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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-24 05:54:26 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-4-23 16:56
双分子反应,如O2+CH3CH2,在计算反应热力学参数时,是否需要将反应物 O2+CH3CH2先优化到能量最小,或者将两 ...


如果你要考察反应过程热力学量变化,单独计算O2和CH3CH2热力学量,然后结果相加。对产物也这样。最后产物和反应物求差。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-24 05:55:11 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-23 17:02
谢谢sob老师!能不能再打扰您一下:如果有的分子不知道有什么对称性,用gview强制对称化,再优化是不是最 ...

看优化完了做振动分析后有无虚频。如果有,说明gview里你把对称性搞得太高了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-24 08:32:48 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2017-4-24 00:29
问题是针对我的反应特点,分析过渡态和前驱体中两个分子间氢键作用哪个比较有实际意义?原因为何?手机打字 ...


没更多信息不好说。没有必然性分析哪个更合适,对当前问题分析哪个更能解释现象就分析哪个
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发表于 Post on 2017-4-24 08:34:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-24 05:55
看优化完了做振动分析后有无虚频。如果有,说明gview里你把对称性搞得太高了

sob老师您起的这么早,真是太辛苦了

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发表于 Post on 2017-4-24 09:38:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-24 08:32
没更多信息不好说。没有必然性分析哪个更合适,对当前问题分析哪个更能解释现象就分析哪个

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-4-24 10:05:19 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在用orca计算锕系时,要用stuttgart 的ECP,就要用对应的价电子基组。从http://www.tc.uni-koeln.de/PP/clickpse.en.html这个网站上没有得到GAMESS-US格式,但是可以得到其他格式,如gaussian。但是EMSL里边根本没有包含ANO-ECP对应锕系元素的ANO价层电子基组。我现在只有基组格式的转换,请问我怎样才能用得到的gaussian或者molpro的格式转换为orca里用的GAMESS-US格式?

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发表于 Post on 2017-4-24 10:05:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-22 08:04
你是做动力学还是量化计算?
不管是哪种,都不是通过这种方式实现的
量化计算没法靠隐式溶剂模型表现pH

我是做动力学,那请问应该怎样模拟pH呢?我这种加入真实粒子的方法不应该叫显式么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-24 10:53:41 | 只看该作者 Only view this author
zblxyrz 发表于 2017-4-24 10:05
我是做动力学,那请问应该怎样模拟pH呢?我这种加入真实粒子的方法不应该叫显式么?

显式是对溶剂来说的
PH一般通过设定不同的溶质的质子化态来体现。如果要更好描述,可以在amber等程序里用constant PH方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-24 11:04:08 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2017-4-24 10:05
sob老师,我在用orca计算锕系时,要用stuttgart 的ECP,就要用对应的价电子基组。从http://www.tc.uni-koel ...


非要用ANO?ANO对于ORCA这样片段收缩的程序极为昂贵,很不划算。只有molcas这种广义收缩的程序一般才有人用ANO
就用ORCA自带的stuttgart赝势基组就行了
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发表于 Post on 2017-4-24 11:55:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-24 11:04
非要用ANO?ANO对于ORCA这样片段收缩的程序极为昂贵,很不划算。只有molcas这种广义收缩的程序一般才有 ...

谢谢sob老师的解答。但是还是要请教一下您怎么使用orca里的对应基组,我这样写没对,您能告诉我正确的写法吗?
%basis
newgto C "def2-TZVP" end
newgto O "def2-TZVP" end
newgto Pu "SDD" end
newecp Pu "SDD" end
end

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发表于 Post on 2017-4-24 14:58:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangtf 于 2017-5-28 15:08 编辑

大家好!最近我在学习Molcas8.0(免费版)/doc/manual里面的手册,准备进行CASPT2/ANO-RCC-VTZP基态优化NUN的构型,可是发现该手册中并没有锕系的例子,所以感觉不容易写input文件,恳请大家指点一下,或者推荐一些自学资料。谢谢!

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发表于 Post on 2017-4-24 17:27:54 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!打扰了,想请教一下问题:gview中point group进行对称化之后,constrain to subgroup(有许多选项)一定和当前点群一样吗?这里的子群有什么作用啊?

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发表于 Post on 2017-4-25 02:02:32 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问一下离子对怎么在高斯中优化啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-25 10:50:46 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-4-25 02:02
老师您好,请问一下离子对怎么在高斯中优化啊?

画好结构,直接优化就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-25 10:51:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-24 17:27
各位老师好!打扰了,想请教一下问题:gview中point group进行对称化之后,constrain to subgroup(有许多 ...

约束成哪个子群,修改结构的时候就会按照哪个点群来修改结构,便于准确、方便地构建高对称体系结构
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