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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-4-21 16:36:41 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想建立不同pH的水环境,比如说用NaOH调pH,是否就是在水盒子中加入等量的Na+和OH-,使-lg[OH-]等于我所需要的pH?

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发表于 Post on 2017-4-21 16:56:01 | 只看该作者 Only view this author
local and non-local density functionals
此问题我在群上问过,关于local and non-local density functionals的比较是否可以通过BLYP 和B3LYP比较?
Sob老师回答  可以

我在高斯说明书中看到

即LYP 包含局域和非局域项,关键是 B3LYP和BLYP都包含了LYP关联泛函

1.  B3LYP和BLYP到底哪个是局域密度泛函,哪个是非局域密度泛函?
2. 能不能写下常见的泛函依据局域和非局域分类后的情况?跟纯泛函和杂化泛函分类不相干吧?
3. 非局域泛函,是不是指能够处理电子离域问题的泛函?
谢谢老师

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发表于 Post on 2017-4-21 17:26:44 | 只看该作者 Only view this author

偶极矩分量方向

问题比较低端...请问GaussView中能否查看偶极矩XYZ各分量的方向?还有偶极矩的XYZ方向和分子结构的XYZ方向应该不同吧?
eureka

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发表于 Post on 2017-4-21 23:41:24 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-19 23:09
是这样的,讨论的数据我采用哪一个呢?因为老师您说过不一定能量最低的是优先的,还有就是昨天问过的同一 ...

还是麻烦老师解答一下我的疑惑,非常感谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 08:04:55 | 只看该作者 Only view this author
zblxyrz 发表于 2017-4-21 16:36
Sob老师,我想建立不同pH的水环境,比如说用NaOH调pH,是否就是在水盒子中加入等量的Na+和OH-,使-lg[OH-] ...

你是做动力学还是量化计算?
不管是哪种,都不是通过这种方式实现的
量化计算没法靠隐式溶剂模型表现pH
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 08:07:42 | 只看该作者 Only view this author
Frank 发表于 2017-4-21 17:26
问题比较低端...请问GaussView中能否查看偶极矩XYZ各分量的方向?还有偶极矩的XYZ方向和分子结构的XYZ方向 ...

result - charge distribution,里面点开显示偶极矩即可
“偶极矩的XYZ方向和分子结构的XYZ”没有这种说法
偶极矩只能说X,Y,Z三个分量。X,Y,Z轴的方向就是你在gview里显示出笛卡尔坐标轴时看到的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 08:10:50 | 只看该作者 Only view this author
赵云跳槽 发表于 2017-4-21 16:56
local and non-local density functionals
此问题我在群上问过,关于local and non-local density functio ...

B3LYP是非局域的
而把LYP这种GGA说成是非局域的是一种学术界的谬称,大家也普遍知道这是谬称,所以经常就将错就错了。GGA是相对LDA而言的非局域,其只不过是半局域,绝非是实际意义的非局域

凡是有HF成份的都是非局域的。不含HF成份的都是半局域的(meta-GGA或GGA)或局域的(LDA)

非局域是从交换相关势的形式来说的,随便找本详细点的量化书都会讲,比如Jensen的、Levine的
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发表于 Post on 2017-4-22 11:33:59 | 只看该作者 Only view this author
想计算一些有机物的热力学参数,主要C、H,原子数在30以内,如n-Butylbenzene,先在b3lyp/6-31g(d)下优化结构并进行频率分析,然后准备在高级别下计算单点能,我采用M062X/def2TZVP计算是否合适?
看以往帖子,sovereva老师推荐双杂化泛函,能否具体指出一些可用的方法加基组组合。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-22 12:36:32 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-4-22 11:33
想计算一些有机物的热力学参数,主要C、H,原子数在30以内,如n-Butylbenzene,先在b3lyp/6-31g(d)下优化结 ...

合适
想更好的话就用DSD-PBEP86-D3/cc-pVTZ
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发表于 Post on 2017-4-23 13:05:10 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!能不能请教一下,我用gview中的R-group fragment中选中了乙烯,之后进行优化B3LYP/6-31G**,本身分子应该是D2h点群,但是优化成功结束后的out文件中输出为C1点群,而gview中edit的点群显示当前为D2h点群,这是怎么回事?如何在out文件中看到D2h点群?我又用同样的水平优化了苯环,out文件也为C1点群,edit中当前为C6v点群,不是D6h点群?如何在out文件中显示D6h,而且edit也为D6h,是不是B3LYP/6-31G**不太好?HF/6-311++g**优化怎样?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-23 16:06:01 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-23 13:05
各位老师好!能不能请教一下,我用gview中的R-group fragment中选中了乙烯,之后进行优化B3LYP/6-31G**,本 ...

高斯计算前先用gview做对称化成为期望的点群,并且计算时不要用nosymm。具体知识看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

HF/6-311++g**的结果毫无意义,如今谁也不用HF,这些体系加弥散纯属白耽误时间,仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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发表于 Post on 2017-4-23 16:56:07 | 只看该作者 Only view this author
双分子反应,如O2+CH3CH2,在计算反应热力学参数时,是否需要将反应物 O2+CH3CH2先优化到能量最小,或者将两分子放置的间隔远一些,直接计算freq和单点能

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发表于 Post on 2017-4-23 17:02:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-4-23 17:10 编辑
sobereva 发表于 2017-4-23 16:06
高斯计算前先用gview做对称化成为期望的点群,并且计算时不要用nosymm。具体知识看
谈谈Gaussian中的对 ...

谢谢sob老师!能不能再打扰您一下:如果有的分子不知道有什么对称性,用gview强制对称化,再优化是不是最后优化的结果不合理啊?

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发表于 Post on 2017-4-24 00:26:58 | 只看该作者 Only view this author
老师,我做了不同结构反应物对某类反应反应活性的对比,审稿人让我从分析反应过程中前驱体或者过渡态的氢键形成进行分析,但我的反应的前驱体自由能为正稳定性不好,而另一方面氢键作用本质上是静电相互作用,我老觉得用与前驱体分析可能会合适点。我的问题是针对我的反应特点的分析过渡态和前驱体哪个更有意义?原因为何?谢谢老师了

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发表于 Post on 2017-4-24 00:29:43 | 只看该作者 Only view this author
问题是针对我的反应特点,分析过渡态和前驱体中两个分子间氢键作用哪个比较有实际意义?原因为何?手机打字不太方便,问题描述不完整就发出去了,请您谅解。谢谢老师

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