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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-9 19:53:36 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-9 15:18
sob老师您好!想请教两个问题1、当我选择赝势基组lanl1mb时。从Molecular Orbital Coefficients:得到OA信息 ...

1 Molecular Orbital Coefficients里面给出的是基函数,而不是原子轨道,用词不应混淆。只不过lanl1MB或lanl2MB时一个基函数正好对应一个价层原子轨道。
lanl2DZ时候只有价层的轨道才分裂,所以一层亚价层P,一层双分裂的价层P,共三层P


2 我不知道你具体算什么,如果就算一个Au,显然不是闭壳层的,写R只会报错。
不收敛的可能原因很多,在确认结构基本合理、自旋多重度设定合理的前提下看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

完全没有必要自行写R。
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发表于 Post on 2017-5-9 20:03:18 | 只看该作者 Only view this author
sober老师你好!
请教下如上图所说的s=0的closed-shell singlet和open-shell singlet是怎样得到的。因为不太了解这个怎么计算,所以想请问一下老师。

WechatIMG15.jpeg (124.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

WechatIMG15.jpeg

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发表于 Post on 2017-5-9 20:27:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xyyan1207 于 2017-5-9 21:40 编辑
sobereva 发表于 2017-5-9 19:41
1 是
2 test不是练习,而是用来测试程序是否各方面功能都正常的。exploring那本书里自带的才叫练习文件
...

谢谢您的回复!

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发表于 Post on 2017-5-9 21:12:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-9 19:40
涉及因素很多,计算级别、溶剂的考虑、对反应机理的认识等等
就算光说溶剂,比如如果溶剂也参与了反应进 ...

谢谢sob老师,还有以下问题想请教老师
1.我用的B3LYP/6-311g(d,p)进行的优化,也用过其他基组算了气象和溶剂下的能垒,相差很小,是不是就可以认为基组的选择没多大影响呢?
2.现式方式考虑溶剂分子,不能用smd定义吧,许多参数都没法获得,是不是把溶剂分子优化好了分别和反应物,过渡态结构等的分子放一起在进行优化?
3.我的反应是硝基的重排反应,做了频率分析和IRC应该不会又很大的问题吧
学习!

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发表于 Post on 2017-5-9 22:09:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-9 19:53
1 Molecular Orbital Coefficients里面给出的是基函数,而不是原子轨道,用词不应混淆。只不过lanl1MB或l ...

1、能否理解为eg:PX,PY,PZgaussian基组线性叠加后拟合1个STO轨道,再对应实际原子的P轨道?
2、只采用lanl1mb时候Au价电子是5d^106s^1,是否1S,2PX,2PY2,PZ,3D0,3D+1,3D-1,3D+2,3D-2中的PXPYPZ基组是对应拟合Au最外层空轨道P?
3、看过多重度只算Au中参杂Ni的单链, 体系多重度为2 所以我选了(单电子为1)ROb3pw91,这样还是不收敛报错,我去看下您发的链接网址。如果直接b3pw91不是会得到两个Fock(alpha),Fock(beta)?我只想得到总的一个体系H。
谢谢sob老师  表达不清楚的地方请见谅
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-9 22:38:59 | 只看该作者 Only view this author
spank 发表于 2017-5-9 20:03
sober老师你好!
请教下如上图所说的s=0的closed-shell singlet和open-shell singlet是怎样得到的。因为不 ...

单重态的闭壳层态就是默认得到的,开壳层时候需要特殊设置,看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-9 22:41:02 | 只看该作者 Only view this author
小时候头很油 发表于 2017-5-9 21:12
谢谢sob老师,还有以下问题想请教老师
1.我用的B3LYP/6-311g(d,p)进行的优化,也用过其他基组算了气 ...

1 是
2 用显式溶剂的时候一般也都同时用隐式溶剂模型描述区域区域的溶剂效应,即杂化模型。把显式的溶剂分子以最合适的朝向摆在最可能影响反应的地方,然后再优化、找过渡态
3 如果你是指验证过渡态合理性,IRC走通了就说明肯定找对了
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785524519 发表于 2017-5-9 22:09
1、能否理解为eg:PX,PY,PZgaussian基组线性叠加后拟合1个STO轨道,再对应实际原子的P轨道?
2、只采用la ...

1 这跟STO毫无关系。只有STO-nG系列基组才是通过收缩来描述STO的,其它基组都和STO毫无联系
2 PXPYPZ是基函数不是基组。它们对应最外层空p
3 R和RO完全是两码事。RO比U难收敛得多。直接写B3PW91此时默认就是UB3PW91,alpha和beta部分单独输出。
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发表于 Post on 2017-5-9 22:52:33 | 只看该作者 Only view this author
老师您好
我想研究H2O溶液对反应A-H+B·→A·+B-H的影响,H代表氢原子
气态下,反应的过渡态已找到,并进行freq,irc验证,得到反应活化能
那么,现在计算H2O溶液下反应,是否考虑隐式溶剂模型就可行,采用关键词SCRF(SMD, solvent=water),其他关键词按气态反应设置
气态下过渡态是否可以直接作为H2O溶剂下反应过渡态
溶剂下寻找过渡态与计算反应活化能,基组选择上是否有不同
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2017-5-9 23:02:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-9 22:43
1 这跟STO毫无关系。只有STO-nG系列基组才是通过收缩来描述STO的,其它基组都和STO毫无联系
2 PXPYPZ是 ...

好的,感谢sob老师细心解答!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-10 00:43:39 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-5-9 22:52
老师您好
我想研究H2O溶液对反应A-H+B·→A·+B-H的影响,H代表氢原子
气态下,反应的过渡态已找到,并进 ...


基组不需要改
气态下过渡态的结构一般与使用scrf表现水环境时的差异不太,但如果求稳妥,可以在使用scrf下以气相结构为初猜再找一下
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发表于 Post on 2017-5-11 08:56:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-9 19:53
1 Molecular Orbital Coefficients里面给出的是基函数,而不是原子轨道,用词不应混淆。只不过lanl1MB或l ...

sob老师您好!我尝试了大部分的SCF试调设置,开始用UB3PW91很快收敛,后用guess=check和ROB3PW91,怎么都不收敛。报错Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000005909, rsp 00007fffffffba88, rbp 00007fffffffc060
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000005909, r8  00002aaaaaae9300
   r9  0000000000000000, r10 00007fffffffb850, r11 0000000000000206
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffffffc0a8
   r15 00002aaaab7c1050
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)
out文件末尾是:
              436           437           438           439           440
    436  0.291911D-01
    437  0.000000D+00  0.293004D-01
    438  0.000000D+00  0.000000D+00  0.293004D-01
    439  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.284921D-01
    440  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.284939D-01
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /home/yyb/software/Gaunssian/g09/l502.exe at Thu May 11 01:20:59 2017.
Job cpu time:  0 days  2 hours 42 minutes  7.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    145 Int=      0 D2E=      0 Chk=     10 Scr=      1
路径是:
# ROb3pw91/lanl2dz Pseudo=lanl2 geom=connectivity gfinput IOP(5/33=3) iop(3/33=1) pop=full guess=check SCF=vshift=500 scf(maxcyc=400) scf=conver=6
计算的out文件达到7.55G停掉,但是我只是算19个Au单链参杂1个Ni,这是内存不足的问题吗
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发表于 Post on 2017-5-11 09:19:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 扯淡夜夜夜 于 2017-5-11 09:24 编辑

请问老师,在用GaussView打开out文件时出现如图的错误,这是哪里出问题了,谢谢!

QQ截图20170511092054.jpg (28.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

出现的错误提示图片

出现的错误提示图片

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发表于 Post on 2017-5-11 11:10:56 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,优化好的结构在计算旋光时正负不一样,应该根据波兹曼分布进行拟合还是舍弃一些数据呢?拟合后的数据和实测数据正负不相同,是计算方法有问题吗?下面为输入代码
%nprocshared=16
%mem=6GB
#p b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=methanol)
geom=connectivity polar=optrot

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发表于 Post on 2017-5-11 12:24:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我想请教一下
1.IEF-PCM模型下溶剂中的自由能是怎么算的,看见很多说法,有人说用"Thermal correction to Gibbs Free Energy+溶剂中的单点能=溶剂中的Gibbs”,有的说是“Thermal correction to Gibbs Free Energy+溶剂中单点-气相下单点=溶剂中的自由能”,在计算时应该用哪一个?
学习!

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