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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-4-28 13:51:54 | 只看该作者 Only view this author

请问有谁在Gaussian用MM方法做过结构优化?

想用用MM方法对结构进行优化,看Gaussian支持Amber-MM方法。就是不知如何创建一个输入文件,请教有经验者,万分感谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 10:40:00 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2017-4-28 13:51
想用用MM方法对结构进行优化,看Gaussian支持Amber-MM方法。就是不知如何创建一个输入文件,请教有经验者, ...

直接写个amber opt就完了。提示缺参数的时候才需要额外再补参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 10:41:30 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-4-27 22:50
请教老师,为什么我在计算irc路径的时候,forward和reverse路径都是键长减小啊?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 10:42:12 | 只看该作者 Only view this author
clvn 发表于 2017-4-26 10:04
老师,再麻烦您一下,我最近在学习rrkm理论,公式上要求计算过渡态和反应物的态密度,我在gaussian中使用了 ...

如果不用pop=full就能正确识别,就去掉之
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 10:44:19 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-4-27 13:55
sob老师您好!能不能打扰您一下,我一直有这样一个想法不知道对不对,高斯计算给出的电子能以及自由能都是 ...

算单点时候给出的电子能是按照单个分子在孤立体系算的,但是算热力学数据的时候是把体系假想为理想气体考虑的,是要设温度和压力的。
高斯计算不涉及温度、压力变化,也用不着去牵扯系综的概念。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 10:46:44 | 只看该作者 Only view this author
paradise 发表于 2017-4-26 23:14
问老师一个问题,阅读了您的博客:在Origin中绘制能量折线图的方法,有几个问题:
1.如果我在线的旁边添加 ...

origin直接就有添加文本框的工具
要么修改input.txt里的参数,要么修改origin里的符号大小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 10:58:32 | 只看该作者 Only view this author
paitel 发表于 2017-4-28 01:21
还有Counterpoise指什么?如何用Counterpoise改进结果?

Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-30 18:51:11 | 只看该作者 Only view this author
xiaojingling016 发表于 2017-4-26 20:54
Gaussian 09:  EM64L-G09RevA.02 11-Jun-2009
                26-Apr-2017
************************* ...

g09里TDDFT没有二阶解析导数,没法直接用calcfc
去掉calcfc就完了
虽然g16里支持TDDFT二阶解析导数,但只支持真空下的
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发表于 Post on 2017-5-1 20:08:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-30 10:44
算单点时候给出的电子能是按照单个分子在孤立体系算的,但是算热力学数据的时候是把体系假想为理想气体考 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-5-2 10:43:17 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,菜鸟问一个关于赝势基组的问题,在sob老师的博文(http://sobereva.com/60)中提到可以从stuttgart的官网上拷贝定义,我从官网上查找了这个定义,
但是跟老师的博文里面写的不太一样,
,想请问下cu-ecp后面的那两个数字代表的含义,以及g-ul potential这些标识如何和从官网上查到的定义对应起来?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-2 19:58:48 | 只看该作者 Only view this author
xxfscxx 发表于 2017-5-2 10:43
各位老师好,菜鸟问一个关于赝势基组的问题,在sob老师的博文(http://sobereva.com/60)中提到可以从stutt ...

赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
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发表于 Post on 2017-5-2 21:34:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-2 19:58
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188

谢谢老师

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发表于 Post on 2017-5-3 21:42:12 | 只看该作者 Only view this author
向老师咨询一个问题:最近在做一个催化体系的配体交换。老师想让我比较前后两个催化剂的能量差,但遇到了一个问题,初始的催化剂是一个金属二聚体,而生成的催化剂是单金属。我就比较迷惑这个能量应该怎样比,是将初始的催化剂能量除以二吗?

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发表于 Post on 2017-5-3 22:25:18 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师开壳层闭壳层(s=0)想查看自旋密度在multiwfn中怎么输入呢?
我用高斯保存的fchk用UB3LYP泛函算的是不是视为开壳层?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-4 11:35:32 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-5-3 21:42
向老师咨询一个问题:最近在做一个催化体系的配体交换。老师想让我比较前后两个催化剂的能量差,但遇到了一 ...

没具体信息不好说。反正比较能量的话,必须原子数相同的情况才能比,所以该除2就除2,该乘2就乘2
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