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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-8 21:56:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-6 23:07
对要断裂的键做柔性扫描,一直扫描到自由能的曲线已经差不多水平,将此处整个体系的自由能减去极小点处 ...

谢谢老师的建议!
我还有两个问题想请教一下您:
1.请问电子能垒和自由能垒的区别是什么?
2.可以我查阅了大量的文献,好多对于这种没有过渡态反应的都用的是CVT

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发表于 Post on 2017-3-8 21:59:20 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-8 21:56
谢谢老师的建议!
我还有两个问题想请教一下您:
1.请问电子能垒和自由能垒的区别是什么?

抱歉,打字时按错键了,第二个问题是我查阅了大量的文献,好多对于这种没有过渡态反应的都用的是CVT,而不是TST,若按老师的建议,在相同的计算方法和基组的情况下,哪一种更好一些呢?(谢谢老师指点)

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发表于 Post on 2017-3-9 10:11:28 | 只看该作者 Only view this author
老师   我是不是这里哪一项选错了?

QQ图片20170309100943.png (14.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

QQ图片20170309100943.png

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发表于 Post on 2017-3-9 10:44:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我最近需要做一个芬顿体系的计算,模拟其反应过程。体系里包括污染物、催化剂、H2O2及液相。想问您一下这样相对复杂的任务可以用高斯来完成吗?如果用高斯不是太合适,您看用什么软件比较好呢?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 10:54:10 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-3-9 10:44
sob老师,我最近需要做一个芬顿体系的计算,模拟其反应过程。体系里包括污染物、催化剂、H2O2及液相。想问 ...

还得看更具体怎么考虑,从哪个角度考虑。
只能说可能可以,多看相关文献看普遍用什么方法什么程序

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 10:55:26 | 只看该作者 Only view this author
zhangyina 发表于 2017-3-9 10:11
老师   我是不是这里哪一项选错了?

我不清楚你的目的是什么。要看轨道直接载入chk或fch文件,不要载入out或log,否则这里还得再让gview调用高斯算一遍
用multiwfn看轨道最省事
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 10:57:00 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-8 21:59
抱歉,打字时按错键了,第二个问题是我查阅了大量的文献,好多对于这种没有过渡态反应的都用的是CVT,而 ...

1 电子能垒是用TS电子能量减去反应物电子能量,自由能垒显然就是用自由能求差
2 有自由能垒的才能用CVT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-9 15:09:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-9 10:55
我不清楚你的目的是什么。要看轨道直接载入chk或fch文件,不要载入out或log,否则这里还得再让gview调用 ...

老师  要用multiwfn 看HOMO LUMO需要载入的是fch 文件, 我在服务器上用高斯算的 单点的结果就只有log文件 没有fch 文件   想要得到fch文件就需要用gview 再计算一次。那么请问您 在服务器上计算时  如何同时可以出现log文件和chk 文件或者fch文件?

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发表于 Post on 2017-3-9 16:56:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-9 10:57
1 电子能垒是用TS电子能量减去反应物电子能量,自由能垒显然就是用自由能求差
2 有自由能垒的才能用CVT

老师您好,我查阅了一些资料,对于我问您的无势垒的,他们的做法都还是采用的是CVT,而不是老师讲述的TST,所以若是对于我这个单分子裂解用CVT计算的话,在您在kisthelp使用方法一文介绍中,首先是搜索过渡态结构,并进行振动分析。所以我想请问您
1.那我的初始坐标该怎么得到呢?
2.还有就是freq命令之后可以把指定温度加上吗?

2017-03-09_163846.jpg (50.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 17:51:18 | 只看该作者 Only view this author
zhangyina 发表于 2017-3-9 15:09
老师  要用multiwfn 看HOMO LUMO需要载入的是fch 文件, 我在服务器上用高斯算的 单点的结果就只有log文 ...

你没了解对基本的使用方法
你在gjf里用%chk指定chk产生在哪里,计算完了就有chk文件了,然后用formchk将它转换成fch。如果你用gview那么搞,等于重新又做了一次计算,白花很多时间,而且如果没有恰当设定的话,此时的计算级别和你当初gjf里的级别是不一样的。估计这正是你发现log里能量和fch里能量不同的原因,因为你这么搞等于在不同级别下分别算了一遍轨道能量。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 18:12:01 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-9 16:56
老师您好,我查阅了一些资料,对于我问您的无势垒的,他们的做法都还是采用的是CVT,而不是老师讲述的TST ...


那个图片只是粗略一说,没告诉你具体怎么搞。
VTST有一大堆种形式,关键区别就在于怎么优化分界面,CVT正是用反应路径上自由能最大点来定义分界面。CVT的公式和TST完全一模一样,只不过算自由能垒用的前者是自由能极大点而后者是电子能量极大点而已。
我也并没让你用TST。
所以我让你在解离路径(断键坐标的柔性扫描路径)上每个点都计算自由能。到数值接近水平的地方,就是粗略的解离过程自由能极大点(之所以曲线不是在这里有极大点,是因为还没考虑进一步解离成为双分子过程时熵还在进一步变大)
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发表于 Post on 2017-3-9 18:45:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-9 18:12
那个图片只是粗略一说,没告诉你具体怎么搞。
VTST有一大堆种形式,关键区别就在于怎么优化分界面,CV ...

谢谢老师的耐心解答,不好意思再问怎么考虑该反应熵增对速率的影响,但是再麻烦老师能推荐一些适合我这种新手阅读的资料吗?就是关于您讲解的"考虑进一步解离成为双分子过程时熵还在进一步变大"这一部分。我想先自己了解一下,不甚感激!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 18:53:46 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-9 18:45
谢谢老师的耐心解答,不好意思再问怎么考虑该反应熵增对速率的影响,但是再麻烦老师能推荐一些适合我这种 ...


熵对自由能的影响是-T*deltaS,熵增的过程必定会令自由能下降。
从一摩尔变成两摩尔的反应过程熵增是相当大的,因此对自由能变有显著的负贡献
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发表于 Post on 2017-3-9 20:00:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-9 18:53
熵对自由能的影响是-T*deltaS,熵增的过程必定会令自由能下降。
从一摩尔变成两摩尔的反应过程熵增是 ...

谢谢老师的解答,
我还有一个问题就是我进行柔性扫描之后,将每一帧都进行freq任务,也是用 Sum of electronic and thermal Free Energies的值绘出的势能图,按照deltaG=deltaH-TdeltaS,应该是考虑了焓的变化的吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-9 20:00:47 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-9 20:00
谢谢老师的解答,
我还有一个问题就是我进行柔性扫描之后,将每一帧都进行freq任务,也是用 Sum of elec ...

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