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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-18 16:26:03 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2022-11-18 09:09
那请问老师 ORCA CPCM算单点, Gaussian CPCM 优化几何结构是合理的是吗?
在论文中写计算方法时是否可 ...

可以,但高斯这边建议用PCM。表面上看这会导致溶剂模型部分单点计算级别反而低于结构优化级别,但是用PCM优化肯定比CPCM靠谱一点,用时也没有明显增加,“精度提高”的优先级高于“让单点能的级别高于结构优化级别”。
一般CPCM是单用一句话写的,例如The calculations were performed at the DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ/B3LYP-D3/6-311G(d,p) level. In both the geometry optimization and single point calculations, solvation effects were accounted for at the CPCM level. 把CPCM直接写在理论级别旁边的写法可能也是有的,我一时举不出例子,可能是得把CPCM用括号括起来写在理论级别后面,总之我没见过直接用横杠和理论级别连起来的这种写法
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-11-19 09:55:20 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,高斯优化任务计算结束后,输出文件结尾显示正常结束,但是无法在gaussview打开,按照提示看了Line 6830是 “ File lengths (MBytes):  RWF=     27 Int=      0 D2E=      0 Chk=     67 Scr=      1 ”,请问这是什么原因呢?

202211190952591918..png (15.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

202211190952591918..png

202211190953481753..png (19.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

202211190953481753..png

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发表于 Post on 2022-11-19 14:56:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-19 14:59 编辑

老师们好,对于壳聚糖聚合物,实验对-NH2基进行改性,但是单取代还是双取代难以确定。请问能否用量子化学计算绘制IR、NMR谱与实验的红外、核磁来进行比较说明?还是有其他量来更好的说明吗?

1668841156993.jpg (122.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

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发表于 Post on 2022-11-19 15:44:45 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-19 07:56
老师们好,对于壳聚糖聚合物,实验对-NH2基进行改性,但是单取代还是双取代难以确定。请问能否用量子化学计 ...

在NH2上加的取代基是什么?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-11-19 18:44:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2022-11-19 18:52 编辑
wzkchem5 发表于 2022-11-19 15:44
在NH2上加的取代基是什么?

感谢老师回复,如图片所示。

1668854626278.jpg (20.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

1668854626278.jpg

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发表于 Post on 2022-11-19 19:23:05 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-11-19 11:44
感谢老师回复,如图片所示。

这种还是测二维核磁吧,看看CH2的C或者H和另一个取代基的CH2是否有耦合,或者和另一个取代基的P是否有耦合。
计算的说服力远不如这种实验证据强
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-19 22:51:04 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-19 09:55
请教各位老师,高斯优化任务计算结束后,输出文件结尾显示正常结束,但是无法在gaussview打开,按照提示看 ...

说具体gview和Gaussian版本
别用太老的gview
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-20 01:25:00 | 只看该作者 Only view this author
各位老师们好,我的体系是一个C60F60,想画一个跨球心的静电势切面图,类似于下图。请问老师这种过中心的切面静电势能图应该如何画呢?

202211200124251133..png (285.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

C60过中心的静电势切面图

C60过中心的静电势切面图

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发表于 Post on 2022-11-20 10:16:23 | 只看该作者 Only view this author

Linux 高斯计算中断

%chk=HBs.chk
%mem=1800MW
%nprocshared=8
#P B3LYP/6-31G** em=GD3BJ opt=readopt,这是输入文件,计算不知道为什么就是没有正常结束,但是也没有报错,out文件的最后一行是

我想重新接着计算,看来相关的博文,上面说,直接重写一个gjf, opt=restart 其他的照抄就可以,我不明白这里的原理是是什么,新的gjf, 必须和之前的.chk文件放一块么,高斯接着上一个计算的chk计算,那么第一行是不是,要写新的chk的路径?
%chk=xxx.chk
%mem=1800MW
%nprocshared=8
#P B3LYP/6-31G** em=GD3BJ opt=readopt opt=restart  我不知道我写的对不对,我的结构是cif生成的,只优化H原子,所以写了opt=readopt 重新计算再写一个opt=restart不知道对不对
希望老师们能帮我看看。


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发表于 Post on 2022-11-20 11:16:23 | 只看该作者 Only view this author

在几何优化时,.log文件出现报错:FormBX had a problem

本帖最后由 大头攒毛 于 2022-11-20 13:13 编辑

大家好,我在用gauss进行几何优化时,log文件报错了,请问大家,为什么会出现这种情况?下面是我附上的gjf和log文件。


1.gjf

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1.rar

1.24 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2022-11-20 13:27:26 | 只看该作者 Only view this author

GaussView建模疑问

各位老师你们好,请问在GaussView建模的时候,碳元素中这个圈出的部分是不是代表这三个原子形成了共轭?那么在建立能形成类似共轭结构的分子(比如酰氯,氯上的孤对电子能和羰基发生共轭)时利用这个碳的共轭结构建模是否比用孤立的碳氧双键建模在结构优化时更高效呢?也就是说后者优化是否可能比前者快呢?谢谢老师解答!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-20 13:46:32 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2022-11-20 01:25
各位老师们好,我的体系是一个C60F60,想画一个跨球心的静电势切面图,类似于下图。请问老师这种过中心的切 ...

看Multiwfn手册4.4节大把绘制平面图的例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-20 13:47:21 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-11-20 13:27
各位老师你们好,请问在GaussView建模的时候,碳元素中这个圈出的部分是不是代表这三个原子形成了共轭?那 ...

谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

仔细看上文
gview里设的成键方式不影响量化计算结果
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发表于 Post on 2022-11-20 13:59:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-20 13:47
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html ...

谢谢社长回复!我还有一个疑问想请教您的,高斯在量化计算时看的初始条件是原子间的相对位置,那我在建模时发现用定域双键时的原子间距要长于离域键的情形;同时在优化过程中也能发现用定域键连接的原子间距离在不断缩短。这一点我还没有太理解,还请麻烦您解答下,非常感谢!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-20 14:00:40 | 只看该作者 Only view this author
guobenyue 发表于 2022-11-20 10:16
%chk=HBs.chk
%mem=1800MW
%nprocshared=8

opt别写两次
写一个opt=restart就完了
%chk和之前的计算一致,否则程序显然不可能知道读哪个chk里的信息
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