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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-17 00:47:21 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想要计算某种稀土超分子的吸收光谱比如M8L12 但是没有找到相关的资料,能否回答我的一些问题。
1,Gaussian还能做吗,还是要换orca或者其他软件。
2,常规的计算方法还能用吗,我只进行过配体的tddft计算,用的PBE1PBE/6-311G*,计算50个态。会不会计算时间特别长。
3,如果在溶液中存在不同结构,可以怎么处理。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 02:00:37 | 只看该作者 Only view this author
ccx 发表于 2022-11-16 15:09
用GV画出分子导出后是直角坐标,如何转换为内坐标呢

保存文件的界面里,把Write Cartesian对钩取消掉
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 02:03:37 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-11-16 10:46
有一个小问题想询问各位老师,
在文章里看到有人优化完结构进行计算,这是这个结构和我直接在PUBCHEM下载 ...

把此文仔细看了
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

巨型分子库里的三维结构普遍是基于二维结构通过经验方法产生的,或是结合分子力场优化的。对柔性有机体系完全不保证对应能量最低构象,对于成键特殊的体系连定性正确都完全无法保证。要搞清楚结构的来源,绝对不要随随便便用,具体去看数据库的介绍页面。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 02:05:51 | 只看该作者 Only view this author
Lithium 发表于 2022-11-17 00:47
各位老师好,我想要计算某种稀土超分子的吸收光谱比如M8L12 但是没有找到相关的资料,能否回答我的一些问题 ...

我不晓得M8L12是什么,贴个图
1 如果是配合物分子,Gaussian无问题
2 看原子数、计算资源
3 用Molclus(http://www.keinsci.com/research/molclus.html)结合Gaussian或ORCA做构象搜索
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 02:06:16 | 只看该作者 Only view this author
ccx 发表于 2022-11-16 15:14
跟着操作,输入内坐标运行不了
Termination in UpdVr1.
Error termination via Lnk1e in D:\Gau16\G16W ...

上传输入输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 02:07:46 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-16 15:05
有的老师,有篇文献中跟我的路径一模一样,就是反应物和产物不一样,过渡金属相近,但是人家的过渡态能垒 ...

他用的级别很烂
M11几乎算什么都不是好选择, lanl2DZ太过时了
保证自己计算的结果合理就行了(前面其他人已经说得很充分了),没必要跟那种计算级别选择明显不当的文献对照数据
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-17 02:11:04 | 只看该作者 Only view this author
Landyooo 发表于 2022-11-16 23:21
换一个角度来说,就是认为吸附过程会导致分子构像发生变化,吸附能,不仅仅包括两者相互作用的能,还包括 ...

是构象不是构像

实验上对应的吸附能体现的是从孤立状态到被吸附状态整个过程的能量变化,自然也包含了单体构象发生改变对应的能量变化

另外需要注意的是,如果单体分子在孤立状态下的构象在当前条件下的热可及构象有多个,计算热力学量的时候需要考虑构象权重平均,计算自由能时还需要考虑构象熵,用Shermo计算时都可以考虑,下文说了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

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发表于 Post on 2022-11-17 03:11:01 | 只看该作者 Only view this author
Landyooo 发表于 2022-11-16 16:21
换一个角度来说,就是认为吸附过程会导致分子构像发生变化,吸附能,不仅仅包括两者相互作用的能,还包括 ...

对,只有这样算出来的能量才能和实验上定义的吸附能对比
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-17 08:55:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 02:05
我不晓得M8L12是什么,贴个图
1 如果是配合物分子,Gaussian无问题
2 看原子数、计算资源

sob老师 您好,是这种的

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发表于 Post on 2022-11-17 10:00:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-16 21:59
很难把“结构能用”的充分条件罗列完全,因为导致结构不能用的情况太多了,尽管其中很多可能发生的概率比 ...

老师像您说的(4)、(5)可以去参考哪方面的书籍或资料学习一下呢?

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发表于 Post on 2022-11-17 14:06:34 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-15 21:01
请教各位老师,文献里提到的从“核构型”角度看,同面-异面加成反应虽然是热允许的,但是不利。请问核构型 ...

这不是前线轨道理论里的经典案例么



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发表于 Post on 2022-11-17 14:50:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 02:07
他用的级别很烂
M11几乎算什么都不是好选择, lanl2DZ太过时了
保证自己计算的结果合理就行了(前面其 ...

好的,谢谢老师,我跟他的路径一样,但是我的能垒太高了,我再想办法降低能垒

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发表于 Post on 2022-11-17 15:02:21 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-11-17 03:00
老师像您说的(4)、(5)可以去参考哪方面的书籍或资料学习一下呢?

https://journals.aps.org/prl/abs ... sRevLett.101.193001以及它的参考文献
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-11-17 15:12:53 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我在看一篇关于双铑体系的计算化学的文章,想通过文章里支持信息的笛卡尔坐标用高斯观看一下结构,但这篇支持信息里没有显示各个原子,那么这样的笛卡尔坐标还能用GaussView复述出来吗?
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1         45             0         .000000     .000000    1.199783
    2         45             0         .000000     .000000   -1.199783
    3          6             0         .000000    2.622295     .000000
    4          6             0       -2.622295     .000000     .000000
    5          6             0         .000000   -2.622295     .000000
    6          6             0        2.622295     .000000     .000000
    7          1             0         .000000    3.720534     .000000
    8          1             0       -3.720534     .000000     .000000
    9          1             0         .000000   -3.720534     .000000
   10          1             0        3.720534     .000000     .000000
   11          8             0         .000000    2.066448    1.138346
   12          8             0       -2.066448     .000000    1.138346
   13          8             0         .000000   -2.066448    1.138346
   14          8             0        2.066448     .000000    1.138346
   15          8             0         .000000    2.066448   -1.138346
   16          8             0       -2.066448     .000000   -1.138346
   17          8             0         .000000   -2.066448   -1.138346
   18          8             0        2.066448     .000000   -1.138346
道友请留步

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发表于 Post on 2022-11-17 16:01:48 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我基于相同结构用关键词PBE1PBE/genecp td(triplet,root) opt   freq优化了前五个三重激发态(root分别等于1-5),发现t5比t1能量低,那要进行最低三重态其他计算的时候应该用优化后的t5结构来进行计算而不是t1的结构是吗?

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