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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-2-22 08:36:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-21 21:42
不要信网上乱七八糟地方的说法,这种说法大错特错。
比如氧分子的基态是三重态,但是你用单重态来优化, ...

感谢您的耐心回答!鉴于我的理解尚浅,还是先每次都做一下stable看看波函数是否稳定吧。
It's my life and it's now or never

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发表于 Post on 2017-2-22 09:43:10 | 只看该作者 Only view this author
经常看到文献和书上说道HOMO和LUMO,分析分子的HOMO和LUMO 可以得到哪些信息?有的文献上说电子由催化剂转移到分子的LUMO,难道催化剂和底物分子结合时不会组合形成新的轨道吗?
还有,如何计算分子中化学键的牢固程度?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-22 10:25:28 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-2-22 09:43
经常看到文献和书上说道HOMO和LUMO,分析分子的HOMO和LUMO 可以得到哪些信息?有的文献上说电子由催化剂转移 ...

没有前提就没法分析。光给个HOMO、LUMO图形什么用也没有。
显然两部分轨道混合会形成新的轨道,
很多表征方式,键长、键能、力常数、AIM分析、键级分析等等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-2-22 11:07:56 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!我找了一个氢转移反应的过渡态,基本上是我要的过渡态,但是跑irc的时候,氢原子没有完全跑到目标分子上就正常结束了(我是看它们之间没有成键判断的),然后我又试着加大步长,还是同样的情况,氢原子依然无法完全跑到产物上去,请问跑出这样的irc结果是不是不能够验证我找的过渡态是精确的?我最近找的几个过渡态跑irc时都是这种情况,恳请老师帮忙看一下,感恩!

DG1-H-irc-A.log

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发表于 Post on 2017-2-22 11:34:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-22 10:25
没有前提就没法分析。光给个HOMO、LUMO图形什么用也没有。
显然两部分轨道混合会形成新的轨道,
很多表 ...

下图左边显示的时底物S,右边是镍基催化剂与之结合的LUMO,资料给出了底物S和中间体分子结构中的几个原子化学键之间键能,比较后有一个结论是由于催化剂的作用,电荷由镍基催化剂转移到右边分子的LUMO,图示中的C-C键(黑色框)键能降低。LUMO的图示怎么佐证以上的解释?

360截图20170222112142597.jpg (31.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

lumo

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-22 12:11:03 | 只看该作者 Only view this author
chengxing545946 发表于 2017-2-22 11:07
Sob老师,您好!我找了一个氢转移反应的过渡态,基本上是我要的过渡态,但是跑irc的时候,氢原子没有完全跑 ...

你这过渡态完全没问题,氢已经顺利转移了。不要用是否显示成键来判断合理性,见置顶的FAQ里的说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-2-22 14:47:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,我尝试找一个过渡态(B3LYP/6-311+G(d,p),int=ultrafine,opt=calcall),找到之后做IRC。发现沿着一个方向总是跑一步就停了,增大步长也不好使。但两边优化后得到的产物时我想要的。不知道这是什么原因,该如何解决。谢谢老师。以下是我的过渡态、反应物、产物和IRC文件:不知道这是什么原因(感觉应该不是过渡态定位不精确,因为使用方法opt=calcall)。谢谢老师

TS DISTANCE 7_1.LOG

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REACTANT 7.LOG

221.16 KB, 阅读权限: 200, 下载次数 Times of downloads: 1

PRODUCT 7.LOG

215.39 KB, 阅读权限: 200, 下载次数 Times of downloads: 1

IRC DISTANCE 7.LOG

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发表于 Post on 2017-2-22 14:56:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-22 12:11
你这过渡态完全没问题,氢已经顺利转移了。不要用是否显示成键来判断合理性,见置顶的FAQ里的说明

谢谢Sob老师,已经看了FAQ里的说明,说的很详细,感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-23 04:23:28 | 只看该作者 Only view this author
1130240115 发表于 2017-2-22 14:47
老师,我尝试找一个过渡态(B3LYP/6-311+G(d,p),int=ultrafine,opt=calcall),找到之后做IRC。发现沿着一 ...

不写LQA,把步长还原默认再试
还不行尝试GS2算法
当前体系product和TS结构过于接近,步长大了反倒不行
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发表于 Post on 2017-2-23 07:54:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 1130240115 于 2017-2-23 08:12 编辑

谢谢老师回复。不知道这种过渡态找的对不对,也不知道是否有可能存在这种过渡态与产物如此接近的结构(能量仅差0.0001Hartree级别)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-23 08:30:27 | 只看该作者 Only view this author
1130240115 发表于 2017-2-23 07:54
谢谢老师回复。不知道这种过渡态找的对不对,也不知道是否有可能存在这种过渡态与产物如此接近的结构(能量 ...

原理上并没有错误,但化学意义不大
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发表于 Post on 2017-2-23 10:43:49 | 只看该作者 Only view this author
老师能推荐几本包含以下内容的书吗?
Molecular orbital analysis
• Population analysis
• Electron density analysis
• Energy analysis

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发表于 Post on 2017-2-23 10:50:06 | 只看该作者 Only view this author

作图问题

请问类似这种作图,是在什么软件里做出来的呢?中心周围的细球棍状的图形是怎么画出来的呢?

画图.png (30.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

画图.png

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发表于 Post on 2017-2-23 11:57:46 | 只看该作者 Only view this author
gaussview里select layer分层

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-2-23 12:24:43 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2017-2-23 10:43
老师能推荐几本包含以下内容的书吗?
Molecular orbital analysis
• Population analysis

布居分析看《原子电荷计算方法的对比》文中引的一些文献,Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)第九章也有一些介绍
电子密度分析看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
能量分析范畴太广,不说得更具体没法推荐
分子轨道分析在jensen的书里第15章也有介绍
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