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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:30:17 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-11-22 17:02
各位老师好,在卢老师的初级班讲义中讲到如果在gview中做过对称化而gaussian却没有判断对实际点群的情况。 ...


在输出文件最一开始就会显示,不会因此耗费时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:31:43 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2022-11-22 23:39
老师好,使用sob老师推荐的双路2696v3服务器进行简单有机体系(100个原子以内)的DFT计算反应能垒。软件使 ...

优化可以用那个级别。弥散函数顶多给阴离子部分加就足矣了

单点用B3LYP-D3(BJ)太烂,适合什么,看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

赝势基组看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:32:06 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-11-22 16:41
请问各位老师,我在高斯中用tddft的方法优化t2结构,t2的总电子能应该是log文件中最后一个SCF Done后的能量 ...

后者。具体来说是加上第2个三重态激发态的激发能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-23 00:37:32 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2022-11-22 10:58
Sob老师您好,我正在计算一个关于氢负离子转移的反应,已经找到该反应的过渡态并计算出了此过渡态的路径扫 ...

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发表于 Post on 2022-11-23 01:16:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2022-11-23 01:17 编辑
sobereva 发表于 2022-11-23 00:31
优化可以用那个级别。弥散函数顶多给阴离子部分加就足矣了

单点用B3LYP-D3(BJ)太烂,适合什么,看

老师这样组合使用可以吗?
中性分子 ,使用B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)优化结构,使用M06-2X-D3/def2-TZVP 计算能量
有阴离子,使用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G(d,p)优化结构,使用M06-2X-D3/def2-TZVPP 计算能量
有Ru, Rh参与,wB97X-V/genecp 碳氢氧使用6-311G(d,p) 金属使用SDD优化结构,wB97X-V/def2-TZVP计算能量这样可以吗?

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发表于 Post on 2022-11-23 08:11:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-23 00:30

在输出文件最一开始就会显示,不会因此耗费时间

谢谢卢老师回复!
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发表于 Post on 2022-11-23 10:47:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,我是做的过渡金属催化有机体系,我想问一下,过渡态的能垒应该是过渡态的吉布斯自由能-(IRC跑出来的)两个反应物络合后的优化后的吉布斯自由能,还是过渡态的吉布斯自由能-两个反应物分别在孤立条件下单独优化后的吉布斯自由能?
可能我说的不清楚老师,我想表达的是,比如:能垒=TS-(A---B),还是能垒=TS-A-B?
老师,我计算出来的络合后的反应物能量比单独优化后加起来的能量低很多,这样的话就显得能垒非常高

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发表于 Post on 2022-11-23 10:58:41 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-23 10:47
老师,我是做的过渡金属催化有机体系,我想问一下,过渡态的能垒应该是过渡态的吉布斯自由能-(IRC跑出来的 ...

能垒=TS- (A---B)。你这种情况是生成反应前复合物了。
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发表于 Post on 2022-11-23 11:09:26 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-23 10:58
能垒=TS- (A---B)。你这种情况是生成反应前复合物了。

好的,谢谢老师,我这一步是质子转移的过程,能垒高达40kcal/mol,老师,我感觉找不到别的路径了,这是这个反应的最后一步了,其他文献上的这一步就是质子转移过程,然后就结束反应了,实在想不到其他办法了

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发表于 Post on 2022-11-23 11:14:37 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-23 11:09
好的,谢谢老师,我这一步是质子转移的过程,能垒高达40kcal/mol,老师,我感觉找不到别的路径了,这是这 ...

如果在溶剂中反应,要考虑溶剂的影响,比如溶剂化的质子,比如隐式溶剂模型或显式-隐式溶剂模型。
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发表于 Post on 2022-11-23 11:24:40 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-23 11:14
如果在溶剂中反应,要考虑溶剂的影响,比如溶剂化的质子,比如隐式溶剂模型或显式-隐式溶剂模型。

试了,老师,把一个溶剂分子加进去与过渡金属络合,然后再计算过渡态与反应物,一样的能垒,相差不大,然后我也试了把溶液中的K+离子加进去,也是能垒差不多高

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发表于 Post on 2022-11-23 11:28:53 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-23 11:24
试了,老师,把一个溶剂分子加进去与过渡金属络合,然后再计算过渡态与反应物,一样的能垒,相差不大,然 ...

过渡金属与溶剂的作用往往很强(就是配合物),你这要加溶剂分子配满过渡金属的第一溶剂化壳层,然后H+与溶剂分子的作用估计也很强,至少要算一个溶剂分子与H+形成的复合离子。
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发表于 Post on 2022-11-23 11:52:20 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-23 11:28
过渡金属与溶剂的作用往往很强(就是配合物),你这要加溶剂分子配满过渡金属的第一溶剂化壳层,然后H+与 ...

老师,是醋酸给的H+,没有地方把溶剂分子放在H+旁边了

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发表于 Post on 2022-11-23 11:57:07 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2022-11-23 11:52
老师,是醋酸给的H+,没有地方把溶剂分子放在H+旁边了

是醋酸直接给出H+,还是质子化的溶剂分子(比如H3O+)参加反应?
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发表于 Post on 2022-11-23 13:23:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yjc 于 2022-11-23 14:20 编辑

各位老师好,对于实际体系涉及势能面的任务我们常采用“on-the-fly”方式进行,也就是跑到哪个结构再算哪个结构的能量、受力等相关信息,我有点想不通的是在没有完整势能面的前提下,对于我们初猜的结构,gaussian程序是通过什么方式迭代出一个更优的结构呢?恳请各位老师解答,谢谢!
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