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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-18 05:57:41 | 只看该作者 Only view this author
灰飞的旋律 发表于 2016-11-17 23:13
我的输入文件
%chk=S3-1.chk
%nprocshared=8


Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

比较大的虚频往往是由于整体或局部初始对称性太高导致的,这种情况可尝试按照虚频移动微调结构继续优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-11-18 08:23:55 | 只看该作者 Only view this author

gausssian程序包中PBE0-1/3应该怎么输入

请教各位老师:
DFT方法:PBE0-1/3的关键词应该怎么输入?谢谢了

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发表于 Post on 2016-11-18 08:27:36 | 只看该作者 Only view this author
2.2 PBE0及变体PBE0在Gaussian里写作PBE1PBE,是把PBE泛函中引入25% HF成份,即a=1.0,b=0.25,c=d=0.75,e=f=1.0。相当于PBEPBE IOp(3/76=1000002500,3/77=0750007500)。由于IOp(3/78=1000010000)是默认的,所以可以不用写。

J. Chem. Phys., 138, 021104 (2013)定义了一个无聊的泛函PBE0-1/3,就是把HF成份增加到1/3,故对应于PBEPBE IOp(3/76=1000003333) IOp(3/77=0666706667)。

DFT-D3原文里顺带定义了PBE38,是把HF成份改为3/8=37.5%,测试表明算含频极化率是最好的,对应于PBEPBE IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250)。



参见 《Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》:http://www.sobereva.com/344

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发表于 Post on 2016-11-18 10:26:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师们好,我的问题是我进行了TD计算,计算了40个态,得到了cube文件,但是现在需要增加一些态,由于分子体系特别大不想重新进行计算,如何在原来的基础上进行处理呢?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-18 10:29:25 | 只看该作者 Only view this author
ssp2493187 发表于 2016-11-18 10:26
各位老师们好,我的问题是我进行了TD计算,计算了40个态,得到了cube文件,但是现在需要增加一些态,由于分 ...

在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态
http://sobereva.com/348
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发表于 Post on 2016-11-18 10:46:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-18 10:29
在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态
http://sobereva.com/348

谢谢sobereva老师

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发表于 Post on 2016-11-18 11:38:17 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算出现l103错误

老师们好,我在计算一个硝基苯氯代的过渡态,这是我的输入文件和log文件  不知道哪里出错了   请老师给指导一下

360反馈意见截图16530718244305.png (16.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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发表于 Post on 2016-11-18 11:48:51 | 只看该作者 Only view this author
opt=笛卡尔坐标

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发表于 Post on 2016-11-18 12:10:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chengxing545946 于 2016-11-18 12:14 编辑


Sob老师,您好,这是我算的几条反应路径的能垒与速率常数的关系表格。(ΔE是电子能垒,ΔE0是考虑了ZPE的能垒,ΔG是吉布斯自由能能垒,根据您博文的表格用TST理论计算的k)我的问题是:ΔE和ΔE0能垒与k的关系对应不上,但比较ΔG是可以对应上的,那是不是表明我们根据能垒比较反应的难易就只能根据吉布斯自由能垒了,可是我看有些文献当中是比较ΔE和ΔE0能垒的,究竟我们使用哪个能垒来比较反应的难易程度是比较严谨的?还是压根就不能比较ΔE和ΔE0能垒,因为这样有可能得到错误的结论?

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发表于 Post on 2016-11-18 12:21:55 | 只看该作者 Only view this author

老师  您的意思是要写上opt=笛卡尔坐标的关键词么?那l103的错误是什么意思呢?我看了一下好像l103.exe是关于过渡态收敛的程序,是我设置的过渡态关键词不对吗?已经跑了13圈

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-18 12:36:38 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2016-11-18 11:38
老师们好,我在计算一个硝基苯氯代的过渡态,这是我的输入文件和log文件  不知道哪里出错了   请老师给指导 ...

这是老生常谈的问题,就是优化过程中组成二面角的三个原子排成了直线,导致二面角没法定义之类的事
opt=cartesian可解决
或者你用最后的结构,重新做这个任务,由于程序会重新生成冗余内坐标,一般也能解决这问题。
你写的modredundant完全多余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-18 12:42:38 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-18 12:10
Sob老师,您好,这是我算的几条反应路径的能垒与速率常数的关系表格。(ΔE是电子能垒,ΔE0是考虑了ZPE ...


根据过渡态理论应当用吉布斯能垒讨论反应难易
U(0)或U(T)能垒都不能讨论(除非是基于配分函数形式的TST来计算k,这时候用U(0)),顶多是在多数情况和k有正相关性,但熵效应明显的情况下就没对应关系了
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发表于 Post on 2016-11-18 14:59:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-18 12:42
根据过渡态理论应当用吉布斯能垒讨论反应难易
U(0)或U(T)能垒都不能讨论(除非是基于配分函数形式的TS ...

上面表格里ΔE对应的k以及ΔE0对应的k我都是严格按照您表格里的说明,是基于配分函数计算的,可以看出不管是根据ΔE、ΔE0还是ΔG计算,得到的k都是很接近的,但是有时候ΔE能垒大,它的k值反而比ΔE小的k还要大,这样数据我就不好分析了,特别是我绘制能量折线图的时候,明明ΔE能垒很大,可是计算出的k比其他的要大好几个数量级,感觉分析数据比做实验难多了,老师,请问这种情况我应该怎么解释这些数据比较好,希望老师指点一下,真的非常感激老师每次耐心的回复,感恩!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-18 18:49:02 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2016-11-18 14:59
上面表格里ΔE对应的k以及ΔE0对应的k我都是严格按照您表格里的说明,是基于配分函数计算的,可以看出不 ...

热力学形式是基于delta_G算的,根据deltaG=deltaH-T*deltaS可以进一步拆成delta_H和delta_S的表达式,分别讨论焓和熵的影响
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发表于 Post on 2016-11-22 14:27:11 | 只看该作者 Only view this author
对银配合物使用SMD方法计算溶剂化自由能,因Ag不在SMD参数化时使用的6-31G(d)基组里,对Ag用什么基组/赝势较好?

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