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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-4-18 08:19:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-17 23:37
光看这段话,貌似就是把12.7作为delta_E代进去,再把CN的局部偶极矩作为miu代入进去,反解出x。文中本 ...

说的很有道理,谢谢sob老师的回答

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发表于 Post on 2017-4-18 08:36:23 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算问题

计算高斯时,将作业提交计算后总是坐标读完就停止了,也没有跳出来,是什么情况?怎么解决呢?后来换了服务器,计算出一个Normal就直接跳出来了,可是我还需要后两个Normal,这有什么解决办法没?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-18 08:41:01 | 只看该作者 Only view this author
16whzhengdn 发表于 2017-4-18 08:36
计算高斯时,将作业提交计算后总是坐标读完就停止了,也没有跳出来,是什么情况?怎么解决呢?后来换了服务 ...

上传输出文件

完全不知道“两个Normal”指什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-4-18 09:09:09 | 只看该作者 Only view this author
老师,这是输入和输出文件

HEMIMC-4ts-for-md-all-d.gjf

20.13 KB, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 1

输入文件

HEMIMC-4ts-for-md-all-d.log

1.28 MB, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 2

输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-18 10:42:56 | 只看该作者 Only view this author
16whzhengdn 发表于 2017-4-18 09:09
老师,这是输入和输出文件


从末尾看明显还在计算的状态
如果任务停了,重新提交;如果正算着就继续等。
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发表于 Post on 2017-4-18 13:00:52 | 只看该作者 Only view this author
各位老师:
      好!能不能打扰一下:我有一个过渡态(虚频只有20多)做IRC左右两边的结果一模一样,我看到sob老师的帖子里说,是由于过渡态定位不太准造成的。我重新定位了一下过渡态(B3LYP/6-31G** opt=(ts,calcall,tight,noeigentest)  int=ultrafine  iop(1/8=10) guess=read geom=check),用得到的TS算IRC(b3lyp/6-31g** irc=(LQA,rcfc,maxpoint=100,stepsize=15,reverse ) geom=check guess=read int=ultrafine)forward关键词一样,此时IRC左右两边的结果不一样,但是有一边只走了六步就PES minimum detected on this side of the pathway(这边的IRC的out文件在附录中),另一边走了100步还没有找到PES minimum,趋势是形成四元环,这样的结果合理吗?现在IRC左右两边不一样,而且两边都是我预期的结果,这样的TS应该合理吗?但是有个问题走了六步的IRC把最后结构取出来,用opt=tight ,int=ultrafine 优化这个中间体就和另一边走了100步的结构就一样了,这是怎么回事啊?

IRC.out

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发表于 Post on 2017-4-18 17:19:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,今天跑gaussian的时候到L1002模块时,CPU占用率突然剧烈下降至20%(平时一直是399%),但MEM占用接近100%,然后计算就一直卡在那了。而最终的log文件里好像连优化都没跑。您看这是为什么呢?(log文件如下)

jiegou2.log

47.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-18 20:31:51 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-4-18 17:19
sob老师,今天跑gaussian的时候到L1002模块时,CPU占用率突然剧烈下降至20%(平时一直是399%),但MEM占用 ...

继续等
数据正在大量读写,CPU没那么多活儿干
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-18 20:38:00 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-18 13:00
各位老师:
      好!能不能打扰一下:我有一个过渡态(虚频只有20多)做IRC左右两边的结果一模一样,我 ...


你这明显不是对应化学反应的过渡态,化学反应的过渡态虚频几乎不会有这么小的,而且从结构上一看也知道只是个复合物结构,和过渡态结构相去甚远
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发表于 Post on 2017-4-18 20:54:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-18 20:38
你这明显不是对应化学反应的过渡态,化学反应的过渡态虚频几乎不会有这么小的,而且从结构上一看也知道 ...

sob 老师您好!感谢您的回复。但是有的过渡态如烯烃从远处靠近到与金属配位这样的过渡态虚频都很小20-30左右,是不是这样的过渡态没有意义,老师您好!能问一下:化学反应的过渡态的虚频一般为多少,有没有个范围?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-18 21:12:01 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-18 20:54
sob 老师您好!感谢您的回复。但是有的过渡态如烯烃从远处靠近到与金属配位这样的过渡态虚频都很小20-30 ...

一般都在几百以上,有极个别的势垒极低的也有几十的,但你不属于这种情况。
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发表于 Post on 2017-4-18 21:21:43 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我测算了一个反应。发现初始物,过渡态以及生成物对应的能量最低的多重度都不一样。
这时候应该怎么分析?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-18 21:57:39 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-18 21:21
老师您好,我测算了一个反应。发现初始物,过渡态以及生成物对应的能量最低的多重度都不一样。
这时候应该 ...

各个自旋多重度的反应路径都考察,参考比如Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145
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发表于 Post on 2017-4-18 23:09:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-18 21:57
各个自旋多重度的反应路径都考察,参考比如Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145

如果某个自选多重度的结构优化不出来,是否可以说明这个结构不存在?

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发表于 Post on 2017-4-18 23:16:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-18 20:31
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谢谢sob老师。但是我一直等了很久,在top里看到cpu和mem都是0了,可打开log文件感觉就像计算没跑完一样啊。(既没有error报错,也没有normal结束的提示)
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