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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-30 03:11:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-30 02:43
如果他之前用的基组质量还可以,可以参考他的结论
NPA电荷哪里看看这里的回帖
http://bbs.keinsci.co ...

好的,谢谢老师~

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发表于 Post on 2017-3-30 07:22:59 | 只看该作者 Only view this author

不以自由能为准的原因是什么呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-30 08:33:05 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-3-30 07:22
不以自由能为准的原因是什么呢?

大量文献都按电子能量来讨论的
而且用热力学量说事,结果会受温度影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-30 10:23:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-30 00:54
没法解决,除非你用数值Hessian算频率,耗时会非常高

谢谢回复!

我使用#p freq=numer  rob3lyp/6-31g*,没有可以计算。
如果同时计算Raman,该如何设置?
#p freq=(numer,raman)  rob3lyp/6-31g*,这么设置出错。
No analytic 2nd derivatives for this method.

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-30 10:59:46 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2017-3-30 10:23
谢谢回复!

我使用#p freq=numer  rob3lyp/6-31g*,没有可以计算。

raman没戏
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-3-30 12:52:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-30 00:55
这种情况根本不应该用柔性扫描
参照这个例子
# MP2/aug-cc-pVTZ scan

我很疑惑,想请教老师为什么要这么做呢?
我先讲明一下想法:我们想探究一下锂原子相互之间团聚的动力学,所以才考虑做柔性扫描的,老师现在只是给了一个方向,很多东西我们都还不是特别清楚,往后可能还会考虑在一定基底上看看锂原子的团聚,所以,我们就只是想先看看两个锂原子团聚的动力学情况如何。
还有就是,之前试过MP2/cc-pvtz的柔性扫描,通过gaussview能够看见有势垒,能说明这是有过渡态吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-30 13:41:20 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-3-30 12:52
我很疑惑,想请教老师为什么要这么做呢?
我先讲明一下想法:我们想探究一下锂原子相互之间团聚的动力学 ...


就一个变量,何故柔性扫描,直接scan就完事了
只有当你扫描一个变量的时候还同时优化其它变量才需要用柔性扫描
到底有没有过渡态通过搜索过渡态的方法去找,能找得到才说明有,柔性扫描顶多帮助你找个合适的初猜。除非特别困难的情况,有那功夫柔性扫描还不如多猜几个过渡态。
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发表于 Post on 2017-3-30 20:54:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-30 08:33
大量文献都按电子能量来讨论的
而且用热力学量说事,结果会受温度影响

研究反应机理时也是这样吗?例如,要判断是否存在势能面交叉,如果三线态电子能量始终高于单线态,就可以始终按单线态研究吗?

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发表于 Post on 2017-3-30 22:38:01 | 只看该作者 Only view this author
老师您好:
我opt+freq后得到的
Sum of electronic and thermal Free Energies= -1705.474537
我通过def2tzvp基组,和色散力校正,通过smd模型算出的数值
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2847.05685921
这个相差这么多正常吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-31 02:40:57 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-3-30 22:38
老师您好:
我opt+freq后得到的
Sum of electronic and thermal Free Energies= -1705.474537


你的这两个数据没可比性,肯定用的计算级别差很多,或者原子数都不一样等等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-31 02:42:13 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2017-3-30 20:54
研究反应机理时也是这样吗?例如,要判断是否存在势能面交叉,如果三线态电子能量始终高于单线态,就可以 ...

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sobereva 发表于 2017-3-31 02:40
你的这两个数据没可比性,肯定用的计算级别差很多,或者原子数都不一样等等

前一个是b3lyp/genecp(lanl2dz+6-31g*)
后一个b3lyp/def2tzvp
所以老师这个不用在意么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-31 04:47:59 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-3-31 04:00
前一个是b3lyp/genecp(lanl2dz+6-31g*)
后一个b3lyp/def2tzvp
所以老师这个不用在意么?

基组都不一样,能量毫无可比性
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发表于 Post on 2017-3-31 16:03:50 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian求助

我同时在我的工作电脑和一台工作站上装了windows 的G09,如果我在自己电脑上建模、设置好任务运行参数后,想让任务在工作站上运行,有没什么方法可以连接?

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发表于 Post on 2017-3-31 17:41:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-25 23:49
甭用lanl2MB,质量太烂
最最最起码也得lanl2DZ

老师,你好! Pt用lanl2MB出错是301,这个已经明白啦,基组的问题。现在改成lanl2DZ,输入文件如下
%rwf=a1,40gb,a2,20gb
%nosave
%chk=test.chk
%mem=500MB
%nprocshared=16
#p m06/gen

坐标

C H O N Cl 0
6-31g
****
Pt 0
LanL2DZ
****

Pt 0
LanL2DZ

出错是l502,SCF不收敛(Convergence failure -- run terminated.     Error termination via Lnk1e in /data2/G09/g09/l502)

看了您的博文,试着用#p m06/gen opt SCF=XQC ,出错是l508。我把优化过的结构提出来看下,发现结构变形啦,(Pt周围的元素都想Pt靠拢啦)。
百度啦一下,试着用#p m06/gen scf=xqc geom=check opt=calcfc,输出文件Error termination in NtrErr:  NtrErr Called from FileIO.(还有一种方法是扭转5-10度在优化,这个没试)

现在,我就直接试着用#p m06/gen opt SCF=QC(还在运算中)。请老师给个建议,谢谢!


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