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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-6-6 13:58:47 | 只看该作者 Only view this author
组里发展了一种新的力场,但是目前力场有一定的局限性,就是只做了中性体系的氨基酸参数,缺少带电氨基酸参数。接下来我想使用迷你小蛋白分子做MD模拟进而测试参数的可靠性,但是目前翻阅现如今流行力场的文献中所提供的小蛋白分子构型都包含带电氨基酸。所以请问老师和大家们,有没有知道哪种小蛋白分子是不含带电氨基酸的???非常感谢~~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-6 14:32:10 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2017-6-6 13:58
组里发展了一种新的力场,但是目前力场有一定的局限性,就是只做了中性体系的氨基酸参数,缺少带电氨基酸参 ...


就用一般的蛋白质力场计算不带电的就行
也有个别力场专门模拟真空下的,真空下蛋白质都是不带电的,或许某种程度能满足你的需要。但是这类力场用于水环境下的模拟结果肯定没有一般蛋白质力场好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-6-6 18:31:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-6 14:32
就用一般的蛋白质力场计算不带电的就行
也有个别力场专门模拟真空下的,真空下蛋白质都是不带电的,或 ...

老师,您说的真空下蛋白质不带电是指整体是电中性的嘛?但是我需要找到某一类不包含带电氨基酸(如不包含his,lys,arg,glu,asp)的蛋白或者多肽,从而用自己新开发的力场做蛋白折叠,因为缺少带电氨基酸的参数,所以需要找到这样的蛋白或多肽分子,但是目前自己根本没有找到这样的小蛋白呢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-7 08:41:31 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2017-6-6 18:31
老师,您说的真空下蛋白质不带电是指整体是电中性的嘛?但是我需要找到某一类不包含带电氨基酸(如不包含h ...


我说的不带电是指真空下残基既不会被质子化,质子也不会解离,即每个残基都是电中性的。真空下如果也按水环境那样质子化/去质子化,体系能量会非常高
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发表于 Post on 2017-6-7 17:45:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-7 08:41
我说的不带电是指真空下残基既不会被质子化,质子也不会解离,即每个残基都是电中性的。真空下如果也按 ...

老师 您说的对!那这样的体系在哪里可以找到,有相关文献记载真空蛋白结构嘛

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发表于 Post on 2017-6-7 23:55:44 | 只看该作者 Only view this author
老师我的体系中有一个 Se元素,我想用6-311+G(d,p)这个基组,我在EMSL网站上查,发现Se并没有这个基组,但是Gaussian 09的说明书里面说这个基组从H一直支持到Kr,直接写这个基组也不会报错能出结果。我想问在高斯里直接用这个基组没问题吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-8 10:17:27 | 只看该作者 Only view this author
jackie 发表于 2017-6-7 17:45
老师 您说的对!那这样的体系在哪里可以找到,有相关文献记载真空蛋白结构嘛


我所知范围内应该没有,本身这样大体系也没有实验手段能测(不像很小的小分子那样有一些技术手段,比如微波谱什么的能测)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-8 10:20:26 | 只看该作者 Only view this author
wbn 发表于 2017-6-7 23:55
老师我的体系中有一个 Se元素,我想用6-311+G(d,p)这个基组,我在EMSL网站上查,发现Se并没有这个基组,但 ...


Gaussian支持的pople基组是最全的,EMSL上有的pople基组的定义是从Gaussian里抠出来的
而且pople基组本身也有歧义。6-311G实际上pople本人的文章里只定义了前两周期,但是Gaussian中把其他人搞的第三、四周期基组也冠上了6-311G系列的名字,而EMSL中并没有把他们都算作6-311G基组。你在Gaussian里直接用6-311+G(d,p)给Se,从基组质量上讲完全没问题。

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发表于 Post on 2017-6-8 21:21:21 | 只看该作者 Only view this author
问个小问题,如果一个分子通过断键生成两个片段,比如A生成B+C,我如何判断B,C是自由基还是B,C是分子。
A断键生成B+C的过程能垒一直升高,并出现平台区,可认为是生成B,C自由基。
如果是断键经过一个能垒,然后能量又下降,可认为是生成B,C稳定分子。(因为B,C变为稳定结构分子会放出能量)
我这样的理解对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-8 23:23:10 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-6-8 21:21
问个小问题,如果一个分子通过断键生成两个片段,比如A生成B+C,我如何判断B,C是自由基还是B,C是分子。
A ...


如果原先体系是中性的,均裂就是自由基,异裂就是阴阳离子
哪种断裂最有可能,一种判断方式是比较哪种断裂后能量更低
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发表于 Post on 2017-6-9 14:23:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-8 23:23
如果原先体系是中性的,均裂就是自由基,异裂就是阴阳离子
哪种断裂最有可能,一种判断方式是比较哪种 ...

这个。。如何判断是均裂为自由基还是异裂为阴阳离子呢。。
比如C-C键断裂,scan过后的哪些数据可以表明是均裂还是异裂呢。

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发表于 Post on 2017-6-9 14:42:11 | 只看该作者 Only view this author
关于高斯超极化率β输出文件的解读。我将高斯输出文件放入Multiwfn进行parse之后,发现β各个分量关系如下:


K=  1 block:
                  1
      1        XXX
K=  2 block:
                1             2
      1        XXY
      2        XYY        YYY
K=  3 block:
                1                  2             3
      1        XXZ
      2        XYZ             YYZ
      3        XZZ             YZZ          ZZZ

可是 K=1,2,3以及一阶,二阶,三阶矩阵对应关系还是不太明白(找不到记忆的规律),故向sob老师咨询一下每个block具体是怎么归类的?
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发表于 Post on 2017-6-9 17:18:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能请教一下:文章中做了IRC该不该引用参考文献?是这一篇吗H. P. Hratchian and H. B. Schlegel, in Theory and Applications of Computational Chemistry: The First 40 Years, Ed. C. E. Dykstra, G. Frenking, K. S. Kim, and G. Scuseria (Elsevier, Amsterdam, 2005) 195-249?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-9 21:25:33 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-6-9 17:18
sob老师您好!能不能请教一下:文章中做了IRC该不该引用参考文献?是这一篇吗H. P. Hratchian and H. B. Sc ...

不要引这个。非要引IRC可以引Fukui的IRC原文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-9 21:26:28 | 只看该作者 Only view this author
万山红遍 发表于 2017-6-9 14:23
这个。。如何判断是均裂为自由基还是异裂为阴阳离子呢。。
比如C-C键断裂,scan过后的哪些数据可以表明 ...

诸如乙烷C-C断裂,显然均裂成两个CH3自由基比异裂成CH3+和CH3-更容易,所以平时谁也不会去研究后者
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