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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-15 19:22:38 | 只看该作者 Only view this author
珊珊来迟 发表于 2017-4-15 15:49
sob老师请问natural charge distribution是怎么定义的呢?怎么理解它的化学意义?它与spin population表达 ...


natural charge就是NPA电荷,是NBO框架里定义的
NBO的介绍看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
在《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)里也简要介绍了NPA电荷
自旋布居和原子电荷是两码事,原子电荷是原子核电荷减去原子的布居数,原子的布居数是原子的alpha和beta电子数之和,原子的自旋布居是二者相减。详细的看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-4-15 21:38:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-15 13:23
比较散乱,可以google和这里搜搜http://www.crystallography.net
对于能和生物分子结合的小分子,可以 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-4-15 22:26:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能再麻烦您一下:如果过渡态优化使用opt=tight,int=ultrafine, 那么IRC是不是也得用IRC=(tight,rcfc, maxpoint=100,stepsize=20)int=ultrafine?老师你曾经说过解决IRC曲线不光滑可以加calcall,但是IRC要算100个点,每个点都算Hessian,是不是算不动?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-15 22:41:27 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-15 22:26
sob老师您好!能不能再麻烦您一下:如果过渡态优化使用opt=tight,int=ultrafine, 那么IRC是不是也得用IRC= ...

IRC里不需要写tight。ultrafine得要

你可以把步长改小点,或者recalc设定每几步重算一次Hessian,都能使IRC比默认情况光滑
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发表于 Post on 2017-4-15 22:46:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2017-4-15 22:48 编辑
  1. cl   6-311G*
  2. *
  3.     6  s
  4. 105819.0000000              0.0007380        
  5.   15872.0000000              0.0057180        
  6.    3619.6500000              0.0294950        
  7.    1030.8000000              0.1172860        
  8.     339.9080000              0.3629490        
  9.     124.5380000              0.5841490        
  10.     3  s
  11.     124.5380000              0.1341770        
  12.      49.5135000              0.6242500        
  13.      20.8056000              0.2917560        
  14.     1  s
  15.       6.5834600              1.0000000        
  16.     1  s
  17.       2.5646800              1.0000000        
  18.     1  s
  19.       0.5597630              1.0000000        
  20.     1  s
  21.       0.1832730              1.0000000        
  22.     5  p
  23.     589.7760000              0.0023910        
  24.     139.8490000              0.0185040        
  25.      45.1413000              0.0813770        
  26.      16.8733000              0.2215520        
  27.       6.7411000              0.7725690        
  28.     2  p
  29.       6.7411000             -1.5722440        
  30.       2.7715200              0.9923890        
  31.     1  p
  32.       1.0238700              1.0000000        
  33.     1  p
  34.       0.3813680              1.0000000        
  35.     1  p
  36.       0.1094370              1.0000000        
  37.     1  d
  38.       0.7500000              1.0000000        
  39. *
复制代码

对于C1原子,1 d对应的是极化函数;6 s 应该是6 GTF收缩成一个 1s轨道?如果 3  s;1  s; 1 s是指 “311”的话,怎么多出两个 1 s? 对于p怎么是5个GTF 收缩成p轨道?没明白根据“6-311G*”对于Cl怎么定义和划分的,可能是我的理解有误,麻烦Sob老师指教
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-15 22:54:31 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2017-4-15 22:46
对于C1原子,1 d对应的是极化函数;6 s 应该是6 GTF收缩成一个 1s轨道?如果 3  s;1  s; 1 s是指 “311” ...

对于第三周期及之后(包括Cl),不是按照6-311G*形式上那种Pople系列基组的规矩来定义的,因为这些6-311G*其实已经不是Pople它们开发的了,只不过冠上6-311G*的名字而已。
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发表于 Post on 2017-4-15 23:01:40 | 只看该作者 Only view this author
柔性扫描一个二面角,
New curvilinear step not converged.
RedCar failed.
错误啥原因呢?可以解决吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-15 23:13:20 | 只看该作者 Only view this author
greatzdk 发表于 2017-4-15 23:01
柔性扫描一个二面角,
New curvilinear step not converged.
RedCar failed.


尝试不同方式定义扫描,或者比如把步长改改。
数值巧合with 程序bug
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发表于 Post on 2017-4-16 09:12:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-15 22:41
IRC里不需要写tight。ultrafine得要

你可以把步长改小点,或者recalc设定每几步重算一次Hessian,都能 ...

感谢老师您在百忙之中的回复

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发表于 Post on 2017-4-16 09:48:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-15 23:13
尝试不同方式定义扫描,或者比如把步长改改。
数值巧合with 程序bug

谢谢sob大神,我试试。

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发表于 Post on 2017-4-16 11:11:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请教一个问题。
在Gaussian里做结构优化,从收敛情况来看已经很接近我所需要的结果了,但最后一段似乎很难收敛。因此我想以目前计算的最后结果作为初始结构,在修改关键词后继续优化,这种方法可行吗?  还是说必须要从头开始优化?
如果可行的话,具体应该怎么操作?  直接把目前的.out文件导入Gaussview并保存出新的.gjf文件,修改关键词后提交运算?

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发表于 Post on 2017-4-16 12:32:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,上次您提过,高斯中可通过int=dkh引入二分量相对论。请问这个对锕系计算会大幅提高精度以及计算耗时吗?
看了很多锕系化学的计算,用这种方法的人并不多,一般都是单纯的采用ECP基组和赝势,如ECP60MWB。
请问这是为什么啊?
谢谢老师

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发表于 Post on 2017-4-16 14:01:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,研究CaF分子之间的冷碰撞,需要高精度计算CaF分子和CaF分子之间的相互作用势,该如何选择基组?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-16 14:23:39 | 只看该作者 Only view this author
光芒灬如雪 发表于 2017-4-16 11:11
sob老师您好,请教一个问题。
在Gaussian里做结构优化,从收敛情况来看已经很接近我所需要的结果了,但最 ...

可行
是的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-16 14:23:55 | 只看该作者 Only view this author
浮云里的阳光 发表于 2017-4-16 14:01
sob老师您好,研究CaF分子之间的冷碰撞,需要高精度计算CaF分子和CaF分子之间的相互作用势,该如何选择基组 ...


都用ma-QZVP就可以,如果要求更高,外推到CBS,见
谈谈能量的基组外推
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