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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-6-12 11:24:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-12 00:53

高波长对应低激发能,程序正常情况是按照能量由低到高计算的,自然而然就把能算出来的高波长的所有态 ...

非常感谢sob老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-12 13:56:39 | 只看该作者 Only view this author
扯淡夜夜夜 发表于 2017-6-12 10:32
各位好,请问我在优化一个复合物时,其中一个片段的氢总是转移到另一个片段上去,而导致不收敛,这个问题如 ...

这不是不收敛的直接因素
氢是否转移和当前级别下势能面特征直接相关
如果你确信当前优化级别很合理,而你就是不想让氢转移,优化时对限制住键长避免转移走
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-6-12 18:45:38 | 只看该作者 Only view this author
刚接触Gaussian,想问Sob老师一个简单的问题,希望老师谅解。比如反应物R经过过渡态TS1生成IM1,我想找R与IM1的过渡态,比如反应物是乙烯与NO2的反应,反应物有两个怎么用GV表示呢?是直接在一个窗口内画出CH2=CH2与NO2么。反应物与过渡态相连的“前期复合物”有什么方法找呢?谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-12 19:55:54 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2017-6-12 18:45
刚接触Gaussian,想问Sob老师一个简单的问题,希望老师谅解。比如反应物R经过过渡态TS1生成IM1,我想找R与I ...

把CH2=CH2与NO2画出来,摆成合适的朝向,然后优化,得到的复合物结构中如果乙烯和NO2的朝向正好是易于反应的情况,应当就是反应复合物。
如果你不好确定,直接先优化出TS,走IRC,再对IRC反应物一段优化,就肯定是反应复合物了
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发表于 Post on 2017-6-12 21:00:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-12 13:56
这不是不收敛的直接因素
氢是否转移和当前级别下势能面特征直接相关
如果你确信当前优化级别很合理,而 ...

谢谢老师,我明白了

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发表于 Post on 2017-6-12 22:28:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-12 19:55
把CH2=CH2与NO2画出来,摆成合适的朝向,然后优化,得到的复合物结构中如果乙烯和NO2的朝向正好是易于反 ...

请问老师,CH2=CH2与NO2是分别画在两个View视窗下,还是把两个结构画在同一个view下呢?MS中是直接在一个窗口做的,之前用的是Dmol3中的LST/QST搜索的过渡态。可是这样过程太繁琐了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-13 00:12:59 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2017-6-12 22:28
请问老师,CH2=CH2与NO2是分别画在两个View视窗下,还是把两个结构画在同一个view下呢?MS中是直接在一个 ...

显然画在一起
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发表于 Post on 2017-6-13 08:57:38 | 只看该作者 Only view this author

还有一个问题,对过渡态跑了IRC后,末端结构是我想要的中间体IM2,但是首端发生了键旋转,与我预想的IM1结构键的位置上不一样,我想用opt moderdundant冗余对二面角进行键旋转,如果对首端优化连接的是IM1,还需要重新找过渡态吗?然后再对两端的结构优化,我的言语不是很到位,希望sob老师谅解。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-13 11:55:30 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2017-6-13 08:57
还有一个问题,对过渡态跑了IRC后,末端结构是我想要的中间体IM2,但是首端发生了键旋转,与我预想的IM1 ...


IRC跑长一些,如果想更可靠,IRC加上calcall关键词(虽然极为昂贵),此时首端是什么结构就是什么结构,比起自己猜想的更合理
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sobereva 发表于 2017-6-13 11:55
IRC跑长一些,如果想更可靠,IRC加上calcall关键词(虽然极为昂贵),此时首端是什么结构就是什么结构 ...

若把calcfc换上calcall关键词,计算时长也会增加吧
#p Um062x/6-311++g** IRC=(calcfc,LQA,maxpoint=100)
int=ultrafine这是我原来搜索IRC的关键词
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-13 13:02:37 | 只看该作者 Only view this author
didi_dudu 发表于 2015-3-18 15:43
请问一下常用ECP中如ECPXXMDF的MDF是什么意思?是multiconfiguration Dirac±Hartree±
Fock (MCDHF) 的进 ...


M即拟合赝势时用价层含多(multi)电子的体系的能量为标准来搞(与之相对的是S,用价层只保留一个电子阳离子模型,根据其轨道能量来搞)。DF就是Dirac-Fock
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发表于 Post on 2017-6-13 13:34:44 | 只看该作者 Only view this author

激发能

各位老师,激发能中的贡献该如何算呢,例如[img=0,1]file:///C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Tencent\Users\984051433\QQ\WinTemp\RichOle\N)PC$F`9GEOKY@[`PGRUKT0.png[/img] ,其它的贡献又有哪些,这个概念不太懂,谢谢,不吝赐教

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发表于 Post on 2017-6-13 14:44:42 | 只看该作者 Only view this author
参阅《电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算》http://sobereva.com/230
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发表于 Post on 2017-6-13 14:59:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chengxing545946 于 2017-6-13 15:26 编辑

Sob老师,您好,请问怎么样把gaussview里的图弄到chemdraw里进行键长键角的编辑,放大很多倍依然清晰。我尝试的做法是1:在Gaussview里将文件保存成tif图片格式,然后用chemdraw打开tif图片,可是这样做图片太大,窗口显示the objects will not fit in the document,打开之后只能显示整个分子的其中一小部分。2:在Gaussview里将分子保存成gif文件格式,然后拖到chem3D里,再将chem3D里的结构复制,粘贴到chemdraw里,可是这样图片就很模糊。请问老师如何将Gaussview里分子的这种球棍模型弄到chemdraw里以进行下一步的编辑,同时还能保证分辨率的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-13 16:21:23 | 只看该作者 Only view this author
dcckin 发表于 2017-6-13 13:34
各位老师,激发能中的贡献该如何算呢,例如,其它的贡献又有哪些,这个概念不太懂,谢谢,不吝赐教

《电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算》http://sobereva.com/230
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