://bbs.keinsci.com/thread-32988-1-1.html#pid222457
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-10-28 22:51:44 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-28 13:07
请教各位老师,图片里的TS是通过对•CH2-CH2=CH-CH2•双自由基扫描中间的C2-3键长、对扫描曲线极 ...

既然你结构优化的时候的波函数是对称破缺的,那单点能当然也几乎必然是对称破缺的。
但是未必要重新构造对称破缺初猜,因为也可以用stable=opt或者guess=read代替。总之最后收敛的波函数得是对称破缺的,如何收敛到这个波函数不重要。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-29 04:45:35 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-10-28 19:44
两个是一样的情况,MOF4O-C2H2的用的WFN,出来WFN文件是空的,WF4O-C2H2用的WFX,出来的log文件出错了, ...

Gaussian版本太老,甭用bug一堆的早就过时的G09 A.01
另外,这种体系用MP2计算极差,费力不讨好,绝对没有任何理由使用。
用PBE0-D3(BJ)强百倍,而且此时用直接产生的chk文件再转成fch文件就能给Multiwfn做波函数分析,省得去特意产生wfn/wfx文件。而且用fch文件时能用的Multiwfn分析功能远多于wfn/wfx文件。
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