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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-3-31 19:11:44 | 只看该作者 Only view this author
lyqiang 发表于 2017-3-31 17:41
老师,你好! Pt用lanl2MB出错是301,这个已经明白啦,基组的问题。现在改成lanl2DZ,输入文件如下
%rwf ...

opt=calcfc没用。你把GEN改成GENECP,读取赝势。。
以及不要用6-31G,用6-31G*。

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发表于 Post on 2017-3-31 19:28:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyqiang 于 2017-3-31 19:44 编辑
Accelerator 发表于 2017-3-31 19:11
opt=calcfc没用。你把GEN改成GENECP,读取赝势。。
以及不要用6-31G,用6-31G*。

你好
#p m06/genecp opt scf=xqc geom=check
是这个样吗?我试了,一提交就是 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.

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发表于 Post on 2017-3-31 21:32:51 | 只看该作者 Only view this author
这个问题真不好回答,能够这样问说明完全是新手

你的意思是个人PC机和工作站都装了windows 的G09,那就直接将本机建模后的gjf拷贝到工作站去计算即可,这个有啥难度?

如果工作站都装了Linux 的G09,参考《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》http://sobereva.com/258

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-31 23:51:50 | 只看该作者 Only view this author
lyqiang 发表于 2017-3-31 17:41
老师,你好! Pt用lanl2MB出错是301,这个已经明白啦,基组的问题。现在改成lanl2DZ,输入文件如下
%rwf ...

不用genecp则赝势不会被读入,必定造成Pt附近的原子向Pt坍塌
赝势基组基本用法看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

PS:绝对不要用百度,那是找坑。搞学术的必须用google
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-1 00:11:06 | 只看该作者 Only view this author
sophiazbs 发表于 2017-3-31 16:03
我同时在我的工作电脑和一台工作站上装了windows 的G09,如果我在自己电脑上建模、设置好任务运行参数后,想 ...

在windows下没法直接利用gview进行远程提交。
你只能在你工作的电脑上写好.gjf文件,拷到工作站上进行运行,跑完了再把结果拷回来
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发表于 Post on 2017-4-1 09:02:37 | 只看该作者 Only view this author

高斯求助

请问各位大神:我在对团簇初步优化时,使用GV打开输出的文件,出现了图片中的原子之间没有连接,说是距离太大无法识别,请问我在使用高斯优化加什么关键词可以显示出来呢
谢谢了

B6L7[8%P$3_HQ2`E_K_K.png (46.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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发表于 Post on 2017-4-1 09:04:24 | 只看该作者 Only view this author
gview里边的显示对计算没有意义

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发表于 Post on 2017-4-1 09:34:54 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-3-31 21:32
这个问题真不好回答,能够这样问说明完全是新手

你的意思是个人PC机和工作站都装了windows 的G09,那就 ...

是的,但是工作站离我有一段距离,不太方便。要是像Material studio那样直接用gateway连接上相应的IP就好了,结果还能直接传输回来。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-1 10:13:27 | 只看该作者 Only view this author
my_aman 发表于 2017-4-1 09:02
请问各位大神:我在对团簇初步优化时,使用GV打开输出的文件,出现了图片中的原子之间没有连接,说是距离太 ...

跟关键词没关系,高斯按照距离和原子半径来判断,在gview里你只能手动连上。
懒得手动连就保存结构成为pdb,用VMD读取,里面的dynamic bond显示方式可以允许自定义阈值。或者用Multiwfn打开fch,进入主功能0,在里面也可以自设判断成键的阈值。
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发表于 Post on 2017-4-1 14:10:17 | 只看该作者 Only view this author
sophiazbs 发表于 2017-4-1 09:34
是的,但是工作站离我有一段距离,不太方便。要是像Material studio那样直接用gateway连接上相应的IP就好 ...

那就使用Linux版的g09,

Material studio那样直接用gateway连接上相应的IP,那也是服务器装了Linux版的Material studio

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发表于 Post on 2017-4-1 16:19:53 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-4-1 14:10
那就使用Linux版的g09,

Material studio那样直接用gateway连接上相应的IP,那也是服务器装了Linux版 ...

主要我的工作站是windows 系统。我装的也是windows的MS,但是设置后可以通过工作站算,结果自动传回来

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发表于 Post on 2017-4-2 10:43:56 | 只看该作者 Only view this author
老师,又遇到计算单点能报错了,请老师指教!谢谢!
计算方法和基组:ccsd(t)/cc-pvtz

W~8ZA`4{_IMB]7V3KVEF.png (19.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

W~8ZA`4{_IMB]7V3KVEF.png

d 17.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-2 10:49:18 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-4-2 10:43
老师,又遇到计算单点能报错了,请老师指教!谢谢!
计算方法和基组:ccsd(t)/cc-pvtz

这里有
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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发表于 Post on 2017-4-2 22:07:34 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想问下铁卟啉,钴卟啉这些金属的多重度应该怎么分析,如果不全算一遍的话。

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发表于 Post on 2017-4-2 22:28:28 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问您一个问题。
在freq关键词下得到的振动峰都是耦合后的,请问如何才能得到没有耦合的振动峰?比如苯甲酸中,C=O和苯环各自在无干扰情况下的吸收峰位?
谢谢老师

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