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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-10-29 08:45:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-28 22:51
既然你结构优化的时候的波函数是对称破缺的,那单点能当然也几乎必然是对称破缺的。
但是未必要重新构造 ...

谢谢老师,那比如最后的产物乙烯,明确知道他不具备自旋极化单重态特征,就可以用非限制性方法结构优化/计算能量了吧?

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发表于 Post on 2022-10-29 08:46:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-28 22:48
参见http://bbs.keinsci.com/thread-32988-1-1.html#pid222457

“只要你读的初猜波函数比默认的Harris functional(大体可以认为是把分子的电子密度近似为原子的电子密度之和)初猜好,读波函数就可以帮助SCF收敛。”,学习到了,谢谢老师。

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发表于 Post on 2022-10-29 09:27:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-29 04:45
Gaussian版本太老,甭用bug一堆的早就过时的G09 A.01
另外,这种体系用MP2计算极差,费力不讨好,绝对没 ...

就是说,现在这个方法和基组就没有能解决的办法了,换个方法和基组用直接产生出来的chk文件再转成fch,是不

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发表于 Post on 2022-10-29 14:04:57 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-10-29 01:45
谢谢老师,那比如最后的产物乙烯,明确知道他不具备自旋极化单重态特征,就可以用非限制性方法结构优化/ ...

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-30 05:50:03 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-10-29 09:27
就是说,现在这个方法和基组就没有能解决的办法了,换个方法和基组用直接产生出来的chk文件再转成fch,是 ...

如果不换基组就得用更新版的Gaussian
你用的远古版本Gaussian没法对含有较高角动量的基组下的计算产生wfn文件,也不支持产生wfx


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-10-30 09:26:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-30 05:50
如果不换基组就得用更新版的Gaussian
你用的远古版本Gaussian没法对含有较高角动量的基组下的计算产生wf ...

好,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-30 11:30:26 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,问一个比较脑瘫的事情,请问计算反应势垒的时候,先把各个IRC末端结构优化然后计算高精度的单点能得到自由能。怎样把各步反应汇总成总势垒图呢?
比如说中间某步反应比前面的步骤多加了一个碳酸氢根,是把前面所有结构的能量都加上碳酸氢根的能量,还是把这一步反应原料与前一步产物能量标定成一样的

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发表于 Post on 2022-10-30 12:53:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我用G16优化了一个氯乙烯分子,两个碳原子的Mulliken电荷与NBO电荷是相反的,如果预测反应位点是需要别的依据还是一哪个电荷为基准呢?

vinyl_chloride.gjf

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vinyl_chloride.out

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发表于 Post on 2022-10-30 15:13:36 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-10-30 05:53
各位老师,我用G16优化了一个氯乙烯分子,两个碳原子的Mulliken电荷与NBO电荷是相反的,如果预测反应位点是 ...

说实话,这种常见有机小分子根本不需要预测什么反应位点,直接查实验的文献是最靠谱的。预测反应位点是针对那些没有人做过的反应而言的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-10-30 15:15:26 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-10-30 04:30
各位老师好,问一个比较脑瘫的事情,请问计算反应势垒的时候,先把各个IRC末端结构优化然后计算高精度的单 ...

两种做法如果做对了的话是等价的,但是你两种做法都算错了。正确答案是0、2、-1、0、-4
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发表于 Post on 2022-10-30 16:09:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-30 15:15
两种做法如果做对了的话是等价的,但是你两种做法都算错了。正确答案是0、2、-1、0、-4

谢谢老师,我太粗心算错了,现在懂了。非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-31 05:10:12 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-10-30 12:53
各位老师,我用G16优化了一个氯乙烯分子,两个碳原子的Mulliken电荷与NBO电荷是相反的,如果预测反应位点是 ...

没有“NBO电荷”,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

这俩都不适合预测反应位点,仔细看
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章(http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html
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发表于 Post on 2022-11-1 08:41:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-11-1 09:51 编辑

请教各位老师,我想要寻找如图的双自由基脱第二个H(8号H,之前已经脱掉一个H形成了端位双键)有没有更稳定的结构,因此扫描图片里过渡态结构的二面角,扫描曲线在point16时结构已经变成了1-丁烯。由于这是过渡态,应该找扫描曲线的最高点,scan-TS4.out中point7的能量最高,高于起点1.592556106 kcal/mol。①那么当前扫描曲线能否证明point7的结构更适合作为过渡态呢?②对于这种扫描曲线出现结构性质都改变(由过渡态变成极小点)的情况,该如何设置扫描条件呢?我只是冻结了2 8和1 2的键长。③或者对于这种结构老师们认为扫描的话扫描那些参数合适呢?麻烦老师们看看,谢谢

202211010849072196..jpg (55.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

202211010849072196..jpg

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发表于 Post on 2022-11-1 12:18:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2022-11-1 12:37 编辑


各位老师好,有篇文献将初始原料R1和R2分别计算能量加到一起标定为零,请问一定要将R1和R2放到一起优化完计算能量作为IM1吗?还是说可以省略这个能量呢?只需要IRC计算得到正确的路径就行。
还有一个问题,如果两个原料放到一起优化能量比单独优化降低了,是不是说明原料之间存在相互作用?那还能忽略放在一起优化的能量吗

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发表于 Post on 2022-11-1 12:21:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-31 05:10
没有“NBO电荷”,仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298(http://bbs.k ...

好的,感谢sob老师,我一定认真读

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