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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-25 09:22:59 | 只看该作者 Only view this author
zc000 发表于 2017-2-25 08:17
老师,您好,我在计算过渡态的时候,结果是正常的,如图1所示,只有一个虚频,但是用优化好的过渡态去做IRC ...

看本版置顶的FAQ
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-2-25 10:49:36 | 只看该作者 Only view this author

好的,老师,以后我一定注意,我看了置顶的FAQ,还请老师说说我这个问题出在哪里?

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发表于 Post on 2017-2-25 14:50:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2017-2-25 14:51 编辑

下面两图设置优化坐标分别为一个乙酸分子(上面)、两个乙酸分子(下面)的坐标。但是我分别设置了Z-matrix、redundant坐标,为什么不直接显示内坐标,而显示的还有直角坐标系?直角坐标部分后面不知道显示的什么啊?(如果是内坐标怎么没有角度啊?)

20170225142245096.jpg (33.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

20170225142245096.jpg

20170225144117519.jpg (24.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

20170225144117519.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-25 15:59:51 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-2-25 14:50
下面两图设置优化坐标分别为一个乙酸分子(上面)、两个乙酸分子(下面)的坐标。但是我分别设置了Z-matrix ...


z-matrix只是设定优化时用内坐标,不代表非得显示出内坐标

默认就是冗余内坐标下优化,写redundant完全多余
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-25 16:07:27 | 只看该作者 Only view this author
zc000 发表于 2017-2-25 10:49
好的,老师,以后我一定注意,我看了置顶的FAQ,还请老师说说我这个问题出在哪里?

就是FAQ里说的刚跑没几个点就停了,原因和解决方法在FAQ里都说了
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发表于 Post on 2017-2-25 18:25:19 | 只看该作者 Only view this author

L508出错

优化结构过程中出现L508错误,还有已经优化的结构溶剂化单点能计算时也显示L508出错,两种情况如何解决,求助大神
The polynomial fit failed.  Using point  1.
     A contracting polynomial of degree 16 produced  0.0000
Search did not lower the energy significantly.
No lower point found -- run aborted.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09.D01/g09/l508.exe at Wed Feb 22 02:09:03 2017.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-26 01:59:00 | 只看该作者 Only view this author
蒋梦绪 发表于 2017-2-25 18:25
优化结构过程中出现L508错误,还有已经优化的结构溶剂化单点能计算时也显示L508出错,两种情况如何解决,求 ...

甭用scf=qc,如果SCF不收敛用其它方式解决,看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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发表于 Post on 2017-2-27 15:03:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我看了论坛里关于分子稳定性的帖子有一个问题,如果我研究B分子存在条件下(分子之间可能存在氢键等作用)对A分子稳定性的影响,我该用什么标准来判定?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-27 15:27:34 | 只看该作者 Only view this author
ShuangfeiZhu 发表于 2017-2-27 15:03
sob老师,我看了论坛里关于分子稳定性的帖子有一个问题,如果我研究B分子存在条件下(分子之间可能存在氢键 ...


计算带和不带B时候A的各种解离方式的能垒
或者做AIMD模拟分解时候考察B的影响
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发表于 Post on 2017-2-28 04:28:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wbn 于 2017-2-28 04:57 编辑

我想计算一下一个阴离子给出电子这个过程的内重组能,就是这篇博文http://sobereva.com/330 中的 λ(I),阴离子是 N(CN)2-  dicyanamide.
但是我用不同方法算得的内重组能相差很大... 我用 b3lyp/6-311+G(d,p) 下是 0.006 eV
M06-2X/6-311+G(d,p) 下是 0.003 eV
MP2/aug-cc-pVTZ 达到了 0.15 eV...
优化和单点计算都是在同一级别下的。
请问这几种方法为什么会有这样大的差别? 哪种方法更加靠谱呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-28 06:44:59 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2017-2-28 04:28
我想计算一下一个阴离子给出电子这个过程的内重组能,就是这篇博文http://sobereva.com/330 中的 λ(I),阴 ...

相互比较时应当只改变一个变量,不要基组和理论方法同时改变,否则不好分析。
一般来说,有机体系信M06-2X的就可以了。基组用得起更大的就用更大的,既然MP2结合aug-cc-pVTZ都用得起,M06-2X也应该结合个更好点的,比如ma-TZVP或may-cc-pVTZ。
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发表于 Post on 2017-2-28 09:35:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,对于一般体系,HOMO总是负值而LUMO总是正值吗?如果计算出来LUMO也为负值说明了什么问题呢?
It's my life and it's now or never

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-28 10:10:33 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-2-28 09:35
sob老师,对于一般体系,HOMO总是负值而LUMO总是正值吗?如果计算出来LUMO也为负值说明了什么问题呢?

LUMO能量可正可负,虚轨道的能量说明不了什么问题。

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3029#
发表于 Post on 2017-2-28 21:42:49 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,问您几个问题:
1.Zero-point correction=   xxxx  这个数值对于算G有什么用处呢?
2.我想用m06/def2-tzvp算一个金属体系。全部原子都用def2tzvp基组。这时候我输入方法使用m06/genecp还是m06/def2-tzvp?
还有我从emsl上拷贝的信息药要加进去么?

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发表于 Post on 2017-2-28 21:47:30 | 只看该作者 Only view this author

HOMO 和 LOMO 分布一致?

请教各位大神们,看一篇文献计算的HOMO 和 LOMO 分布图完全一致,感觉奇怪,重复了一下,发现我计算的HOMO 和 LOMO 并不一样,而且文献的HOMO 和 LOMO 都和我的LOMO 完全一致,请教各位大神这是什么情况,HOMO 和 LOMO 分布图会完全一致吗?还是我算错了? 现在这里谢过各位大神了。

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