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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-4-14 15:25:30 | 只看该作者 Only view this author
三线态氧做deformation denisty,键上电子密度减少,感觉应该增加才对。
电子密度计算方法:rob3lyp/6-311g(d,p)和ub3lyp/6-311g(d,p)都试了。
另咨询一个问题:对开壳层体系,做密度图,计算电子密度使用RO方法还是U方法?如果整体是闭壳层,片断为开壳层,那么片断计算使用RO方法还是U方法?
图如下:

deformation-density.JPG (115.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

deformation-density.JPG

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发表于 Post on 2017-4-14 15:54:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-7 07:14
G09 B.01开始直接支持def2-TZVP,写为def2TZVP。之前的版本若想用必须从EMSL上拷基组定义。

老师,G09 D.01为什么不支持DZVP基组啊?我查了一下,应该写成DGDZVP,两者有何区别?而同系列的TZVP,QZVP都能用,不知道是什么原因。

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发表于 Post on 2017-4-14 17:06:02 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我在高斯 PCM(water)隐式溶剂下优化的构型,在ORCA中用 CPCM(water)溶剂化做的单点,这样是否不合理?需不需要高斯用CPCM溶剂化模型重新对体系优化一遍。保持高斯和ORCA用的溶剂化模型一致?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-14 20:45:42 | 只看该作者 Only view this author
Singularity 发表于 2017-4-14 15:54
老师,G09 D.01为什么不支持DZVP基组啊?我查了一下,应该写成DGDZVP,两者有何区别?而同系列的TZVP,QZVP ...


DZVP这种写法很含糊,许多不同来源基组都可以简写成这种名字
DGDZVP明确表示是DGauss程序定义的DZVP基组
TZVP、QZVP则是ahlrichs等人搞的def系列,它们的DZ级别基组是SVP
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-14 20:47:02 | 只看该作者 Only view this author
xuannuo5 发表于 2017-4-14 17:06
请问老师,我在高斯 PCM(water)隐式溶剂下优化的构型,在ORCA中用 CPCM(water)溶剂化做的单点,这样是 ...

合理。
不过如果没有特殊必要非得用CPCM的话,应当在ORCA里用SMD,或者最好你在高斯和ORCA里都用SMD。SMD无论是原理还是结果都比CPCM更好。
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发表于 Post on 2017-4-14 22:18:01 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师的分子配分函数和热力学数据计算程序,不过我有点疑问的是计算结果上熵和热容的值很接近,但是焓和吉布斯自由能的差距很大,比如CH3的气态,程序计算值是88.96kj/mol,但是手册上数值是133.637kj/mol,另外CH4实验值为-74.6,计算值确是正值128.266 KJ/MOL,到底是近似为理想气体所带来的的误差还是什么原因?另外1000K下其计算值仍然是焓和G差距很大,但是Ht-H298,Gt-G298的值和熵、热容与手册上计算结果很接近,如果我要拟合数据的话能不能以实验测定的H和G的标况值为基础,按照gaussian或者shermo程序的H和G、U的决定值相加获得某个T下的热力学函数,熵和热容仍旧使用shermo的计算数据,是否可行?另外老师的程序能否计算任意有机化合物的热力学数据?

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发表于 Post on 2017-4-14 22:56:52 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,在计算过渡态频率的时候,虚频数多于一个应该怎么消除呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-14 23:13:03 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-4-14 22:56
请教老师,在计算过渡态频率的时候,虚频数多于一个应该怎么消除呢?谢谢!

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-14 23:16:33 | 只看该作者 Only view this author
杜黎小松 发表于 2017-4-14 22:18
谢谢老师的分子配分函数和热力学数据计算程序,不过我有点疑问的是计算结果上熵和热容的值很接近,但是焓 ...

“CH4实验值为-74.6”你指的是生成焓?
如果你算出来是正值,明显是计算方式不对
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发表于 Post on 2017-4-14 23:22:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-14 23:13
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

谢谢老师,我是通过做柔性扫描,把得到的每一步都做freq任务出现的多个虚频,那我是在做柔性扫描这一步试您博文里的解决方法吗?若是的话,命令应该怎么写呢?还请老师指教,谢谢!
(主要是已经写了opt=modredundant )

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hzfish 发表于 2017-4-14 15:25
三线态氧做deformation denisty,键上电子密度减少,感觉应该增加才对。
电子密度计算方法:rob3lyp/6-311 ...


1 用UB3LYP/6-31G*优化和产生O2三重态的波函数,直接用Multiwfn自动调用Gaussian产生ROB3LYP/6-31G*级别的氧的球对称化的原子波函数文件,结果如下(操作过程同此文:使用Multiwfn作电子密度差图http://sobereva.com/113

可见中间有电子增加部分。之所以增加部分很少,是因为O2一定程度上属于charge-shift键,这种键在成键区域共价性并不强。另外由于交换互斥,很多区域电子密度发生降低。

2 无论整体还是片段,开壳层的都用U来算
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发表于 Post on 2017-4-15 08:58:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-14 23:43
1 用UB3LYP/6-31G*优化和产生O2三重态的波函数,直接用Multiwfn自动调用Gaussian产生ROB3LYP/6-31G*级 ...

谢谢!

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发表于 Post on 2017-4-15 09:46:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!能不能请教一下:除了CCDC之外,哪里可以得到有机分子的晶体结构?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-15 13:23:18 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-15 09:46
各位老师好!能不能请教一下:除了CCDC之外,哪里可以得到有机分子的晶体结构?


比较散乱,可以google和这里搜搜http://www.crystallography.net
对于能和生物分子结合的小分子,可以尝试在PDBbind-CN:http://www.pdbbind.org.cn/index.asp里搜索复合物,然后从中提取配体小分子结构。
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发表于 Post on 2017-4-15 15:49:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师请问natural charge distribution是怎么定义的呢?怎么理解它的化学意义?它与spin population表达的具体意义有何区别?

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