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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-11-25 20:10:13 | 只看该作者 Only view this author

算NBO求助

老师们,想请教一下,nbo时,想让他出来chk文件,我加了第一行关键词,出来成这样了,麻烦老师们指导一下!chk文件里的用图片截取了

202211252009229981..png (99.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

202211252009229981..png

CrF2O-C2H2-1.gjf

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发表于 Post on 2022-11-25 20:19:35 | 只看该作者 Only view this author
chk是二进制文件,打开是乱码。将chk转换成fchk(或fch)文件。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-25 20:28:04 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-11-25 20:10
老师们,想请教一下,nbo时,想让他出来chk文件,我加了第一行关键词,出来成这样了,麻烦老师们指导一下! ...

跟NBO毫无联系
二进制文件显然不能用文本编辑器打开,而且打开它作甚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-25 22:13:36 | 只看该作者 Only view this author

三重态的能量

计算一个TADF小分子,使用PBE0/TZVP去优化三重态,得到T2态的能量低于T1态是什么原因?





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发表于 Post on 2022-11-25 22:15:04 | 只看该作者 Only view this author
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-11-26 11:50:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 KCM@SHU 于 2022-11-26 11:52 编辑

我想请问一下各位老师有没有用Gaussian算过氧化石墨烯的结构优化呢?我想节选氧化石墨烯的一部分作为代表对其进行结构优化,但是算完之后发现他out文件显示的成键有点奇怪,所以想问一下各位老师是不是我建模有问题还是什么原因呢?我的输入输出文件在下面 graphene.rar (2.68 MB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2022-11-26 15:23:03 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下各位老师,比如说我在用opt+freq计算结构的时候,最开始我用的时PBE1PBE方法,然后优化成功后输出文件的summary里面显示的方法时upbe1pbe我想问一下像这种前面带u,r这些字母的具体是什么含义呢?如果我想进一步计算能量,那我是应该在结构优化得出的upbe1pbe这种方法下进行计算,还是用原来的pbe1pbe算呢?

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发表于 Post on 2022-11-26 15:48:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-11-26 15:50 编辑
KCM@SHU 发表于 2022-11-26 15:23
我想请问一下各位老师,比如说我在用opt+freq计算结构的时候,最开始我用的时PBE1PBE方法,然后优化成功后 ...

r=restricted,自旋向上和自旋向下的电子两两匹配,闭壳层的结构默认r
u=unrestricted,对电子两两匹配不作限制,开壳层的结构默认u
一般用默认的r或u(即不用设置),除非开壳层单重态这类结构(系统默认r,但是实际上是u,所以要指定u)。
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发表于 Post on 2022-11-26 23:59:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Yjc 于 2022-11-27 00:27 编辑

请问各位老师,同一体系在同一级别下用不同电脑计算结果是一样的吗?
对于氨基甲酰烯酮体系的优化和振动分析,我尝试了很多遍,就是无法在同一计算级别下优化到与实验室其他同学的结果(我算出的能量比他高4KJ/mol),而且振动分析中频率也有较大差异,请问这是什么原因?谢谢!注:我最后算出的各原子受力都是近似为零的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-27 01:06:15 | 只看该作者 Only view this author
Yjc 发表于 2022-11-26 23:59
请问各位老师,同一体系在同一级别下用不同电脑计算结果是一样的吗?
对于氨基甲酰烯酮体系的优化和振动分 ...

看此文了解可能影响结果的各种因素
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-27 01:08:20 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-11-26 11:50
我想请问一下各位老师有没有用Gaussian算过氧化石墨烯的结构优化呢?我想节选氧化石墨烯的一部分作为代表对 ...

边缘都没加氢,毫无意义
而且这么小一块根本代表不了氧化石墨烯。把下文看了
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html

以后别上传chk文件,对别人没意义,还白浪费服务器空间
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发表于 Post on 2022-11-27 09:51:36 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想问一下我在写Molpro输入文件时,在CASSCF部分已经写了活性空间,请问在后面的RS2部分还需要写活性空间吗?

202211270951124051..jpg (54.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 72)

202211270951124051..jpg

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发表于 Post on 2022-11-27 11:47:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想问一个问题。图1是我在网站上下载的环丁枫分子结构。图2是我优化完了之后的,优化完了为什么变成了三部分?
优化的关键词:# opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj geom=connectivity

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发表于 Post on 2022-11-27 13:23:35 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我设置了两个片段作为初猜,在G09的计算结果如图,为什么片段二的电荷和多重度设定与输入文件不同?此外在G16计算,则是直接报错片段总电荷为4,而系统总电荷为2。该如何解决?

1669526624072.jpg (56.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 73)

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发表于 Post on 2022-11-27 16:31:25 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-11-27 04:47
各位老师好,想问一个问题。图1是我在网站上下载的环丁枫分子结构。图2是我优化完了之后的,优化完了为什么 ...

初始结构硫的键角错误。按化学常识重新画初猜结构,再算。不要轻信某些数据库里的三维分子结构,那些是用软件自动生成的、为了给人看的,达不到做计算的要求。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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