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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-3 01:21:00 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-2 22:07
老师您好,我想问下铁卟啉,钴卟啉这些金属的多重度应该怎么分析,如果不全算一遍的话。

看相关计算的文献,里面都会说到自旋多重度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-3 01:35:50 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-4-2 22:28
Sob老师,请问您一个问题。
在freq关键词下得到的振动峰都是耦合后的,请问如何才能得到没有耦合的振动峰 ...


原则上可以把Hessian矩阵的耦合项对应的那些对角元设为0再计算频率
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发表于 Post on 2017-4-3 09:39:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-3 01:35
原则上可以把Hessian矩阵的耦合项对应的那些对角元设为0再计算频率

请问是不是有一个关键词?我记得以前见过您相关的回答中,加入一个freq=......的关键词就行了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-3 14:22:49 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2017-4-3 09:39
请问是不是有一个关键词?我记得以前见过您相关的回答中,加入一个freq=......的关键词就行了

没有
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发表于 Post on 2017-4-4 19:26:39 | 只看该作者 Only view this author
老师还有一个多重度的问题。比如金属从复合物上离去的时候,金属配体的多重度和先前的不一样,时候应该选择哪个进行计算?
出现前后不一致的多重度的中间物怎么选基准呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-5 02:35:03 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-4 19:26
老师还有一个多重度的问题。比如金属从复合物上离去的时候,金属配体的多重度和先前的不一样,时候应该选择 ...


看你具体算什么问题。
比如考察金属与配体的结合能,复合物和各个片段理应用各自最稳定的状态。
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发表于 Post on 2017-4-5 02:42:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-5 02:35
看你具体算什么问题。
比如考察金属与配体的结合能,复合物和各个片段理应用各自最稳定的状态。

比如说从同一个初始物分为两条路径,而这两条路径对应的下一个中间体自重度不一样,这种情况是怎么分析呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-5 10:14:14 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-5 02:42
比如说从同一个初始物分为两条路径,而这两条路径对应的下一个中间体自重度不一样,这种情况是怎么分析呢 ...

每种自旋多重度的反应都进行计算,参考比如Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145
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发表于 Post on 2017-4-5 10:46:29 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我刚接触计算不是太久,有几个问题想请教一下
1. MS计算得到的结果有办法导出到VMD之类的软件里吗?  我在MS里算了电荷密度差,但是MS做出来的图感觉不是很漂亮,想导入VMD里去作图。但是直接export出来之后  得到的只是原子坐标,电荷密度差数据没法同时导出。
2. 在计算周期性结构时,想计算分子轨道。用的是Dmol3模块,但是发现只有K点为Gamma点的体系才可以计算。想问下这是怎么回事? 周期性体系计算分子轨道都有这个限制吗?   如果都有这个限制的话,计算出来的模型精度应该很低吧,这样的结果如果拿去发文章别人会不会质疑精度问题?
3. 石墨烯能不能用团簇模型来计算?    Gaussian计算周期性体系的能力实在是... 记得sob老师说过大多周期性问题都能转化为非周期性问题解决    但是我看到的石墨烯相关计算都是第一性原理,没怎么见过用团簇模型计算石墨烯和其他分子的相互作用的。  是这种方法不适合这个体系吗?还是我没看到正确的文献...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-5 13:08:29 | 只看该作者 Only view this author
光芒灬如雪 发表于 2017-4-5 10:46
sob老师您好,我刚接触计算不是太久,有几个问题想请教一下
1. MS计算得到的结果有办法导出到VMD之类的软 ...

你单独发一贴到第一性原理版块吧
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发表于 Post on 2017-4-5 18:02:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-5 13:08
你单独发一贴到第一性原理版块吧

好的,谢谢!

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发表于 Post on 2017-4-5 23:18:49 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!能不能请教一下 :一个体系实验测得它是抗铁磁性,对其进行计算气相优化(B3LYP/6-31G**)G(闭壳层单重态)>G(三重态)>G(开壳层单重态),与实验相符,但是溶剂校正(m06-L/6-311++g**)之后G(三重态)>G(开壳层单重态)>G(闭壳层单重态),与实验不符,是不是哪里出错了?是不是该用其他泛函做溶剂校正?

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发表于 Post on 2017-4-6 00:01:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我想问一下一个分子我猜测着画了几种不同的构型,其他的参数除了原子坐标都是一样的,如果结果不同,那么最后是取算出来吉布斯自由能最低的那个吗?gauss在优化的时候计算的是驻点吗

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发表于 Post on 2017-4-6 00:25:22 | 只看该作者 Only view this author
老师我想问下C2对称是在gview中调么?如果在com文件中写入,应该加什么关键词?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-6 03:45:58 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-4-6 00:25
老师我想问下C2对称是在gview中调么?如果在com文件中写入,应该加什么关键词?


让gview判断出来C2点群(没能判断出来时候对称化一下成为C2),计算时候自然就用C2点群了(注意输出文件里的点群信息,确认高斯确实判断出来了),没必要写关键词。
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