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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-4 16:08:58 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-1-4 08:46
研究分子间相互作用 撘界面 优化时出现这种错误 请问这是什么意思 谢谢大家

仔细看此文
提问Gaussian问题的注意事项;Gaussian FAQ
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发表于 Post on 2017-1-4 18:22:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-4 16:02
我不清楚你具体是什么情况
诸如H--H--H这种体系,你刚性扫描两个H-H键长,得到二维势能面,上面一下就 ...

老师我的意思就是这个终止了,能得到的就是上面那个扫描。得不到二维势能面。所以这幅图也能找到过渡态的存在点吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-4 20:51:31 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-1-4 18:22
老师我的意思就是这个终止了,能得到的就是上面那个扫描。得不到二维势能面。所以这幅图也能找到过渡态的 ...

当前这个图没用
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发表于 Post on 2017-1-5 14:18:45 | 只看该作者 Only view this author
S老师我正在看您推荐的Levine的Quantum Chemistry,老师您对于本书的说明是:
这本书对于专门搞量化理论的人来说只是初级水平,而对搞应用性计算的人,看完此书后基础知识方面勉强够了。此书写得很好,很系统,公式推导很易懂(只要高数能及格的人看着就没压力),量化常见概念也都有解释。但是,不要以为光读了这本书就算入门了,这本书不告诉你怎么结合Gaussian等主流程序算实际问题,不会用量化解决基本问题就还称不上入门。另外,此书对于广大量子化学初学者入门的一个很大问题就是铺垫太多,前半本书都在讲量子力学,可能都看累了、完全失去兴趣了,结果连HF还没明白是什么意思。所以,这本书,如果你有充裕的学习时间,慢慢从头到尾看完是很好的,但如果没那么多时间,别试图把此书都从头到尾细致啃完、习题都做了一遍才开始算实际问题
我的问题是,我就是那种门外汉想要入门的,我该怎么看。我没看懂老师说的“别试图把此书都从头到尾细致啃完、习题都做了一遍才开始算实际问题”具体是怎么样的情况。


还有一个问题,网上有第二版的该书的中文版,是否值得阅读?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 Post on 2017-1-5 18:07:16 | 只看该作者 Only view this author

chk转fch文件问题求解!

我在超算上将chk文件转成fch文件时,出现:Missing data for FCHkPn. Error termination via Lnk1e at .... Segmentation fault (core dumped),请问是什么原因,怎么解决?我查了小木虫上,有人说是不同平台的不能转换,但是我就是用的超算中心的,应该可以!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-5 19:30:17 | 只看该作者 Only view this author
darknesseye 发表于 2017-1-5 18:07
我在超算上将chk文件转成fch文件时,出现:Missing data for FCHkPn. Error termination via Lnk1e at .... ...


如果你转换chk的平台就是你计算chk的平台,将原先chk删掉,重新算一遍单点再试
实在不行换个机子再算单点得到chk文件再转换,老版本不行就用新版本,反正算单点也耗不了多少时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-5 19:33:07 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2017-1-5 14:18
S老师我正在看您推荐的Levine的Quantum Chemistry,老师您对于本书的说明是:
这本书对于专门搞量化理论 ...


门外汉就从头按顺序看,反复看不懂的就跳过,复杂的数学推导部分可以选择性略过,习题一概不用做。结合exploring那本书练习Gaussian操作,理论和操作相结合学习。

第二版是80年代的,里面的东西只有那些量子力学的还是可以看的,量化有关的内容早过时了,看那个纯属浪费时间,什么也学不到。
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发表于 Post on 2017-1-5 22:29:37 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,对于闭壳层的锕系化合物,需要考虑SOC吗?
如果考虑了,会发生能级分裂吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2017-1-5 22:31:12 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教您一个问题
我看了一个用DFT方法研究卤化铀的文章,里面提到
含有铀5f(pi) 5f(fi) 6p成分多的分子轨道,在考虑SO后劈裂宽度较大,而含有卤离子p轨道成分多的分子轨道劈裂较小。
请问这是为什么呢?
谢谢老师

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发表于 Post on 2017-1-6 01:06:45 | 只看该作者 Only view this author
老师您能帮我看一下哪个点是过渡态吗?两张图不同角度

a1.png (57.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-6 05:28:16 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-1-6 01:06
老师您能帮我看一下哪个点是过渡态吗?两张图不同角度


扫描步长太大,图太粗糙不好看,而且感兴趣的极小点位置也并不明确

图上标的只是一种可能,别忘了势能面是3N-6维的,不要认为只扫两个变量就能看出过渡态什么的,除非你很清楚发生反应主要牵扯到的就是被扫的这两个坐标


一言以蔽之:牵扯较多原子体系反应的问题,做刚性扫描基本没用。有扫描的功夫,还不如多根据化学直觉尝试几种不同的过渡态初猜来用opt(TS,calcfc,noeigen)搜索过渡态.
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发表于 Post on 2017-1-6 08:40:19 | 只看该作者 Only view this author

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本帖最后由 好好学习 于 2017-1-7 09:05 编辑

老师们 这个是因为我初始结构有问题吗

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发表于 Post on 2017-1-6 12:50:54 | 只看该作者 Only view this author

关于电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算

请问在sob 的文章,电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算一文中(http://sobereva.com/230)


对于基态是闭壳层的计算,所有跃迁系数平方和相加等于0.5,即50%。之所以加和不为理应的1.0,
是因为alpha轨道和beta轨道此时完全一致,alpha电子的跃迁和beta电子的跃迁的情况因此也是完全一致的,因此只输出了alpha部分。




这个平方计算方法有相关文献吗?


谢谢



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发表于 Post on 2017-1-6 14:38:01 | 只看该作者 Only view this author
啥叫平方的计算方法?
就是数字的平方啊。。。A^2=A*A。。。

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发表于 Post on 2017-1-6 15:09:17 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-1-6 14:38
啥叫平方的计算方法?
就是数字的平方啊。。。A^2=A*A。。。

楼主的意思是,这种数据操作过程有什么文献可以参考(引用),但我觉得算轨道跃迁贡献率,直接拿来用就可以了,不需要额外引用文献。就好比前一阵子有研友咨询"用RMSD衡量两个结构的几何偏差"有什么参考文献吗……

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