简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 00:26:21

diaolanxinyu 发表于 2016-6-30 17:58
请教一下scan扫描的问题：如图所示分子结构，我想让苯环绕着C1-C12轴转动的scan扫描，我的设置如下，结果只 ...

你用柔性扫描就完了，诸如opt=modredundant，坐标后空一行写
1 12 S 10 36.0
柔性扫描时整个基团都会转。
刚性扫描时只会转指定的那个变量，此时要想整个基团都转，写起来很麻烦，必须确保那个转动的基团的原子的内坐标都是依赖于被扫的二面角中的那个原子定义的，此时才会跟着一起动。

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 00:27:15

niubaotian85 发表于 2016-6-30 21:04
新手求助，我想算77k，2atm下的频率，从而看热力学的数据，按着高斯说明书，一直出不来，sob老师，麻烦问一 ...

你就直接用freqchk工具，载入之前freq任务得到的.chk文件，输入当前要考察的温度和压力就完了。

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 01:18:58

zhanfei 发表于 2016-6-30 12:39
因为价层激发和1s 2p激发都是用的tddft，有人在MLCT的价层激发态上算2p激发的吸收谱，不过没写如何设置的 ...

这个我不太晓得，估计不好实现。
相关的只知道Q-Chem里有个MOM (Maximum Overlap Method)能让最终SCF轨道占据方式和初猜占据方式比较接近。另外还见到有人用特殊的赝势来实现某些内层轨道处于非占据状态。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-1 09:46:26

我用的服务器的内存没有了，别人占的内存没有占满，为什么内存占满了？
是大高斯文件垃圾文件占的吗？
大高斯文件怎么找到？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 12:06:22

15whyhq 发表于 2016-7-1 09:46
我用的服务器的内存没有了，别人占的内存没有占满，为什么内存占满了？
是大高斯文件垃圾文件占的吗？
大 ...

你这分明是硬盘满了而不是内存满了
你先查查大家用的放Gaussian的临时文件的目录是否存了很多以前留下的临时文件。一些人不懂得清，日积月累往往留下大量垃圾。
说来前些天我用的远程服务器硬盘满了，后来一查，原来有个用户的放g09临时文件的目录里积了330多GB垃圾（主要是rwf特别占地方）。

zhangyina · 发表于 Post on 2016-7-1 15:14:00

分子坐标C                   2.48451 0.68896 0.
C                   1.24242 1.39755 0.
C                   0.       0.7202 0.
C                   0.    -0.7202 0.
C                   1.24242  -1.39755 0.
C                   2.48451  -0.68896 0.
H                   -1.24787 2.48453 0.
H                   3.41577 1.24743 0.
H                   1.24787 2.48453 0.
C                   -1.24242 1.39755 0.
C                   -1.24242  -1.39755 0.
H                   1.24787  -2.48453 0.
H                   3.41577  -1.24743 0.
C                   -2.48451  -0.68896 0.
C                   -2.48451 0.68896 0.
H                   -1.24787  -2.48453 0.
H                   -3.41577  -1.24743 0.
H                   -3.41577 1.24743 0.
做单点计算  出现这样的错误

Logic error in ASyTop.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l202.exe at Tue Jun 14 18:44:59 2016.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

是什么意思？咋样可以修改？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-1 19:14:02

本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-7-1 19:18 编辑

G09w D.01 运行没有问题（至少不是坐标问题），可上传完整输入确认一下。

注意排除一些trivial的可能，比如硬盘/内存满了、两个任务共用一个chk文件之类的。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-1 19:51:09

MOPAC软件可以免费使用吗？
这个软件可以计算多分子团簇体系过渡态吗？
这个软件优化多分子团簇操作麻烦吗？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-7-1 20:03:12

在这个程序里面，这个方法PM6-D3H4，谁有这个方法的文献或者相关文献怎么找？

zhangyina · 发表于 Post on 2016-7-1 21:20:57

liyuanhe211 发表于 2016-7-1 19:14
G09w D.01 运行没有问题（至少不是坐标问题），可上传完整输入确认一下。

注意排除一些trivial的可能， ...

Gaussian 09:  EM64L-G09RevC.01 23-Sep-2011
            14-Jun-2016
******************************************
%nprocshared=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
%mem=500MW
---------------
#b3lyp/6-31g(d)
---------------
1/38=1/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
99/5=1,9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Charge =  0 Multiplicity = 1
Symbolic Z-Matrix:
C                   2.48451 0.68896 0.
C                   1.24242 1.39755 0.
C                   0.       0.7202 0.
C                   0.    -0.7202 0.
C                   1.24242  -1.39755 0.
C                   2.48451  -0.68896 0.
H                   -1.24787 2.48453 0.
H                   3.41577 1.24743 0.
H                   1.24787 2.48453 0.
C                   -1.24242 1.39755 0.
C                   -1.24242  -1.39755 0.
H                   1.24787  -2.48453 0.
H                   3.41577  -1.24743 0.
C                   -2.48451  -0.68896 0.
C                   -2.48451 0.68896 0.
H                   -1.24787  -2.48453 0.
H                   -3.41577  -1.24743 0.
H                   -3.41577 1.24743 0.

                        Input orientation:
---------------------------------------------------------------------
Center    Atomic    Atomic          Coordinates (Angstroms)
Number    Number    Type          X          Y          Z
---------------------------------------------------------------------
   1       6          0       2.484514 0.688963 0.000000
   2       6          0       1.242421 1.397552 0.000000
   3       6          0       0.000000 0.720196 0.000000
   4       6          0       0.000000 -0.720196 0.000000
   5       6          0       1.242421 -1.397552 0.000000
   6       6          0       2.484514 -0.688963 0.000000
   7       1          0    -1.247873 2.484528 0.000000
   8       1          0       3.415768 1.247433 0.000000
   9       1          0       1.247873 2.484528 0.000000
   10       6          0    -1.242420 1.397552 0.000000
   11       6          0    -1.242421 -1.397552 0.000000
   12       1          0       1.247873 -2.484528 0.000000
   13       1          0       3.415768 -1.247433 0.000000
   14       6          0    -2.484514 -0.688963 0.000000
   15       6          0    -2.484514 0.688963 0.000000
   16       1          0    -1.247873 -2.484528 0.000000
   17       1          0    -3.415768 -1.247433 0.000000
   18       1          0    -3.415768 1.247433 0.000000
---------------------------------------------------------------------
                  Distance matrix (angstroms):
                  1       2       3       4       5
   1  C 0.000000
   2  C 1.429998 0.000000
   3  C 2.484710 1.415069 0.000000
   4  C 2.856316 2.455294 1.440392 0.000000
   5  C 2.428238 2.795104 2.455294 1.415069 0.000000
   6  C 1.377926 2.428238 2.856316 2.484710 1.429998
   7  H 4.141831 2.717183 2.161031 3.439105 4.612170
   8  H 1.085874 2.178525 3.456219 3.941958 3.423358
   9  H 2.180214 1.086990 2.161031 3.439105 3.882084
10  C 3.793697 2.484841 1.415068 2.455293 3.739925
11  C 4.271251 3.739926 2.455294 1.415069 2.484842
12  H 3.405925 3.882084 3.439105 2.161031 1.086990
13  H 2.148689 3.423358 3.941958 3.456219 2.178525
14  C 5.156541 4.271251 2.856316 2.484710 3.793698
15  C 4.969028 3.793698 2.484710 2.856316 4.271251
16  H 4.899159 4.612170 3.439105 2.161031 2.717183
17  H 6.209908 5.356741 3.941958 3.456219 4.660607
18  H 5.926653 4.660607 3.456219 3.941958 5.356741
                  6       7       8       9       10
   6  C 0.000000
   7  H 4.899159 0.000000
   8  H 2.148689 4.824930 0.000000
   9  H 3.405925 2.495746 2.496031 0.000000
10  C 4.271251 1.086990 4.660606 2.717182 0.000000
11  C 3.793698 3.882084 5.356741 4.612170 2.795104
12  H 2.180214 5.560599 4.315936 4.969056 4.612169
13  H 1.085874 5.973029 2.494866 4.315936 5.356740
14  C 4.969028 3.405925 6.209908 4.899159 2.428239
15  C 5.156541 2.180214 5.926653 4.141831 1.429999
16  H 4.141831 4.969056 5.973029 5.560599 3.882084
17  H 5.926653 4.315936 7.272843 5.973029 3.423359
18  H 6.209908 2.496031 6.831536 4.824930 2.178526
               11       12       13       14       15
11  C 0.000000
12  H 2.717183 0.000000
13  H 4.660607 2.496031 0.000000
14  C 1.429998 4.141831 5.926653 0.000000
15  C 2.428238 4.899159 6.209908 1.377926 0.000000
16  H 1.086990 2.495746 4.824930 2.180214 3.405925
17  H 2.178525 4.824930 6.831536 1.085874 2.148689
18  H 3.423358 5.973029 7.272843 2.148689 1.085874
               16       17       18
16  H 0.000000
17  H 2.496031 0.000000
18  H 4.315936 2.494866 0.000000
Logic error in ASyTop.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l202.exe at Tue Jun 14 18:44:59 2016.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

youyno · 发表于 Post on 2016-7-1 21:48:00

15whyhq 发表于 2016-7-1 20:03
在这个程序里面，这个方法PM6-D3H4，谁有这个方法的文献或者相关文献怎么找？

这种问题去官网看吧！http://openmopac.net/manual/index.html

小绿间 · 发表于 Post on 2016-7-1 23:06:45

老师，我在笛卡尔坐标下可以按培顺班ppt上写的使用opt=modredunant 3 6 f 这种方式来固定键长吗？这种用冗余内坐标设定控制冻结需要注意什么？麻烦老师了（我尝试了一直说输入文件有语法错误)

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-2 00:42:43

小绿间发表于 2016-7-1 23:06
老师，我在笛卡尔坐标下可以按培顺班ppt上写的使用opt=modredunant 3 6 f 这种方式来固定键长吗？这种用 ...

就是这样在优化中固定键长。这跟你输入文件里的坐标是用内坐标还是笛卡尔坐标无关。
没有什么需要特殊注意的，提示有语法错误就把输入文件传上来。
注意3 6 F前面要空行

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-2 00:53:48

15whyhq 发表于 2016-7-1 20:03
在这个程序里面，这个方法PM6-D3H4，谁有这个方法的文献或者相关文献怎么找？

一搜就有啊
J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 141–151

问问题前多google

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-2 00:54:34

15whyhq 发表于 2016-7-1 19:51
MOPAC软件可以免费使用吗？
这个软件可以计算多分子团簇体系过渡态吗？
这个软件优化多分子团簇操作麻烦 ...

当然是免费的，这里都说过
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

不麻烦
可以算过渡态，但未必好用。非要算过渡态还不如用高斯基于PM6D3来做

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