计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

224

帖子

5

威望

4581

eV
积分
4905

Level 6 (一方通行)

3541#
发表于 Post on 2017-5-6 10:49:09 来自手机 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian 如何进行混合溶剂的隐式溶剂模型计算

本人想计算一个水-乙醇体系中反应的反应速率,但是不知道怎么设置混合溶剂的隐式溶剂模型。希望的到各位老师的帮助,先谢谢各位老师了。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

3542#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-6 12:53:16 | 只看该作者 Only view this author
ene 发表于 2017-5-6 10:49
本人想计算一个水-乙醇体系中反应的反应速率,但是不知道怎么设置混合溶剂的隐式溶剂模型。希望的到各位老 ...

按照体积比来混合介电常数即可,看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

224

帖子

5

威望

4581

eV
积分
4905

Level 6 (一方通行)

3543#
发表于 Post on 2017-5-6 21:11:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-6 12:53
按照体积比来混合介电常数即可,看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva. ...

谢谢sob老师
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

3544#
发表于 Post on 2017-5-7 09:25:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2017-5-7 09:35 编辑

sob老师能不能麻烦您一下,我是一个量化初学者有5个小问题想请教您一下:如果写B3LYP/DEF2TZVP,不写genecp 是赝势基组还是全电子基组?如果用了genecp,如B3LYP/genecp,最后基组部分是不是C H 0;6-31G**;****;Cu 0;DEF2TZVP;****; 空行Cu 0;DEF2TZVP?如果写B3LYP/aug-CC-PVDZ-PP,不写genecp 是赝势基组还是全电子基组?如果用了genecp,如B3LYP/genecp,最后基组部分是不是C H 0;6-31G**;****;Cu 0;aug-CC-PVDZ-PP;****; 空行Cu 0;aug-CC-PVDZ-PP?B3LYP/SDD, 不写genecp 是赝势基组还是全电子基组?感觉自己脑子里很混乱。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

3545#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-7 11:21:56 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-5-7 09:25
sob老师能不能麻烦您一下,我是一个量化初学者有5个小问题想请教您一下:如果写B3LYP/DEF2TZVP,不写genecp ...


1 看你包含什么元素,对于第四周期以后的def2是赝势基组
2 是。
3、4 没法这么写,此基组不是内置的
5 对轻原子是全电子基组,对重原子是赝势基组,手册里明确写了

问多个问题最好列成表,否则阅读麻烦
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

3546#
发表于 Post on 2017-5-7 15:26:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-7 11:21
1 看你包含什么元素,对于第四周期以后的def2是赝势基组
2 是。
3、4 没法这么写,此基组不是内置的
...

谢谢sob老师在百忙中的回复

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

3547#
发表于 Post on 2017-5-8 11:09:56 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我最近在学习弱相互作用的相关概念,有几个问题想请教您一下:
1.离子键体系计算与共价键体系有明显区别吗?
2.离子键为静电作用,但是又有显著的局部负电荷,它需要加弥散函数吗?
3.静电作用主导的弱相互作用与离子键有什么关联吗?
麻烦您了!
It's my life and it's now or never

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

3548#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-8 13:29:43 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-5-8 11:09
sob老师,我最近在学习弱相互作用的相关概念,有几个问题想请教您一下:
1.离子键体系计算与共价键体系有 ...


1 本质差异极大,但在量化程序计算角度没什么需要区分考虑的
2 对于计算离子键键长、振动频率之类的,不加弥散函数可以,但如果是计算其它属性,应当给带负电的原子加上弥散函数
3 离子键不属于弱相互作用,因为已经是化学键(强相互作用)范畴了。静电主导的弱相互作用的本质与离子键相似,但强度远达不到它的程度,因为牵扯的原子带的电荷(或者局部带的电荷)没那么大。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
wrtgcn + 4 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

588

帖子

0

威望

3310

eV
积分
3898

Level 5 (御坂)

3549#
发表于 Post on 2017-5-8 15:30:10 | 只看该作者 Only view this author
求关于描述单点能的文献或资料,谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

3550#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-8 21:06:13 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-5-8 15:30
求关于描述单点能的文献或资料,谢谢!

就是算特定结构下的电子能量,这只是个最基本的如同1+1=2的概念,能有什么资料
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

35

eV
积分
39

Level 2 能力者

3551#
发表于 Post on 2017-5-9 14:33:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想请教一下,我在做过渡态时,在气相下找到的过渡态结构,在溶剂里算的单点能,最后发现反应能垒大于30Kcal/mol(考虑了温度),这个反应是在苯甲腈里,180℃下反应的,我的结果与实验不相符啊。是我的溶剂定义有问题吗?
学习!

49

帖子

0

威望

749

eV
积分
798

Level 4 (黑子)

3552#
发表于 Post on 2017-5-9 14:43:35 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!请教两个问题:
1.色散校正无论是在算单点,优化,还是频率分析等等,都可以加吗?
2.Gaussian自带的tests练习输入文件对应的目录应该去哪里找?
麻烦老师帮忙解答!十分感谢!

31

帖子

0

威望

134

eV
积分
165

Level 3 能力者

3553#
发表于 Post on 2017-5-9 15:18:46 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!想请教两个问题1、当我选择赝势基组lanl1mb时。从Molecular Orbital Coefficients:得到OA信息,1S,2PX,2PY2,PZ,3D0,3D+1,3D-1,3D+2,3D-2.价电子为11,是否说明P轨道是否为最外层空轨道?选lanl1dz时候所有轨道分裂成两个。如果选lanl2mb(考虑次内层电子总价电子19)则理解为其中一个P轨道是空轨道如下
   1   Au 1S         -0.00323   0.00519   0.00000   0.00000   0.00048
   2        2S         -0.00007  -0.00022   0.00000   0.00000   0.00092
   3        3PX         0.00000   0.00000   0.00000  -0.00006   0.00000
   4        3PY         0.00000   0.00000  -0.00006   0.00000   0.00000
   5        3PZ         0.00006  -0.00028   0.00000   0.00000  -0.00011
   6        4PX         0.00000   0.00000   0.00000   0.00220   0.00000
   7        4PY         0.00000   0.00000   0.00220   0.00000   0.00000
   8        4PZ         0.00110   0.00032   0.00000   0.00000  -0.00192
   9        5D 0       -0.00005  -0.00011   0.00000   0.00000   0.00038
  10        5D+1        0.00000   0.00000   0.00000  -0.00046   0.00000
  11        5D-1        0.00000   0.00000  -0.00046   0.00000   0.00000
  12        5D+2        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
  13        5D-2        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
但是选择lanl2dz时并不像lanl1dz所有轨道都分裂了,其中一个P轨道没有分裂?
能否请sob老师说明下如何正确理解AO轨道
2、路径设置时,算Au元素时采用闭壳层Rb3pw91这样写对吗 为何运行报错不收敛  不用R可以计算 目的是只得到一个FOCK# Rb3pw91/lanl2dz Pseudo=lanl2 geom=connectivity gfinput IOP(5/33=3)
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

3554#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-9 19:40:10 | 只看该作者 Only view this author
小时候头很油 发表于 2017-5-9 14:33
sob老师,我想请教一下,我在做过渡态时,在气相下找到的过渡态结构,在溶剂里算的单点能,最后发现反应能 ...

涉及因素很多,计算级别、溶剂的考虑、对反应机理的认识等等
就算光说溶剂,比如如果溶剂也参与了反应进行,但是又没把必要的溶剂分子以显示方式考虑,可能造成势垒和实际差异很大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125206

管理员

公社社长

3555#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-9 19:41:22 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2017-5-9 14:43
老师您好!请教两个问题:
1.色散校正无论是在算单点,优化,还是频率分析等等,都可以加吗?
2.Gaussian ...

1 是
2 test不是练习,而是用来测试程序是否各方面功能都正常的。exploring那本书里自带的才叫练习文件
test文件在linux版高斯程序包里直接带着,如果没带,可能是别人把压缩包里的这些内容给去掉了来节约空间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 12:25 , Processed in 0.207624 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list