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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-2 01:01:25 | 只看该作者 Only view this author
zhangyina 发表于 2016-7-1 15:14
分子坐标C                     2.48451   0.68896   0.
C                     1.24242   1.39755   0. ...

根本没有任何错误
1.gjf (877 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

1.out (27.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

拿我的输入文件跑,你那里还是出错就是你那边的问题,尝试G09 D.01

PS:liyuanhe让你传完整输入文件,不是让你把输出文件一部分截出来贴上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-7-4 11:42:27 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,通过pm6方法去找一个小体系(40个原子)的过渡态轻松找到,振动趋势也是我要的,然后换成b3lyp/6-31g(d)准确寻找,发现找不到过渡态了,是这个方法不对,还是我哪里有错误?

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发表于 Post on 2016-7-4 12:50:22 | 只看该作者 Only view this author
请教一个自旋多重度的问题,A的多重度为1,B的多重度为1,A和B结合在一起多重度是1吗?A的多重度为2,B的多重度为1,A和B结合在一起多重度是2吗?A的多重度为2,B的多重度为2,A和B结合在一起多重度是1吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-4 15:49:40 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-4 11:42
请教老师,通过pm6方法去找一个小体系(40个原子)的过渡态轻松找到,振动趋势也是我要的,然后换成b3lyp/6 ...


并不新鲜,有时候PM6的过渡态和DFT甚至和HF的过渡态结构都差异很大。所以不是半经验找到了过渡态就能松一口气了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-4 15:53:10 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-4 12:50
请教一个自旋多重度的问题,A的多重度为1,B的多重度为1,A和B结合在一起多重度是1吗?A的多重度为2,B的多 ...

一般情况下
1 是
2 是
3 看是自旋相同结合还是相反结合
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发表于 Post on 2016-7-4 16:17:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-4 15:49
并不新鲜,有时候PM6的过渡态和DFT甚至和HF的过渡态结构都差异很大。所以不是半经验找到了过渡态就能松 ...

恩恩,老师太了解我了,我真的是以为PM6找到了就可以松口气了,现在看来并没那么容易,多谢老师解答!那么老师您找过渡态有什么比较好点的方法吗?

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发表于 Post on 2016-7-4 16:19:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-4 15:53
一般情况下
1 是
2 是

多谢老师,对于第三种,怎么看自旋是相同还是相反?还是说要自己手动2 4 6 这样试试,找到能量最低的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-4 16:27:45 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-4 16:19
多谢老师,对于第三种,怎么看自旋是相同还是相反?还是说要自己手动2 4 6 这样试试,找到能量最低的?

怎么结合看具体问题。诸如两个甲基自由基形成乙烷,显然是自旋相反结合的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-4 16:28:12 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-7-4 16:17
恩恩,老师太了解我了,我真的是以为PM6找到了就可以松口气了,现在看来并没那么容易,多谢老师解答!那 ...


什么叫什么好点?理论方法?优化算法?
理论方法通常B3LYP/6-31G*是底限。
优化算法量化里好用的没多大选择余地,高斯一般就用opt=TS
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发表于 Post on 2016-7-4 16:44:01 | 只看该作者 Only view this author
有两个问题,第一个是我在Gaussian09模拟时发现,若在opt+freq计算时加上 SMD溶剂化模型,两次计算结果之间会有差异,甚至有的在SMD模型下运行不了,请问老师,这种情况属正常吗?第二个问题是,我们在作OPT计算时,出现 l999错误,我查到这是循环次数不够,于是将log文件在GV中转化成gjf文件后继续优化,还是出现 l9999错误,如此循环了4次,还是出现这个错误。请问老师,这种情况我们应该怎么办呢?

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发表于 Post on 2016-7-4 18:44:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-4 16:27
怎么结合看具体问题。诸如两个甲基自由基形成乙烷,显然是自旋相反结合的。

对于我这种没有化学知识的选手,按照2 4 6去试试算能量,找最低,是适用的方法吧?

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发表于 Post on 2016-7-4 18:45:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-7-4 16:28
什么叫什么好点?理论方法?优化算法?
理论方法通常B3LYP/6-31G*是底限。
优化算法量化里好用的没多 ...

我说的好点是怎么去找过渡态,我先用PM6粗算过渡态,再用bl3yp/6-31g(d)去准确寻找,这就算一种小方法。

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发表于 Post on 2016-7-4 20:29:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,在计算自旋量子数的时候,Na和Nb怎么计算呢?

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发表于 Post on 2016-7-4 22:31:24 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请问gaussian画出来化学键的格式比如粗细颜色能调整吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-7-5 03:38:18 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-7-4 22:31
sob老师您好,请问gaussian画出来化学键的格式比如粗细颜色能调整吗?

键的颜色可以改,file-preference-colors,粗细改不了
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