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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-9 20:11:24 | 只看该作者 Only view this author

那我感觉更困惑了,我觉得我没有理解到老师的意思,能麻烦老师再解释一下那您说的“数值接近水平的地方,就是粗略的解离过程自由能极大点(之所以曲线不是在这里有极大点,是因为还没考虑进一步解离成为双分子过程时熵还在进一步变大)”这句话吗?
还有就是之前您是这么跟我说的,“你先搞清楚柔性扫描路径上自由能是怎么变化的,有没有自由能极大点,如果有,直接把自由能垒代入到VTST公式里直接算k。如果没有自由能极大点,是单调变化的,直接把反应物减产物得到的自由能变代入TST公式里算k”,您的意思难道不是要用TST吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 20:53:59 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-9 20:11
那我感觉更困惑了,我觉得我没有理解到老师的意思,能麻烦老师再解释一下那您说的“数值接近水平的地方, ...

TST和CVT的公式完全一样,差别说了,仅在于分界面的划分位置
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发表于 Post on 2017-3-9 21:13:56 | 只看该作者 Only view this author

oniom中的输入文件电荷是怎样的出来的

请教大家,在oniom中,原子类型后面对应的电荷是怎样的出的呢?我用amber生成top文件,top文件中的电荷和想要的电荷不太一样,大家都是如何求电荷的?谢谢大家了

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发表于 Post on 2017-3-9 21:17:15 | 只看该作者 Only view this author
还有大家用过tao程序吗?需要怎样安装到linux系统下呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 22:53:28 | 只看该作者 Only view this author
现在就好 发表于 2017-3-9 21:13
请教大家,在oniom中,原子类型后面对应的电荷是怎样的出的呢?我用amber生成top文件,top文件中的电荷和想 ...


计算原子电荷有一堆方法,用哪种合适看体系、研究的问题

同一个问题不要同时在论坛里发两个帖子、同时在公社群里和论坛里问
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发表于 Post on 2017-3-10 10:20:34 | 只看该作者 Only view this author

频率计算问题

请问:#p b3lyp/6-31G** freq scrf=(pcm,solvent=water)  这个命令 用高斯跑,输出文件怎么看?这个频率是算的什么频率?求各位i给解答一下,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-10 11:11:39 | 只看该作者 Only view this author
kechengbiao 发表于 2017-3-10 10:20
请问:#p b3lyp/6-31G** freq scrf=(pcm,solvent=water)  这个命令 用高斯跑,输出文件怎么看?这个频率是 ...


拖到gview里看,要么文本编辑器自行打开看里面的信息
显然是分子振动频率

最最基础的还不懂看此文
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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发表于 Post on 2017-3-10 12:33:36 | 只看该作者 Only view this author

gaussian软件计算

看到文献里说The 6-31++G(d,p) basis set have been employed (the valence triple basis set, augmented by d-polarization functions on carbon and nitrogen, p-polarization functions on hydrogen atoms and enlarged by diffuse functions on all atoms)。不懂括号里说的内容,这个需要单独设置吗,如果需要单独设置,怎么弄得;还是选择 6-31++G(d,p)后,它就具有括号里说的效果呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-10 12:37:10 | 只看该作者 Only view this author
hopedream 发表于 2017-3-10 12:33
看到文献里说The 6-31++G(d,p) basis set have been employed (the valence triple basis set, augmented b ...

直接用6-31++G(d,p) 就行了,那个括号里是对此基组特征进行解释
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发表于 Post on 2017-3-10 12:41:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-9 20:53
TST和CVT的公式完全一样,差别说了,仅在于分界面的划分位置

老师,我按照您的建议,算出来速率常数,但是和别人做的差的很远啊,差了7个数量级。您认为可能是算法和基组的不同会导致有这么大的差异吗?文献中用的CCSD(T)/CCSD(T)/cc-pVDZ,而我用的是B3LYP/6-311++G**,除了这个以外,还有什么因素呢?(相关文献我已上传,还请老师指点,谢谢!)

ef300004h.pdf

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发表于 Post on 2017-3-10 13:41:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-10 12:37
直接用6-31++G(d,p) 就行了,那个括号里是对此基组特征进行解释

谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-10 15:42:34 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-10 12:41
老师,我按照您的建议,算出来速率常数,但是和别人做的差的很远啊,差了7个数量级。您认为可能是算法和 ...

计算级别差老远。
另外文中用cc-pVDZ结合CCSD(T)极不可取
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发表于 Post on 2017-3-10 16:38:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-10 15:42
计算级别差老远。
另外文中用cc-pVDZ结合CCSD(T)极不可取

我对算法和基组不太清楚,还请老师明示为什么不可取呢?

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发表于 Post on 2017-3-10 16:48:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,gaussian09手册里的有些关键词的解释自己理解不清楚,不知道有没有例子?比如,下图中modredundant关键词中设置的K后面的解释说删除坐标,不理解为什么删除坐标。

11.jpg (132.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-10 18:58:50 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-10 16:38
我对算法和基组不太清楚,还请老师明示为什么不可取呢?

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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