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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-12-28 20:56:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-28 08:33
足够
记得考虑频率校正因子
谈谈谐振频率校正因子

sob老师,还有一个问题是Gussian是如何区分光学异构体的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-28 21:18:59 | 只看该作者 Only view this author
mars936 发表于 2016-12-28 20:56
sob老师,还有一个问题是Gussian是如何区分光学异构体的?


什么叫区分?高斯干嘛区分?你只能说不同手性异构体,高斯算的VCD、ECD不同。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-12-29 10:09:36 | 只看该作者 Only view this author

如何针对不同分子大小作图?

类似这种大分子图是用什么软件作出来的呢?用oniom方法优化得到的构型用什么软件画出的图能够体现出所要表达的意思呢?谢谢!

E_L`LC0SVSNP67N0J@ZQRS6.png (5.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

E_L`LC0SVSNP67N0J@ZQRS6.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-29 10:12:04 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-12-29 10:09
类似这种大分子图是用什么软件作出来的呢?用oniom方法优化得到的构型用什么软件画出的图能够体现出所要表 ...

把结构保存成pdb文件,在VMD里载入后,在graphics-representation里建立两个representation,分别选取不同区域,一个用CPK模式另一个用line模式

或者直接在gview里,通过设定不同的oniom layer实现,gview里不同oniom layer的显示方式是不同的。
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发表于 Post on 2016-12-29 15:17:02 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教您个问题
一般不含有单电子的体系用闭壳层方法处理
含有单电子的体系可以用限制性开壳层,也可以用非限制性开壳层,二者有什么区别呢?哪一个更为可信呢?

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-29 16:01:18 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-12-29 15:17
Sob老师,请教您个问题
一般不含有单电子的体系用闭壳层方法处理
含有单电子的体系可以用限制性开壳层, ...


没特殊情况就用非限制性开壳层,即高斯默认的
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发表于 Post on 2016-12-29 16:22:01 | 只看该作者 Only view this author

这个问题怎么解决?

本帖最后由 keshsong 于 2016-12-29 16:23 编辑

4个联苯的稠合体系算freq,出现failed to open execfile。
请教怎么解决。

      7 vectors produced by pass188 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 5.51D-14 6.78D-09.
      7 vectors produced by pass189 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 2.65D-14 4.06D-09.
      7 vectors produced by pass190 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 5.50D-14 6.08D-09.
      7 vectors produced by pass191 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 4.13D-14 5.72D-09.
      7 vectors produced by pass192 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 3.43D-14 5.41D-09.
      7 vectors produced by pass193 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 4.35D-14 5.52D-09.
      7 vectors produced by pass194 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 3.90D-14 5.60D-09.
      7 vectors produced by pass195 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 3.86D-14 6.57D-09.
      6 vectors produced by pass196 Test12= 1.53D-13 1.00D-09 XBig12= 2.71D-14 4.29D-09.
Applied DIIS recursively to reduced A of dimension  5218.
failed to open execfile
"freq-bind-tetrabp.log" 1133L, 72390C                 

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-29 16:58:52 | 只看该作者 Only view this author
keshsong 发表于 2016-12-29 16:22
4个联苯的稠合体系算freq,出现failed to open execfile。
请教怎么解决。


如果不管什么体系freq都出这个问题,是程序问题,重新弄个Gaussian压缩包重新安装
如果仅此一次失败,重算一遍再试。如果每次都死在这里,换个Gaussian版本。
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发表于 Post on 2016-12-29 17:32:32 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,关键是体系小没问题。
体系大才出现,与mem和maxdisk没关系,是吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-29 19:22:54 | 只看该作者 Only view this author
keshsong 发表于 2016-12-29 17:32
谢谢,关键是体系小没问题。
体系大才出现,与mem和maxdisk没关系,是吗?

和mem肯定没关系。硬盘的话,不敢说绝对没关系,但一般硬盘不够不会是这种提示。
建议还是先换成最新版本再试
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发表于 Post on 2016-12-29 23:03:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-29 16:01
没特殊情况就用非限制性开壳层,即高斯默认的

谢谢老师
我用非限制性开壳层发现算出来的价态都变了

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发表于 Post on 2016-12-30 17:29:52 | 只看该作者 Only view this author
老师您好:
作过渡态作irc分析时,往前往后生成物与反应物都对,但对生成物取出做优化时,发现结构发生了变化,这时候的结构怎么定性?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-30 19:00:21 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2016-12-30 17:29
老师您好:
作过渡态作irc分析时,往前往后生成物与反应物都对,但对生成物取出做优化时,发现结构发生了 ...

结构肯定变化啊,毕竟IRC不可能恰好走到极小点
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发表于 Post on 2016-12-30 22:50:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-12-30 19:00
结构肯定变化啊,毕竟IRC不可能恰好走到极小点

变化成了另一个东西了,这样能说明生成物自发转化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-12-31 00:23:45 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2016-12-30 22:50
变化成了另一个东西了,这样能说明生成物自发转化?

那IRC末端结构优化的时候步长上限改小点,免得初始步长太大一下子越过了势垒很小的过渡态。
如果很小步长上限优化也这样,说明IRC没走彻底
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