简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

HERO · 发表于 Post on 2017-4-12 21:35:49

请教下：优化出现虚频，加入calcall，博文中说（使用精确的Hessian矩阵。在opt里写上calcall，那么几何优化过程中每一步都会精确计算Hessian）
%nprocshared=12
%mem=2GB
%chk=M3-S2.chk
#p opt=(calcall,verytight,gdiis,maxstep=4,notrust,maxstep=800) freq td=(nstates=3,root=2) M062X/TZVP int=ultrafine

M3-S2

0 1
  C       -0.740412000000    1.427399000000    -0.000001000000
  C       -0.805352000000    -0.056981000000    0.000001000000
  O       -2.103434000000    -0.490519000000    0.000001000000
  C       0.232176000000    -0.932413000000    0.000000000000
  C       1.615511000000    -0.625516000000    0.000001000000
  O       2.123789000000    0.561581000000    0.000000000000
  H       -1.253323000000    1.820968000000    -0.880873000000
  H       0.284249000000    1.791020000000    -0.000008000000
  H       -1.253311000000    1.820972000000    0.880876000000
  H       0.020393000000    -1.995775000000    0.000001000000
  H       -2.131920000000    -1.452827000000    -0.000010000000
  H       2.359540000000    -1.427781000000    -0.000004000000
提交后报错
No analytic 2nd derivatives for this method.
Error termination via Lnk1e in /apps/g09E/g09/l1.exe
原因是因为坐标不是Hessian矩阵还是别的原因？Hessian矩阵是该分子的坐标格式？怎样获得Hessian矩阵？谢谢！

498746012 · 发表于 Post on 2017-4-12 22:01:48

各位老师好！能不能请教一个问题：我进行了同位素计算之后，有gview打开out文件，如何显示那些原子是同位素，那些不是？

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-4-12 22:15:47

TDDFT不支持解析二阶导数

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-12 22:27:17

498746012 发表于 2017-4-12 22:01
各位老师好！能不能请教一个问题：我进行了同位素计算之后，有gview打开out文件，如何显示那些原子是同位素 ...

进入atom list editor，里面可以显示出质量那一列，你把某些同位素那一行前面highlight那一列的圆点点上，就可以高亮显示

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-12 22:29:49

HERO 发表于 2017-4-12 21:35
请教下：优化出现虚频，加入calcall，博文中说（使用精确的Hessian矩阵。在opt里写上calcall，那么几何优化 ...

g09 TDDFT不支持二阶解析导数，g16才支持

杜黎小松 · 发表于 Post on 2017-4-13 11:26:49

本人想请教下关于高斯优化和频率计算完成后的热化学输出项的含义，比如CO的输出项，在B3LYP/6-311g(2df,2p)水平下计算出的热化学项的含义，其中的electronic and thermal energies一项的含义确实不是很明白，自己查资料后也不是很明白这项跟内能有什么关系，

Thermal correction to Energy=                   0.007253 Thermal correction to Enthalpy=                0.008197
Thermal correction to Gibbs Free Energy=       -0.014224
Sum of electronic and zero-point Energies=          -113.347544
Sum of electronic and thermal Energies=             -113.345183
Sum of electronic and thermal Enthalpies=          -113.344239
Sum of electronic and thermal Free Energies=       -113.366660
而以下的E跟上面的electronic and thermal energies有什么关系也不清楚，E、Q跟内能U有什么关系也不是清楚，自己看过统计热力学里也不太懂这项的意思，
  E (Thermal)          CV             S
                  KCal/Mol       Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total                   4.551             4.975          47.189
Electronic             0.000             0.000             0.000
Translational          0.889             2.981          35.923
Rotational             0.592             1.987          11.265
Vibrational             3.070             0.007             0.001
                     Q          Log10(Q)          Ln(Q)
Total Bot    0.348832D+07       6.542616       15.064930
Total V=0    0.620594D+09       8.792808       20.246188
Vib (Bot)    0.562111D-02       -2.250178       -5.181226
Vib (V=0)    0.100003D+01       0.000014       0.000032
Electronic    0.100000D+01       0.000000       0.000000
Translational 0.582202D+07       6.765074       15.577158
Rotational    0.106591D+03       2.027720       4.668998

因为高温下（3000K以上）很多无机物的热力学数据缺失，想着利用高斯计算自己拟合数据，对于这些不是很清楚的输出项就必须搞明白，所以请教下各位老师。再者，如何计算简单无机物的高温热数据应该想用什么水平理论优化之后算能量的又用什么水平理论计算，自己也对比过，G3和CBS-Q，希望老师指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-13 11:37:58

杜黎小松发表于 2017-4-13 11:26
本人想请教下关于高斯优化和频率计算完成后的热化学输出项的含义，比如CO的输出项，在B3LYP/6-311g(2df,2p) ...

热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315

不知道你算的什么体系，大多数体系3000K早就分解了。如果带有过渡金属，那些热力学组合方法并不适合，那些方法适合的是主族元素。

xuannuo5 · 发表于 Post on 2017-4-13 14:51:40

请教各位老师，
对于HSO3-在M06-2X/6-311++G(3df,3pd)水平下进行优化，奇怪的是一直 l999错误。加了int=ultrafine，使用了QC都不管用。
%mem=1000MB
%chk=HSO3.chk
%nproc=4
# M062X/6-311++G(3df,3pd) opt(tight，gdiis)  scrf=(pcm,solvent=water,read) int=ultrafine freq=noraman

Title Card Required

-1  1
16          0       0.000018 -0.000007 0.184002
8          0       1.185957 -0.772055 -0.186865
1          0       0.000090 0.000034 1.538824
8          0    -1.261673 -0.640974 -0.186706
8          0       0.075670 1.413039 -0.186786

请教老师们，这是什么原因呢，应该怎么处理

gauss98 · 发表于 Post on 2017-4-13 17:37:19

先小基组优化

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-13 18:42:42

xuannuo5 发表于 2017-4-13 14:51
请教各位老师，
对于HSO3-在M06-2X/6-311++G(3df,3pd)水平下进行优化，奇怪的是一直 l999错误。加了int=ul ...

常规的几何优化不收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

不要把SCF不收敛和几何优化不收敛搞在一起，解决方法完全不一样

没特殊情况甭用tight，更难达到收敛限，没特殊情况scrf里甭写read。
垃圾关键词太多
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

498746012 · 发表于 Post on 2017-4-13 19:39:50

sobereva 发表于 2017-4-12 22:27
进入atom list editor，里面可以显示出质量那一列，你把某些同位素那一行前面highlight那一列的圆点点 ...

谢谢sob前辈

杜黎小松 · 发表于 Post on 2017-4-13 22:06:59

sobereva 发表于 2017-4-13 11:37
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php ...

本人计算的是如CO2。H20。CO等简单无机物的热化学性质，基于最小自由能原理，计算爆轰产物平衡组分的吉布斯自由能和内能，想要自己编程联合状态方程来理论求解爆轰参数，苦于内能的计算，想要尽可能的精确些。想一般的有机炸药如HMX，RDX,TNT计算其内能有意义吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-4-14 00:12:25

杜黎小松发表于 2017-4-13 22:06
本人计算的是如CO2。H20。CO等简单无机物的热化学性质，基于最小自由能原理，计算爆轰产物平衡组分的吉布 ...

有意义

光芒灬如雪 · 发表于 Post on 2017-4-14 11:17:48

老师好，请教一个问题。
在Gaussian里做结构优化，从收敛情况来看已经很接近我所需要的结果了，但最后一段似乎很难收敛。因此我想以目前计算的最后结果作为初始结构，在修改关键词后继续优化，这种方法可行吗？
如果可行的话，具体应该怎么操作？直接把目前的.out文件导入Gaussview并保存出新的.gjf文件，修改关键词后提交运算？

xuannuo5 · 发表于 Post on 2017-4-14 11:44:31

sobereva 发表于 2017-4-13 18:42
常规的几何优化不收敛
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

多谢Sob老师，照您说的，把tight标准去掉以后就可以了。

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

calcall的运用出错

关于高斯热化学计算项的若干问题

简单的HSO3-构型优化，一致不收敛的问题