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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-12-31 17:56:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-31 00:23
那IRC末端结构优化的时候步长上限改小点,免得初始步长太大一下子越过了势垒很小的过渡态。
如果很小步 ...

缩短步长是怎么写?maxstep=N这个吗?N取多少合适?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-31 19:06:14 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2016-12-31 17:56
缩短步长是怎么写?maxstep=N这个吗?N取多少合适?
谢谢老师

e.g. opt(maxstep=5,notrust)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-12-31 23:24:15 | 只看该作者 Only view this author
请问化学键的力常数去哪里查?
想利用Tinker对tetrathiotetracene进行MD模拟,但是力场参数不够需要自己添加 比如bond angle bending parameter,Torsional Parameters等。在文献里找到了键角信息,但是还有force constant 以及 Torsional Parameters不知道去哪里查?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-1 00:13:33 | 只看该作者 Only view this author
janeli1995 发表于 2016-12-31 23:24
请问化学键的力常数去哪里查?
想利用Tinker对tetrathiotetracene进行MD模拟,但是力场参数不够需要自己添 ...


直接用量化方法在较好级别下做柔性扫描,对曲线拟合来得到力常数

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发表于 Post on 2017-1-2 01:32:37 | 只看该作者 Only view this author
老师做了一个扫描,这种怎么分析呢?

scan.png (53.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-2 12:07:52 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-1-2 01:32
老师做了一个扫描,这种怎么分析呢?


图中什么位置能量高什么位置能量低一看不就知道了,能分析出什么显然要结合实际问题
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发表于 Post on 2017-1-2 20:41:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-1-2 12:07
图中什么位置能量高什么位置能量低一看不就知道了,能分析出什么显然要结合实际问题

这种图什么地方存在过渡态?以前没有接触过,一脸懵比~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-2 21:07:45 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-1-2 20:41
这种图什么地方存在过渡态?以前没有接触过,一脸懵比~

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发表于 Post on 2017-1-3 00:56:46 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师~那我这个就是没有过渡态的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-3 02:27:41 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-1-3 00:56
谢谢老师~那我这个就是没有过渡态的?

y
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发表于 Post on 2017-1-3 09:18:42 | 只看该作者 Only view this author

NPA分析

请问用NPA分析供体的供电子能力的具体数值,是用各个原子的电荷之和吗?

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发表于 Post on 2017-1-3 11:01:43 | 只看该作者 Only view this author
老师,自旋多重度为2的三重激发应该怎么算,用TD(Triplets)的结果跟TD(singlets)的结果一样。

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发表于 Post on 2017-1-3 11:43:26 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我做了ELF图,但是我不知道图上的这些数字该怎样分析,还有ELF只能分析成键类型吗?老师能不能给我指点指点?

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发表于 Post on 2017-1-3 12:40:20 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师:向你求教三重激发态计算问题:

一共轭烯酮,C=C存在顺反异构,在室内自然光条件下Cis-Trans会很快互变,我的计算是想简单解释这种互变的可能机制。因此,做了下列计算:(1)通过C=C二面角扫描获得了基态(S0)势能面;(2)通过对S0势能面关键点用TD-DFT计算垂直激发能获得了单重激发态(S1)的势能面,S1优化得到的是Cis-和Trans-S1;(3)对三重态,根据您在论坛上给的建议,以多重度为3,做Unrestricted DFT二面角扫描获得了一个三重态势能面(标为T0);(4)对T0势能面上的关键点以电荷-多重度为0-1用TD-DFT做垂直激发能计算获得了另一个三重态势能面,标为T1。计算获得的四个势能面如附图。我的问题是:
1、二个三重态势能面差别很大,到底哪一个是三重激发态(即文献中通常所称的T1)的势能面?如果是附图标示的T0,那么T1应归属为哪个势能面?
2、根据有关文献,我觉得这个体系Cis-Trans互变的可能机制应是S1经系间串跃(isc)成为三重态,三重态再经isc变为Cis-S0或Trans-S0。但如果这种互变是沿标示的T1势能面进行,需经过一个很高的能垒(约18Kcal/mol),似不合理。如果互变是沿T0的势能面进行,Cis和Trans间能垒很低,似合理,但需T1与T0间发生内转换(IC),这个IC是否可能?
3、如果T1与T0间发生IC,互变经T0势能面进行,会产生另一个问题:这就是T0能量最低点与S0间的能差有点大,发生isc的可能性偏低,而T1的能量最低点与S0间的能差很小,发生isc的可能性更大,因此,有没有可能T0再次经IC到达T1能量最低点、从这个T1点发生isc而到达S0?

问题有点复杂,请Sob老师方便时赐教。先谢了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-1-3 14:27:08 | 只看该作者 Only view this author
阳光总在风雨后 发表于 2017-1-3 09:18
请问用NPA分析供体的供电子能力的具体数值,是用各个原子的电荷之和吗?

原子电荷加和,得到片段电荷即可
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