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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-8-17 10:25:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-17 09:48
找不到过渡态的时候,即反应过程能量单调变化

不好意思sobereva老师,我不明白“找不到过渡态“是意味着该反应没有过渡态,还是我没找到过渡态?请问老师应该怎么判断呢?

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发表于 Post on 2016-8-17 15:57:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,用KiSThelP计算的时候用的能量都是通过优化和频率计算得到的,那如果想把高精度计算得到的单点能引入该怎么处理?谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-8-17 16:51:43 | 只看该作者 Only view this author
大道之行 发表于 2016-8-17 10:25
不好意思sobereva老师,我不明白“找不到过渡态“是意味着该反应没有过渡态,还是我没找到过渡态?请问老 ...

延反应方向做柔性扫描,扫描合适、扫描得到的能量单调变化即可基本确定无过渡态

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发表于 Post on 2016-8-17 17:45:24 | 只看该作者 Only view this author
对于一个反应的过渡态搜索,找到后,进行IRC分析,IRC曲线两段都已经走平了,分别去两段结构进行OPT,发现优化出来的结构和IRC中的不一样,相差很多,请问老师这是为什么呢?对于这情况该怎么处理?多谢老师!

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发表于 Post on 2016-8-17 17:47:32 | 只看该作者 Only view this author
老师,看到您写道“单分子反应是反应物为一个分子,或者虽然是两个分子反应,但先形成了相对稳定的复合物/中间体,此时将复合物作为起点也算单分子反应。双分子反应就是两个分子反应且不生成能短暂存在的复合物/中间体。”对于两分子反应有复合物生成的反应只能按照单分子反应处理么?看到TST公式里面V*定义为the difference in zeropoint excluded potential energy between the transition state(TS, assumed to be located at the saddle point on the PES)and the reactant(s) (zero-point energy contributions are included in the partition functions).见于Journal of Computational Chemistry 2014, 35, 82–93感觉这块概念不太清楚?求指导,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-17 20:00:38 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-8-17 15:57
老师,用KiSThelP计算的时候用的能量都是通过优化和频率计算得到的,那如果想把高精度计算得到的单点能引入 ...


自己把自己算的高精度单点数值替换进log,要么替换进自动产生的.kinp里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-17 20:01:27 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-17 17:45
对于一个反应的过渡态搜索,找到后,进行IRC分析,IRC曲线两段都已经走平了,分别去两段结构进行OPT,发现 ...

优化时候减小步长上限再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-17 20:03:24 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-8-17 17:47
老师,看到您写道“单分子反应是反应物为一个分子,或者虽然是两个分子反应,但先形成了相对稳定的复合物/ ...

拿两个单体还是拿复合物当反应物取决于自己
算双分子反应k的时候是用前者
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-8-17 20:15:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-17 20:01
优化时候减小步长上限再试

好的,我这试试,多谢老师!

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发表于 Post on 2016-8-17 22:49:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 librakitty 于 2016-8-17 22:59 编辑
sobereva 发表于 2016-8-17 20:00
自己把自己算的高精度单点数值替换进log,要么替换进自动产生的.kinp里

谢谢老师,关于双分子单分子反应那个问题,我明白了,但是替换这个没替换成功。我把log文件中的Zero-point correction之后的这部分涉及到电子能的热力学量都替换了,但是最终输出结果显示换和不换是一样的,老师,到底该替换哪个部分呢?我也试着把生成的.kinp文件中的电子能量(*POTENTIAL ENERGY (in hartree)下面显示)改了,然后再读入,但老是报错。操作步骤是不新建path,直接进行计算,读取反应物的kinp文件,但是这个环节就老报错。请老师指点。

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发表于 Post on 2016-8-17 23:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-17 20:00
自己把自己算的高精度单点数值替换进log,要么替换进自动产生的.kinp里

老师,谢谢您的指点,我又重新进行了尝试,仍然按照帖子所述步骤新建。。。。只是把自动生成的.kinp文件中的电子能量自己人为改成高精度计算的单点能,总算是成功了。麻烦老师了。

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发表于 Post on 2016-8-18 09:06:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-17 20:01
优化时候减小步长上限再试

老师,已经减小步长上限,#p opt=(calcfc,maxstep=5,notrust) 但是还是优化不到IRC连接的两段,而且完全不一样,但是IRC曲线的确已经平了。请问老师这种情况是为什呢,该怎么处理呢?辛苦老师了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-18 09:25:12 | 只看该作者 Only view this author
小书童 发表于 2016-8-18 09:06
老师,已经减小步长上限,#p opt=(calcfc,maxstep=5,notrust) 但是还是优化不到IRC连接的两段,而且完全 ...

没具体情况不好说
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发表于 Post on 2016-8-18 11:20:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 小书童 于 2016-8-18 18:19 编辑
sobereva 发表于 2016-8-18 09:25
没具体情况不好说

老师,我把TS和IRC以及优化的OPT文件给您上传一下,麻烦您看看。

C7-Hg-2Cl-TS3-6.log

1.24 MB, 阅读权限: 20, 下载次数 Times of downloads: 2

TS

C7-Hg-2Cl-TS3-6-IRC.log

2.61 MB, 阅读权限: 20, 下载次数 Times of downloads: 2

IRC

C7-Hg-2Cl-TS3-6-IRC-P.log

7.55 MB, 下载次数 Times of downloads: 9

P

C7-Hg-2Cl-TS3-6-IRC-R.log

4.05 MB, 下载次数 Times of downloads: 3

R

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发表于 Post on 2016-8-18 19:35:17 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-8-17 16:51
延反应方向做柔性扫描,扫描合适、扫描得到的能量单调变化即可基本确定无过渡态

好的谢谢老师

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