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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-6 03:47:50 | 只看该作者 Only view this author
jhlwc545454 发表于 2017-4-6 00:01
sob老师您好,我想问一下一个分子我猜测着画了几种不同的构型,其他的参数除了原子坐标都是一样的,如果结 ...


取哪个得有前提,看你算什么问题。如果你就考察能量角度上最稳定的,那就取能量最低的
过渡态(1阶鞍点)、n阶鞍点(n>1)、极小点都叫驻点。高斯用opt时候优化的是极小点那种驻点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-6 04:11:30 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-5 23:18
各位老师好!能不能请教一下 :一个体系实验测得它是抗铁磁性,对其进行计算气相优化(B3LYP/6-31G**)G( ...


“溶剂校正(m06-L/6-311++g**)”指什么意思?在这个级别下算的溶解自由能加到之前B3LYP/6-31G**算的结果上?还是直接用这个级别下算出来包含溶解自由能的单点,也在这个级别下获得热力学校正量?
实验在什么环境下测的?
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发表于 Post on 2017-4-6 08:32:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2017-4-6 08:33 编辑

最近有个朋友要算键能,我参阅了一下帖子,发现有两种计算方法,一种是算焓变(片段分子需要优化);第二种是算电子能量差(片段分子直接做个单点),由于朋友合成的新分子没有实验上的BDE数据,我是不是可以采用第二种方法来预估键能大小?此外,朋友还想让算算键解离温度,这BDE温度应该通过什么公式来换算?如果能换算是不是得要用标准的焓变来算BDE?
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发表于 Post on 2017-4-6 08:45:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我使用MS中polymorph模块预测晶体结构,最终输出的晶格能与晶体结构数据使用status.txt文件最后一个收敛为YES的轨迹么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-6 09:25:42 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-4-6 08:32
最近有个朋友要算键能,我参阅了一下帖子,发现有两种计算方法,一种是算焓变(片段分子需要优化);第二种 ...

可以。但顺便用焓算个一般意义的BDE放在文章中也没坏处
没有直接计算解离温度的式子。要么通过AIMD来模拟考察,要么用过渡态理论计算分解反应的速率。
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发表于 Post on 2017-4-6 21:27:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-4-6 21:34 编辑
sobereva 发表于 2017-4-6 04:11
“溶剂校正(m06-L/6-311++g**)”指什么意思?在这个级别下算的溶解自由能加到之前B3LYP/6-31G**算的结 ...

感谢sob前辈百忙之中的回复!使用m06-L/6-311++g**在溶剂下计算单点的电子能和B3LYP/6-31G**的气相自由能校正相加得到溶剂下的自由能,这样计算的自由能进行比较闭壳层单重态是基态。
实验是测的光谱,从光谱数据看出抗铁磁性,“”Structural studies and
electronic spectra suggests the bipy ligand in 1 to have radical
anion character, which antiferromagnetically couples to the
Vanadium(IV), Absorbance versus wavelength for several solutions of 1 in C6H6. The broad signalat 554 nm (~18,000 cm-1) indicate MLCT characteristic of π-radical anions.

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发表于 Post on 2017-4-6 23:57:20 | 只看该作者 Only view this author

求助Coulombic energy怎么计算?

求助Coulombic energy怎么计算?能用gaussian09 算吗?

colob energy.png (125.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 48)

colob energy.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 04:44:41 | 只看该作者 Only view this author
ZHANGZY 发表于 2017-4-6 23:57
求助Coulombic energy怎么计算?能用gaussian09 算吗?


算出原子电荷q,代入式子就完了
原子电荷种类很多,看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
文中用的Hirshfeld电荷可以用Multiwfn算,看Multiwfn手册4.7.2节的例子。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 05:06:25 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-6 21:27
感谢sob前辈百忙之中的回复!使用m06-L/6-311++g**在溶剂下计算单点的电子能和B3LYP/6-31G**的气相自由能 ...


用B3LYP和M06结合def2TZVP计算溶剂下单点再试
此时用弥散并没有任何意义,还不如用在增加极化上
M06L算配合物并非比B3LYP、M06有优势,而且算单点突然换个泛函还不好向别人交代原因。
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发表于 Post on 2017-4-7 07:50:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-7 04:44
算出原子电荷q,代入式子就完了
原子电荷种类很多,看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.p ...

多谢。
要把D的每个原子和A的每个原子之间的coulombic energy 算完,然后再加和?
MULTIWFN能直接给出 总和值吗?有没有可以直接应用的程序?
多谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 08:12:19 | 只看该作者 Only view this author
ZHANGZY 发表于 2017-4-7 07:50
多谢。
要把D的每个原子和A的每个原子之间的coulombic energy 算完,然后再加和?
MULTIWFN能直接给出 ...

是的。
写个小程序很简单,Fortran的话从头到尾十来行就够。
Multiwfn没有直接提供这个功能
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发表于 Post on 2017-4-7 09:13:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-7 05:06
用B3LYP和M06结合def2TZVP计算溶剂下单点再试
此时用弥散并没有任何意义,还不如用在增加极化上
M06L ...

sob前辈您好!又一次打扰您,您的意思是不是用B3LYP/def2TZVP优化,用优化好的结构在M06/def2TZVP算个溶剂单点,用气相的自由能校正加上溶剂电子能得到溶剂下的自由能?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-7 09:46:55 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-7 09:13
sob前辈您好!又一次打扰您,您的意思是不是用B3LYP/def2TZVP优化,用优化好的结构在M06/def2TZVP算个溶 ...

优化还用之前的级别,单点把基组提升到def2TZVP
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发表于 Post on 2017-4-7 10:22:02 | 只看该作者 Only view this author
高斯输出的两种四极矩的换算问题

高斯计算后,存在两个四极矩值,一般我们取得是Traceless Quadrupole moment

想请问这两个四极矩间能否换算?

因为Qchem计算后默认输出的是第一种四极矩,而不是第二种四极矩,其结果根本没法用

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发表于 Post on 2017-4-7 11:06:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-7 09:46
优化还用之前的级别,单点把基组提升到def2TZVP

感谢您耐心的回复

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