简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

Yjc

wzkchem5 发表于 2022-11-23 19:32
1. 一般先不加maxstep优化，发现有明显的震荡问题再把任务kill掉、加maxstep续算。又或者之前优化类似的 ...

嗯嗯谢谢老师解答，我还有一个想不通的地方，maxstep关键词在优化过程中到底起什么作用，为什么可能使原本震荡的结果不再震荡？

wzkchem5

Yjc 发表于 2022-11-23 12:35
嗯嗯谢谢老师解答，我还有一个想不通的地方，maxstep关键词在优化过程中到底起什么作用，为什么可能使原 ...

默认的优化的步长有时可能太大了，找极小值点的时候跑过头了，再往回找又跑过头了，如此往复，一直也落不到极小值点。这时加maxstep限制步长必须小于等于某个值，就不会跑过头。

Yjc

wzkchem5 发表于 2022-11-23 19:38
默认的优化的步长有时可能太大了，找极小值点的时候跑过头了，再往回找又跑过头了，如此往复，一直也落不 ...

好的老师，我明白了，谢谢您！

sobereva

Yjc 发表于 2022-11-23 13:23
各位老师好，对于实际体系涉及势能面的任务我们常采用“on-the-fly”方式进行，也就是跑到哪个结构再算哪个 ...

几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集 http://bbs.keinsci.com/thread-105-1-1.html

sobereva

Mr.zhen 发表于 2022-11-23 17:05
请问各位老师，如果我希望将一个cif晶体的某个晶格中的原子进行替换，其他大部分都保持不变，需要怎么做呢 ...

如果是晶体中等价的原子，肯定会看到改一个其它都变了
PBC editor里把周期性去掉，替换完原子，然后重新定义晶格

Yjc

sobereva 发表于 2022-11-24 00:57
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集 http://bbs.keinsci.com/thread-105-1-1.html

好的，谢谢卢老师，我去好好看下这些文章

糖糖糖豆9988

请教各位老师，安装了g16之后，登录SSH会出现“-bash: /opt/apps/g16/bsd/g16.profile: No such file or directory”运行时出现图片1里的错误“ Entering Gaussian System, Link 0=g16”；图片2是环境变量的设置，环境变量的路径是存在的，而且图片3.profile绿色也表示可执行，这该如何解决呢？

糖糖糖豆9988

糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-24 09:01
请教各位老师，安装了g16之后，登录SSH会出现“-bash: /opt/apps/g16/bsd/g16.profile: No such file or di ...

已解决，打扰老师们了。

Mary

sobereva 发表于 2022-11-18 02:35
1 合理

2 单独优化的氢化石墨炔的单点能

谢谢老师的解答！您的回答里指出，通常所谓的结合能包含单体的变形能在内，以单体孤立状态能量作为参考。因此在本例中，计算Pd和氢化石墨炔的结合能，采用结合能计算公式：E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)代入计算时，A应该代入单个Pd原子的单点能，B应该代入单独经过几何结构优化之后的氢化石墨炔的单点能。

但我的疑问是：在计算两个片段体系的结合能的时候，如果采取counterpoise的方法进行BSSE校正，提交Gaussian单点能计算的结构是优化完的复合结构。对复合体系进行counterpoise的单点能计算，输出的结合能中，代入计算的B似乎是几何结构优化后的Pd和氢化石墨炔的复合体系去除掉Pd之后的氢化石墨炔（发生了变形）的单点能，而不是单独经过几何结构优化之后的氢化石墨炔（未发生变形）的单点能。此处是不是不符合结合能的定义呢？

（当然，由于此处Pd和氢化石墨炔是强相互作用，此计算可能并不适合用counterpoise的方法进行BSSE校正，而应该用合适的更大一些的基组来解决BSSE的问题。此处只是想以这个结构来举例，计算时采取counterpoise的方法和非counterpoise的方法来消除BSSE，似乎代入计算公式时的B似乎不太一样，一个是单独优化完结构的单点能，一个是整体优化完的某一片段的单点能）

wzkchem5

Mary 发表于 2022-11-24 09:35
谢谢老师的解答！您的回答里指出，通常所谓的结合能包含单体的变形能在内，以单体孤立状态能量作为参考。 ...

没错，所以不应该读BSSE计算的结合能，而是读BSSE计算的BSSE校正，再用这个值来校正你自己算的结合能

Mary

wzkchem5 发表于 2022-11-24 16:46
没错，所以不应该读BSSE计算的结合能，而是读BSSE计算的BSSE校正，再用这个值来校正你自己算的结合能

原来如此！也就是说，根据双分子的相互作用能计算公式，E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE，
分别进行如下计算然后代入：

1.AB：计算几何结构优化后的Pd和氢化石墨炔的复合体系的单点能（加counterpoise，读取计算得到的Counterpoise corrected energy作为E_AB+E_BSSE）
2.A：单独计算单个Pd原子的单点能（不加counterpoise，读取计算结果作为E(A)）
3.B：单独计算单独经过几何结构优化之后的氢化石墨炔的单点能。（不加counterpoise，，读取计算结果作为E(B）

请问这样操作对吗？

wzkchem5

Mary 发表于 2022-11-24 10:26
原来如此！也就是说，根据双分子的相互作用能计算公式，E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE，
...

对，不过取决于计算目的，可能还需要加ZPE以及热校正

护卫天使

请问一下各位老师，VMD中如何移动轴线位置？我设置在左下角，都快出界面了。还有字体颜色如何修改为黑色？

糖糖糖豆9988

请教各位老师，在高斯计算opt+freq任务的输出文件，检索“input orientation”，最后一个下面的坐标是不是就是优化结束的分子坐标呢？

Crazyfairy

老师好，在高斯中调用外部基组的时候，直接复制粘贴内容是有效的，但通过语法调用的时候一直报错，
@/home/gauss/basisset/def2_tzvp1.gbs/N，请教各位老师这个写法是哪里出问题呢？gbs文件是数据库里直接下载的；还有想请教一下为什么调用的时候用home，不应该是@+路径吗？G09说明书和论坛上一些其他帖子都是这个写法