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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-4-7 11:43:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-6 03:47
取哪个得有前提,看你算什么问题。如果你就考察能量角度上最稳定的,那就取能量最低的
过渡态(1阶鞍点 ...

谢谢sob老师,那如果在考察能量的时候同一个分子调整了原子坐标,计算出不同的能量还是取能量最低的吗?

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发表于 Post on 2017-4-7 12:00:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-7 08:12
是的。
写个小程序很简单,Fortran的话从头到尾十来行就够。
Multiwfn没有直接提供这个功能

感谢您耐心的回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 18:15:32 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-4-7 10:22
高斯输出的两种四极矩的换算问题

高斯计算后,存在两个四极矩值,一般我们取得是Traceless Quadrupole m ...

可以转换

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 18:16:05 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2017-4-7 11:43
谢谢sob老师,那如果在考察能量的时候同一个分子调整了原子坐标,计算出不同的能量还是取能量最低的吗?

不懂你的意思,为什么调整原子坐标?怎么调整?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-4-7 21:34:57 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢sob老师的解答

还想问下,我通过QM方法和力场方法计算了一个分子的偶极和四极
请问,怎样通过可视化这些性质的差值,类型于电子密度差图这样的,反映出两种方法的吻合度

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-8 06:54:34 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-4-7 21:34
非常感谢sob老师的解答

还想问下,我通过QM方法和力场方法计算了一个分子的偶极和四极

那就把这两种方法得到的偶极矩都通过箭头显示出来,便于对比
四极矩可以绘制椭球图来对比
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-4-8 08:52:59 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian计算分子动力学出错

各位老师,由于本人最近刚刚接触到Gaussian软件,在计算分子动力学(关键词ADMP)时,总是出错。麻烦各位老师帮忙看一下错误的原因。先谢谢大家了!下面贴出输出文件的最后一部分。
Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry    C10H12
Framework group  C1[X(C10H12)]
Deg. of freedom    60
Full point group                 C1      NOp   1
Rotational constants (GHZ):      2.7820249      1.1227042      0.8267695
Standard basis: 6-311G(d,p) (5D, 7F)
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
   252 basis functions,   416 primitive gaussians,   262 cartesian basis functions
    36 alpha electrons       36 beta electrons
       nuclear repulsion energy       502.5746445113 Hartrees.
NAtoms=   22 NActive=   22 NUniq=   22 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   50 NAOKFM=F Big=F
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   252 RedAO= T  NBF=   252
NBsUse=   252 1.00D-06 NBFU=   252
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Spurious integrated density or basis function:
NE=   72 NElCor=    0 El error=5.16D-01 rel=7.17D-03 Tolerance=1.00D-03
Shell    19     absolute error=6.86D-05              Tolerance=1.20D-02
Shell    44       signed error=3.77D-05              Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l502.exe at Sat Apr 08 08:46:53 2017.
Job cpu time:  0 days  0 hours  7 minutes 47.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     41 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1

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发表于 Post on 2017-4-8 10:28:45 | 只看该作者 Only view this author
看论坛里Gaussian FAQ

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发表于 Post on 2017-4-8 13:25:05 | 只看该作者 Only view this author
高斯计算柔性扫描报错,用的是b3lyp+gd3/cc-pvtz做柔性扫描,结果报错,还请老师看看,谢谢!

]_@M@R@UMERU_UF8EOJ}@55.png (6.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

]_@M@R@UMERU_UF8EOJ}@55.png

G)}UW@KBOGT`{E6~{1~}(71.png (21.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

G)}UW@KBOGT`{E6~{1~}(71.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-8 14:11:49 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-4-8 13:25
高斯计算柔性扫描报错,用的是b3lyp+gd3/cc-pvtz做柔性扫描,结果报错,还请老师看看,谢谢!


看输出文件里的扫描轨迹,看看扫描成什么样了
如果没太大必要,没必要扫到那么远距离,扫得很远的时候,势能面会极为平坦,程序可能不知道该怎么继续走步了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-8 14:14:40 | 只看该作者 Only view this author
EdRhodes 发表于 2017-4-8 08:52
各位老师,由于本人最近刚刚接触到Gaussian软件,在计算分子动力学(关键词ADMP)时,总是出错。麻烦各位老 ...

先尝试增加积分格点精度,不行再试别的。看置顶的FAQ
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发表于 Post on 2017-4-8 14:37:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-8 14:11
看输出文件里的扫描轨迹,看看扫描成什么样了
如果没太大必要,没必要扫到那么远距离,扫得很远的时候 ...

扫描成这个样子了,我都不知道该怎么办了,还请老师指教!谢谢

7EW$8NZWVVDK_10%(_DM3)3.png (9.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

7EW$8NZWVVDK_10%(_DM3)3.png

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发表于 Post on 2017-4-8 19:06:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-30 13:41
就一个变量,何故柔性扫描,直接scan就完事了
只有当你扫描一个变量的时候还同时优化其它变量才需要用 ...

那请问老师,我现在想看一个锂原子从苯环上脱离的势垒变化,应该怎么写柔性扫描能垒呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-9 06:32:47 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-4-8 19:06
那请问老师,我现在想看一个锂原子从苯环上脱离的势垒变化,应该怎么写柔性扫描能垒呢?


没有什么“柔性扫描能垒”一说
把苯环置于Z=0的XY平面,然后扫描Li的Z坐标就完了
根本用不着柔性扫描,本身Li也不至于苯环能有什么显著的变形
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发表于 Post on 2017-4-9 14:37:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师您好:
我做的是一个硝基酚类化合物的体系,这个体系中涉及到了分子内氢键的问题,前段时间投了一个期刊,然后审稿人提出的修改意见是这样的:
“文章用B3LYP/6-31+G(d,p)一种模型方法进行计算,体系不算太大,用密度泛函方法计算比较容易。基组太小,做氢键研究比较可靠的最小基组是6-311++G(d,p)基组。文章使用的基组中H没有加发散函数,用于做氢键研究不太理想。”
我当时算的时候只考虑到了计算经济性而没太在意计算精度的问题,所以当时就选了B3LYP/6-31+G(d,p)这个基组,现在我不知道怎么办,重算的话时间有点来不及了,所以我想请教一下您我应该怎样回复呢?老师您能帮帮我吗?在此感激不尽。

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