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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 00:59:39 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-4-18 23:16
谢谢sob老师。但是我一直等了很久,在top里看到cpu和mem都是0了,可打开log文件感觉就像计算没跑完一样啊 ...

看硬盘是否在大量读写
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 01:00:22 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-18 23:09
如果某个自选多重度的结构优化不出来,是否可以说明这个结构不存在?

不管什么自旋多重度,总能优化出一个结构来,如果不是你希望的结构,就说明你希望的那个结构在那个自旋多重度下没有极小点
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发表于 Post on 2017-4-19 11:21:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-18 21:12
一般都在几百以上,有极个别的势垒极低的也有几十的,但你不属于这种情况。

感谢sob老师百忙之中的回复

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发表于 Post on 2017-4-19 16:39:53 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,计算反应的能垒时,有的文献用(高方法的单点能+优化方法得到的ZPE计算),有的文献直接用高方法的单点能计算,那计算能垒的时候,优化方法的ZPE需不需要加进去?加不加会有什么影响?多谢老师。

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发表于 Post on 2017-4-19 17:39:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有个问题还想请教您一下:如果在优化计算之前对体系进行stable验证成功,可以认为优化完成后的结构的波函数一定是基态的吗?(因为这说明对于波函数的初始猜测是合理的)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 21:19:49 | 只看该作者 Only view this author
xuannuo5 发表于 2017-4-19 16:39
Sob老师,计算反应的能垒时,有的文献用(高方法的单点能+优化方法得到的ZPE计算),有的文献直接用高方法 ...


单点能+ZPE算的势垒根本什么都不是,那对应0K的,谁也不会研究0K的情况
最合理是用自由能求差。单点能求差是个近似,免得你做耗时的振动分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 21:21:23 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-4-19 17:39
sob老师,有个问题还想请教您一下:如果在优化计算之前对体系进行stable验证成功,可以认为优化完成后的结 ...

可以说通常是,但如果说一定是,太绝对了,不排除能找到反例的可能

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发表于 Post on 2017-4-19 21:56:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-18 21:57
各个自旋多重度的反应路径都考察,参考比如Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145

老师提供的文献我已经看了,但是我还是我不知道怎么分析,因为有三条反应路径,这时候我需要用哪个数据进行解释呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 22:31:15 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-4-19 21:56
老师提供的文献我已经看了,但是我还是我不知道怎么分析,因为有三条反应路径,这时候我需要用哪个数据进 ...


每个自旋多重度的反应路径都算出来,然后都绘制在能量图上,一起讨论
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sobereva 发表于 2017-4-19 22:31
每个自旋多重度的反应路径都算出来,然后都绘制在能量图上,一起讨论

是这样的,讨论的数据我采用哪一个呢?因为老师您说过不一定能量最低的是优先的,还有就是昨天问过的同一个结构不同的多重度可能会得到不同的构像,即这个地方没有最小值,那就可以省略不写?

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发表于 Post on 2017-4-20 15:38:35 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我用guess=mix及nosymm得到了臭氧的稳定波函数,然后提升计算级别并采用guess=read读取波函数并计算单点能,这样是不是能更快收敛从而减少计算时间呢?
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wrtgcn 发表于 2017-4-20 15:38
sob老师,我用guess=mix及nosymm得到了臭氧的稳定波函数,然后提升计算级别并采用guess=read读取波函数并计 ...

减少计算时间可以忽略不计
对更快收敛有帮助的

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发表于 Post on 2017-4-20 18:46:44 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想请教您一个问题。
我在计算反应速率时,是用的MESMER软件,基于RRKM理论。其中有两步反应是无垒的。审稿人给我提出问题,How were the cross sections estimated?
我不知道 cross sections是什么,因此也无从回答。我查了相关文献,也没得到有用的解释。老师,您知道 cross sections是什么吗?我该如何计算或是如何回答审稿人的问题。
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-20 19:55:53 | 只看该作者 Only view this author
追逐娃娃的梦 发表于 2017-4-20 18:46
老师,您好,我想请教您一个问题。
我在计算反应速率时,是用的MESMER软件,基于RRKM理论。其中有两步反应 ...


可能他想说碰撞截面
主方程计算里面涉及到碰撞频率,这和碰撞截面有关
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发表于 Post on 2017-4-20 21:44:40 | 只看该作者 Only view this author
我还是不明白应该怎么做。

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