简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

chands · 发表于 Post on 2022-11-11 16:47:54

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-11 19:53:51

ccx 发表于 2022-11-11 05:52
我想问一下，就是这种大分子结构是那gausview自己点出来的，还是有什么网站可以下载

有若干种做法：
（1）从晶体数据库（例如CCDC）获取结构
（2）从自己实验组里测的晶体结构文件获取结构
（3）用包括gaussview在内的可视化软件画，但是当分子比较大，尤其是有重复单元，或者是生物大分子的时候，其他某些可视化软件可能用起来比gaussview更趁手
（4）从计算的文章的supporting information里获取原子坐标

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-11 22:10:53

Mr.zhen 发表于 2022-11-11 16:28
如题，应当如何通过g16计算反应过程中的相对自由能谱呢？在阅读论文时发现了下图，但文中对此图的计算方法 ...

优化极小点和过渡态，然后算自由能
参考
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
文中不可能对计算级别完全没说明。有的时候正文里没说但放到补充材料里说。

lufenghxu · 发表于 Post on 2022-11-12 22:40:13

请问寻找过渡态时，opt=(calcfc,noeigentest,ts),默认的算法是RFO,也可以选择GEDIIS,GDIIS（在opt选项里面添加GEDIIS或者GDIIS）。sob在网页http://sobereva.com/44中提及好多方法，不知道这些方法在gjf文件中的输入格式怎么写？例如： P-RFO法，AH方法，QA法，TRIM法，Dimer方法。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-13 01:07:16

lufenghxu 发表于 2022-11-12 15:40
请问寻找过渡态时，opt=(calcfc,noeigentest,ts),默认的算法是RFO,也可以选择GEDIIS,GDIIS（在opt选项里面 ...

看http://gaussian.com/opt/
但凡是这里没提到的、但是sob老师提到过的方法，都是高斯不支持、只有其他某些程序才支持的方法

lufenghxu · 发表于 Post on 2022-11-13 09:40:21

wzkchem5 发表于 2022-11-13 01:07
看http://gaussian.com/opt/
但凡是这里没提到的、但是sob老师提到过的方法，都是高斯不支持、只有其他 ...

感谢大佬！

luzujia · 发表于 Post on 2022-11-14 10:01:37

lurensan 发表于 2022-11-11 10:19
老师你好，我直接用的文献中的过渡态坐标，使用文中写的方法结构优化并不收敛。想着直接进行频率分析试着 ...

频率计算只能确认过渡态（必要不充分），不能找到。你用了superfine格点后确实消灭了一个虚频，可能人家真是在这个格点下找的，但可能由于数据精度损失或者软件版本不同，在你这还是有虚频。你可以重新用superfine优化过渡态后计算频率确认看看。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-11-15 10:17:53

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2022-11-15 10:54 编辑

请教老师们，如何理解异面加成反应呢？定义说的是反应在π键的异侧进行，生成的新键在反应体系的相反两面。如右图显示的异面加成，上面的乙烯利用的是下、上两瓣所以是a，下面的乙烯利用的是上，上两瓣所以是s，所以就是2s+2a环加成反应？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-11-15 21:01:37

请教各位老师，文献里提到的从“核构型”角度看，同面-异面加成反应虽然是热允许的，但是不利。请问核构型角度是什么意思呢？是空间位阻吗？谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-11-15 21:31:08

请教各位老师，文献里提到通过计算可以证明2+2环加成反应的逆反应在同面-同面反应时是热禁阻的。但是对于四元环的开环反应，我只知道去寻找协同/一步反应开环的过渡态，但是如何区分是2s+2s的同面-同面，还是2s+2a的同面-异面反应呢？谢谢老师

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-11-16 10:46:06

有一个小问题想询问各位老师，
在文章里看到有人优化完结构进行计算，这是这个结构和我直接在PUBCHEM下载下来的有很大出入。
pubchem应该还是挺权威的，这。。。。该怎么判断

尛瞐尛 · 发表于 Post on 2022-11-16 10:48:10

老师们，关于发射光谱光谱，我的理解是先计算吸收光谱看从基态跃迁到哪个激发态，然后再算感兴趣的激发态的情况，请问这样理解对吗

化小白 · 发表于 Post on 2022-11-16 11:30:13

老师，我是做过渡金属有机催化的，用的是b3lyp/6-31G(d)找的过渡态，这是我找的一个过渡态的过程，这个过渡态最后找失败了，最终变成了反应物，想问一下老师，这个圈里的这一段会是过渡态吗？

chands · 发表于 Post on 2022-11-16 11:34:40

化小白发表于 2022-11-16 11:30
老师，我是做过渡金属有机催化的，用的是b3lyp/6-31G(d)找的过渡态，这是我找的一个过渡态的过程，这个过渡 ...

不好说，你有类似体系参考吗？体系有多大？b3lyp/6-31G(d)未必是好级别。

化小白 · 发表于 Post on 2022-11-16 15:05:54

chands 发表于 2022-11-16 11:34
不好说，你有类似体系参考吗？体系有多大？b3lyp/6-31G(d)未必是好级别。

有的老师，有篇文献中跟我的路径一模一样，就是反应物和产物不一样，过渡金属相近，但是人家的过渡态能垒就不高，我的能垒特别高，他用的是M11/6-31G(d)/lan2DZ,我用的是b3lyp/6-31G(d)/SDD,加了色散矫正

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