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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-8-18 21:30:54 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-18 11:20
老师,我把TS和IRC以及优化的OPT文件给您上传一下,麻烦您看看。



一方面并没有跑平,如上;另一方面你的 “R” 物质的优化多重度都和IRC不一样(一个4一个6),还期待极小点能和IRC一样?!

你这货太活泼,在修正上述错误的基础上可尝试固定Hg-Cl-C键角为直线进行限制性优化后,再全部放开优化。

传输出记得打包。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-18 22:24:44 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-18 11:20
老师,我把TS和IRC以及优化的OPT文件给您上传一下,麻烦您看看。


你走IRC是六重态,但是IRC-R那个用的是四重态,明显不对应。另外IRC也还没完全走平

PS:上传总共超过3MB的文本文件之前一定要先压缩,以减少下载时的耗时,特别是节约论坛资源。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-8-19 08:41:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-18 22:24
你走IRC是六重态,但是IRC-R那个用的是四重态,明显不对应。另外IRC也还没完全走平

PS:上传总共超 ...

老师我明白你的意思,这个四重态,是我自己故意这么做的,开始用6优化的,优化不出来,所以自己改用4优化 了,可还是优化不出来。而且IRC-P我统一用的是6,IRC端的结构和OPT-P的结构也不对应。
对于没有打包,很是抱歉,下次一定记得,辛苦老师了。

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发表于 Post on 2016-8-19 08:44:59 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-8-18 21:30
一方面并没有跑平,如上;另一方面你的 “R” 物质的优化多重度都和IRC不一样(一个4一个6),还期待 ...

老师,这个IRC是自动停了的,您说没有走平,我给的步数IRC并没有走完,就认为到了极小点,怎样才能让IRC走的更多呢?增大步长吗?
此外,这个四重态,是我自己故意这么做的,开始用6优化的,优化不出来,所以自己改用4优化了(您之前教导过说我多重度有问题,所以尝试不同多重度去分析了),可还是优化不出来。而且IRC-P我统一用的是6,IRC端的结构和OPT-P的结构也不对应。
对于没有打包,很是抱歉,下次我一定记得,辛苦老师为我解答问题,多谢多谢!

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发表于 Post on 2016-8-19 10:07:14 | 只看该作者 Only view this author

求助高斯scan,二面角优化

高斯做双键scan扫面,8-1-3-5转动时双键上其它原子没有随着变化,造成8与2最终重叠,能否让2-1-3-5随着8-1-3-5转?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-19 15:27:32 | 只看该作者 Only view this author
smilenfree 发表于 2016-8-19 10:07
高斯做双键scan扫面,8-1-3-5转动时双键上其它原子没有随着变化,造成8与2最终重叠,能否让2-1-3-5随着8-1- ...


用柔性扫描就完了
非要用刚性扫描,必须定义内坐标的二面角时候让两边基团的原子都分别参考被旋转的那两个原子的坐标来定义,这样构成二面角的两边的原子相对旋转时才能带着连着的基团一起动。
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发表于 Post on 2016-8-20 15:30:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,如果优化的过程把原子给固定了,那么优化成功以后频率计算的时候把原子解开固定可以吗,还是频率计算要完全按照优化结束的数据计算呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-20 16:57:14 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2016-8-20 15:30
sob老师您好,如果优化的过程把原子给固定了,那么优化成功以后频率计算的时候把原子解开固定可以吗,还是 ...

和优化时冻结设定一致
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发表于 Post on 2016-8-22 08:48:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好,大家好,我在跑irc的时候只跑了几个点就不跑了,出现如下错误,优化结构时也出现了同样的错误,希望大家帮我看看,给些建议~
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7697,   after     0.7503
DiagDN has N=   960 LTot=  2912 but NE2=     3 cannot use DSYEVD.
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/gauss/g09/l502.exe at Sat Aug 20 18:59:56 2016.
Job cpu time: 20 days 22 hours 35 minutes 59.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   8465 Int=      0 D2E=      0 Chk=     80 Scr=      1
另外,输入的关键词是这样的: # B3LYP/6-311++g(d,p) irc(calcfc,maxpoint=20,stepsize=10) ,麻烦帮我看一下有没有错误,菜鸟一枚,问的很弱智,大家轻喷~希望以后跟大家多多交流学习

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-22 09:24:29 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-8-22 08:48
sob老师,您好,大家好,我在跑irc的时候只跑了几个点就不跑了,出现如下错误,优化结构时也出现了同样的错 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

对于几何优化、找IRC的目的,对于B3LYP都能描述的体系,根本不需要用弥散函数,用了之后计算量暴增还有碍收敛。强烈建议去掉之。
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发表于 Post on 2016-8-22 09:42:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-22 09:24
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

谢谢老师的建议,我计算的反应是氢转移反应,弥散是不是不能去掉

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-22 11:42:59 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-8-22 09:42
谢谢老师的建议,我计算的反应是氢转移反应,弥散是不是不能去掉

算势垒,单点计算时候给重原子加最低程度的弥散对改进结果精度有一点帮助,但划算的前提是你已经把“底子”搭好了,比如到了6-311(2df,2p)级别。而给氢加弥散,则是毛用也没有,纯属白费时间。
算反应,几何优化、走IRC、振动分析则是完全不需要弥散,可以非常明确地说:有害无益!!!!!!!
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发表于 Post on 2016-8-22 12:54:14 | 只看该作者 Only view this author

高斯对于过渡态元素的计算设置方法?

构建的模型中存在Fe元素,知道需要针对C,H,O类使用一个基组和方法;而对Fe需要使用另外一种方法。看到这么一句话:“The geometry optimizations of all intermediate and transition state structures had been performed using the Becke three-parameter exchange functional (B3)22 and the LeeYangParr correlation functional (LYP)23 with 6-31G* basis set for C, H, and O atoms and LANL2DZ ECP basis set for Fe and Cl.”,但不知道的是如何在文件中写针对不同元素用不同方法的语句呢?

  谢谢!

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发表于 Post on 2016-8-22 13:39:44 | 只看该作者 Only view this author
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

P.S. 能说出“过渡态元素”这种话还是先去补补基础原理再开始计算,否则很可能不知道在哪儿就掉坑了

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发表于 Post on 2016-8-22 16:57:10 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,有的文献软度是s=1⁄η,有的为s=1⁄2η。请问哪一个是正确的?

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