简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-7-10 10:21:50

sobereva 发表于 2015-7-9 22:44
这个问题太含糊。无非就是输入文件写得不对。
搞明白每个关键词的意思就自然明白了。

不好意思啊，有段时间没来，忘了有这个帖子了。不好意思啊，sob老师

北极天99 · 发表于 Post on 2015-7-10 17:53:23

sobereva 发表于 2015-6-17 21:45
也有可能，但往往还是会经历一个解离产物的复合物的过程

老师，我现在找到了过渡态了，那接着我怎么去找这个解离产物复合物，怎么确定呢？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-10 18:41:34

北极天99 发表于 2015-7-10 17:53
老师，我现在找到了过渡态了，那接着我怎么去找这个解离产物复合物，怎么确定呢？谢谢

走IRC，然后取产物方向最后一个点进行优化

北极天99 · 发表于 Post on 2015-7-10 19:56:41

sobereva 发表于 2015-7-10 18:41
走IRC，然后取产物方向最后一个点进行优化

好的，我试试，谢谢老师！

北极天99 · 发表于 Post on 2015-7-11 12:57:18

sobereva 发表于 2015-7-10 18:41
走IRC，然后取产物方向最后一个点进行优化

sob老师，我是取了产物方向IRC的最后一个点优化，但是优化之后发现变成了原来的反应物，那我应该怎么办呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-11 20:14:29

北极天99 发表于 2015-7-11 12:57
sob老师，我是取了产物方向IRC的最后一个点优化，但是优化之后发现变成了原来的反应物，那我应该怎么办呢 ...

两种做法
1 IRC走完整些，走到几乎达到了产物结构再去优化
2 把优化步长上限改小点，比如opt(maxstep=5,notrust)

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-11 20:20:02

本帖最后由 lastzealot 于 2015-7-11 20:21 编辑

请问关键词是不是
# opt=ts freq

结构中是不是要把两个反应物都放进来呢？

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-11 21:06:13

lastzealot 发表于 2015-7-11 20:20
请问关键词是不是
# opt=ts freq

一般写法诸如# B3LYP/6-31G* opt(TS,noeigen,calcfc)。结构就一个，是你猜的过渡态结构。

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-11 23:05:27

sobereva 发表于 2015-7-11 21:06
一般写法诸如# B3LYP/6-31G* opt(TS,noeigen,calcfc)。结构就一个，是你猜的过渡态结构。

谢谢老师

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-12 19:38:47

jlx_ 发表于 2015-4-24 18:13
不知道8.0的改进没，反正现在盗版的7.0没有没钱不能搞科研啊

我还是先把最最基础的先看看，然后 ...

为什么不用高斯替代dmol呢？前者应该比后者强大好多吧

lastzealot · 发表于 Post on 2015-7-12 21:35:37

alystone 发表于 2015-6-22 21:23
想问一下，win版高斯是.out，linux版输出是.log，Amber程序支持.out，可是我只有.log，我该怎么办？直接改 ...

linex输出也可以是.out啊

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-7-15 10:09:16

RT，自学高斯，很多不懂。请问一下，下面这段是什么意思呢？尤其是数字0是什么意思，谢谢sob大神！！

Mn 0
lanl2dz
****
C H N O 0
6-31G**
****

Mn 0
lanl2dz

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-15 11:39:42

fankui1990129 发表于 2015-7-15 10:09
RT，自学高斯，很多不懂。请问一下，下面这段是什么意思呢？尤其是数字0是什么意思，谢谢sob大神！！

Mn ...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

fankui1990129 · 发表于 Post on 2015-7-16 00:58:58

请问计算过渡态的时候加上NoEigenTest有什么影响么？比如计算时间会延长么？

sobereva · 发表于 Post on 2015-7-16 02:06:08

fankui1990129 发表于 2015-7-16 00:58
请问计算过渡态的时候加上NoEigenTest有什么影响么？比如计算时间会延长么？

不会。
一般总得加上noeigen，因为初猜结构很难确保正好处于过渡态的二次区域内。在二次区域外，Hessian的本征值的负值数目不为1，此时程序会自动报错终止。noeigen避免本征值符号的检测。

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