简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

小翟w · 发表于 Post on 2022-11-9 16:47:50

C-TS-D-0805.gjf (3.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) ,老师们，这个基组怎么看，想在后面加Cd的宴势，gen是一个基组？

小翟w · 发表于 Post on 2022-11-9 16:48:26

请教一下，辛苦各位老师

chands · 发表于 Post on 2022-11-9 18:46:41

小翟w 发表于 2022-11-9 16:47
,老师们，这个基组怎么看，想在后面加Cd的宴势，gen是一个基组？

gen的意思是你另外定义基组。别用pseudo=read, 定义赝势和基组直接用genecp，
http://sobereva.com/60

cokie · 发表于 Post on 2022-11-9 18:56:14

老师好，我在用ORCA进行tddft SOC计算时，出现报错：

[file orca_tools/qcmem.cpp, line 998, Process 1]: OUT OF MEMORY ERROR!

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
. . . . absorting the run

我设置的内存数是24000MB（%maxcore 24000），机器内存是32G的，并且在运行ORCA时并未运行任何其他程序。
使用的泛函基组是 PBE0/def2-tzvp 和辅助基组def2/J 使用了RIJCOSX加速

之前用PBE0/TZVP 的组合，24000MB内存分配是正常运行的，但是换了def2-tzvp基组就出现了这种情况。请问这是基组的更换导致的吗？还是我其他设置可能出现错误呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-9 19:56:48

cokie 发表于 2022-11-9 11:56
老师好，我在用ORCA进行tddft SOC计算时，出现报错：

[file orca_tools/qcmem.cpp, line 998, Process 1 ...

maxcore指的是每个核最多允许用多少内存，不是总内存。
所以应该让maxcore*nprocs小于机器内存，光让maxcore小于机器内存是不够的，程序可能会误以为你的内存很大，结果实际计算才发现机器没有那么多内存，报错退出。

cokie · 发表于 Post on 2022-11-9 20:05:39

wzkchem5 发表于 2022-11-9 19:56
maxcore指的是每个核最多允许用多少内存，不是总内存。
所以应该让maxcore*nprocs小于机器内存，光让max ...

原来如此，感谢老师指导！

小翟w · 发表于 Post on 2022-11-9 20:41:40

chands 发表于 2022-11-9 18:46
gen的意思是你另外定义基组。别用pseudo=read, 定义赝势和基组直接用genecp，
http://sobereva.com/60

你好，老师直接给了我一个输出log文件，怎么从输出文件看那个原子用的什么基组的呢。

chands · 发表于 Post on 2022-11-9 21:42:27

小翟w 发表于 2022-11-9 20:41
你好，老师直接给了我一个输出log文件，怎么从输出文件看那个原子用的什么基组的呢。

这个文件没写基组。pseudo=read也过时了。

lurensan · 发表于 Post on 2022-11-9 21:56:45

RAL 发表于 2022-11-8 19:44
会不会是作者用了非默认的积分格点但没说

老师你好，非默认的积分格点对频率分析影响大吗？怎样分辨是不是使用了非默认的积分格点呢？

Mary · 发表于 Post on 2022-11-10 01:30:35

wzkchem5 发表于 2022-11-8 01:37
1. 石墨炔基本可以认为是一种多聚芳炔，所以可以查有机方面的文献，研究芳炔和Pd相互作用的。不过说实话 ...

老师您好，查阅了相关文献资料，了解到氢取代石墨炔（HsGDY）和Pd之间是形成化学键的。所以决定不用counterpoise方法算BSSE。根据您之前的建议，我又研究了一下基组和泛函的选择，想问下在针对在氢化石墨炔（HsGDY）表面吸附Pd原子的结合能的计算（总原子数为300多个）中，如下的基组泛函选择是否合理：

几何结构优化+频率计算：
泛函：PBE0-D3(BJ)
基组：C、H用6-31G**，即6-31g(d,p)，Pd用lanl2TZ

单点能计算：
泛函：PBE0-D3(BJ)
基组：C、H用def2-TZVP，Pd用def2-TZVP

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-10 04:29:06

Mary 发表于 2022-11-9 18:30
老师您好，查阅了相关文献资料，了解到氢取代石墨炔（HsGDY）和Pd之间是形成化学键的。所以决定不用count ...

可以

RAL · 发表于 Post on 2022-11-10 09:34:35

lurensan 发表于 2022-11-9 21:56
老师你好，非默认的积分格点对频率分析影响大吗？怎样分辨是不是使用了非默认的积分格点呢？

积分格点不够精细可能导致算出来小虚频，G16默认是int=ultrafine，有小概率作者用了int=superfine但没说，没办法分辨

Lithium · 发表于 Post on 2022-11-10 13:16:16

是因为命令写的不对吗
这是输入文件

这是报错

而且有以下疑问：
结构优化之后基组和方法需不需要保持一致

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-11-10 13:28:30

PBE0泛函在Gaussian中写作PBE1PBE。如果你真的写PBE0，那其实做的不是PBE0泛函的计算。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-10 15:07:55

Lithium 发表于 2022-11-10 13:16
是因为命令写的不对吗
这是输入文件

http://bbs.keinsci.com/thread-13660-1-1.html

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计算tddft时报错

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