简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

化小白

chands 发表于 2022-11-23 11:57
是醋酸直接给出H+，还是质子化的溶剂分子（比如H3O+）参加反应？

老师，应该是醋酸给H+吧，因为先开始夺H+的时候就是醋酸夺走的，整个催化过程需要物料守恒吧

wzkchem5

Yjc 发表于 2022-11-23 06:23
各位老师好，对于实际体系涉及势能面的任务我们常采用“on-the-fly”方式进行，也就是跑到哪个结构再算哪个 ...

对于结构优化，根据当前的受力信息来确定。粗略来讲，力指向哪个方向，就把结构往哪个方向变。实际操作比这个要复杂，用的是quasi-Newton法。
对于分子动力学，根据当前的速度和受力信息来确定。最简单的方法是Verlet法，有很多更加复杂也更加精确的方法，你查Verlet法一般都能顺便查到其他那些方法。

wzkchem5

化小白 发表于 2022-11-23 03:47
老师，我是做的过渡金属催化有机体系，我想问一下，过渡态的能垒应该是过渡态的吉布斯自由能-（IRC跑出来的 ...

把这个反应看作两步反应，第一步生成范德华络合物，第二步反应。然后按http://sobereva.com/506的方法判断。
chands说的有误导性，只有当反应前络合物的自由能比单独优化的结果低才能那么算，光能量低还不够，即便你要算能量差而非自由能差也是如此。

wzkchem5

lurensan 发表于 2022-11-22 18:16
老师这样组合使用可以吗？
中性分子 ，使用B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)优化结构，使用M06-2X-D3/def2-TZVP ...

如果你要发三篇文章，第一篇文章只有中性分子，第二篇文章只有阴离子，第三篇文章只有金属配合物，那可以。
同一篇文章的话，需要做一些妥协来让理论级别统一。举例：阴离子加弥散的必要性高于中性分子加弥散带来的收敛问题，所以既有中性分子又有阴离子的话以阴离子级别为准；wB97X-V用于纯有机体系也没什么问题，但M06-2X-D3不适合过渡金属体系，所以当既有纯有机分子又有金属配合物时，以金属配合物为准。其他以此类推

lurensan

wzkchem5 发表于 2022-11-23 15:40
如果你要发三篇文章，第一篇文章只有中性分子，第二篇文章只有阴离子，第三篇文章只有金属配合物，那可以 ...

好的老师，感谢感谢。就是在泛函和基组统一上有疑问。同一篇文章不同体系让我不知道该选什么了。感谢老师

chands

化小白 发表于 2022-11-23 15:33
老师，应该是醋酸给H+吧，因为先开始夺H+的时候就是醋酸夺走的，整个催化过程需要物料守恒吧

这个要看你的体系了，哪个酸性强就主要由哪个给出质子。如果是质子化的溶剂分子，其实也是物料守恒。
PS：刚才没说清楚，楼上骂我了。

Yjc

wzkchem5 发表于 2022-11-23 15:34
对于结构优化，根据当前的受力信息来确定。粗略来讲，力指向哪个方向，就把结构往哪个方向变。实际操作比 ...

谢谢老师解答，我大概了解了您讲的这个方法的基本思想。

化小白

wzkchem5 发表于 2022-11-23 15:36
把这个反应看作两步反应，第一步生成范德华络合物，第二步反应。然后按http://sobereva.com/506的方法判 ...

这个我好像明白，老师，就是说A+B=A---B的过程可以没有过渡态但也需要算到反应过程里面，然后再接过渡态对吗？老师

化小白

chands 发表于 2022-11-23 15:54
这个要看你的体系了，哪个酸性强就主要由哪个给出质子。如果是质子化的溶剂分子，其实也是物料守恒。
PS ...

好的，谢谢老师，我感觉您说的非常有道理，您说的对我的反应真的帮助非常大，感觉很点对点的帮助，苹果老师说的我也明白啦，谢谢老师

化小白

chands 发表于 2022-11-23 15:54
这个要看你的体系了，哪个酸性强就主要由哪个给出质子。如果是质子化的溶剂分子，其实也是物料守恒。
PS ...

老师，那我就让溶剂分子去给H+，让醋酸去与过渡金属配合，找一下这样的过渡态，看一下能垒

wzkchem5

化小白 发表于 2022-11-23 09:12
这个我好像明白，老师，就是说A+B=A---B的过程可以没有过渡态但也需要算到反应过程里面，然后再接过渡态 ...

对，sob老师说的计算方法也适用于一部分基元反应没有过渡态的情形

Mr.zhen

请问各位老师，如果我希望将一个cif晶体的某个晶格中的原子进行替换，其他大部分都保持不变，需要怎么做呢？我试着用gview但是发现所有晶格全都变了

Yjc

各位老师好，我在学习gaussian时有两个疑问：第一，maxstep关键词可以设定初始的步长上限以控制每步优化的结构变化幅度，我疑问的地方在于这个关键词主要是在优化哪一类结构的情况下会使用呢？第二，我们在做完预优化后会产生一个check文件，能否像单点能计算任务中一样用“geom=check”关键词读取预优化的坐标，是否也可以通过“guess=read”读取预优化时算出的波函数呢？谢谢各位老师！

化小白

wzkchem5 发表于 2022-11-23 17:02
对，sob老师说的计算方法也适用于一部分基元反应没有过渡态的情形

好的，谢谢老师

wzkchem5

Yjc 发表于 2022-11-23 11:12
各位老师好，我在学习gaussian时有两个疑问：第一，maxstep关键词可以设定初始的步长上限以控制每步优化的 ...

1. 一般先不加maxstep优化，发现有明显的震荡问题再把任务kill掉、加maxstep续算。又或者之前优化类似的化合物发现需要加maxstep，那么优化当前的化合物也可以一开始就把maxstep加上。如果没有优化过类似的结构，又想不经试错就知道是否需要加maxstep的话，比较困难。
2. 可以。但凡是读取初猜，无论是结构初猜还是波函数初猜，只要初猜定性正确，那么读了即便有问题也只是比不读算得慢而已，不会让一个本来可用的结果变成不可用。