简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

498746012 · 发表于 Post on 2017-5-24 11:59:43

sobereva 发表于 2017-5-24 02:23
看《原子电荷计算方法的对比》http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml
拟合静电势 ...

感谢老师您耐心的讲解，老师您辛苦了

ningchem · 发表于 Post on 2017-5-24 13:01:45

本帖最后由 ningchem 于 2017-5-24 13:26 编辑

老师您好
我尝试按照您的博文（http://sobereva.com/108）最后一节计算ClF3的ELF等值面时候出现了问题，
计算出的结果是下面的样子：

另外我还尝试计算了LOL和其他分子的ELF等值面，也是类似的结果。

请问问题是出在哪里？

我使用的操作系统是苹果Mac OS 10.11.6，
multiwfn是Version 3.3.9

谢谢老师！
忘记说了，是isovalue＝0.7的等直面

785524519 · 发表于 Post on 2017-5-24 22:42:52

sobereva 发表于 2017-5-24 02:32
1 你的这种说法太含糊。溶剂效应代表的是气相下和溶剂下计算结果各方面的差异，体现在电荷分布的不同、光 ...

谢谢sob老师的回复！我还没弄清楚溶剂效应，再了解一些后再来请教。感谢感谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-25 02:18:00

ningchem 发表于 2017-5-24 13:01
老师您好
我尝试按照您的博文（http://sobereva.com/108）最后一节计算ClF3的ELF等值面时候出现了问题，
...

用最新的3.4(dev)版即可解决（不过3.4(dev)目前还没给出Mac版，到了3.4正式版时候才会给出）
对于之前的版本，当绘制等值面的时候，如果格点数据三个方向格点数不同，由于老版本DISLIN图形库的bug，在显示时就会变成你图中这样。你可以把格点数弄相同再重新作图，也可以把格点数据导出成.cub然后用VMD等作图。

yaoyaoy · 发表于 Post on 2017-5-25 10:48:24

请问老师，在vasp中优化含有钴这样带有磁性原子的结构时，初始磁矩设置按照手册上设置，优化得到的OUTCAR文件中的磁矩发生变化，有的还会出现同一种原子有不同大小的磁矩，在接下来的优化中要怎么设置磁矩呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-25 11:03:10

yaoyaoy 发表于 2017-5-25 10:48
请问老师，在vasp中优化含有钴这样带有磁性原子的结构时，初始磁矩设置按照手册上设置，优化得到的OUTCAR文 ...

请在第一性原理板块发帖询问，分类选VASP

yaoyaoy · 发表于 Post on 2017-5-25 11:11:10

sobereva 发表于 2017-5-25 11:03
请在第一性原理板块发帖询问，分类选VASP

好的，老师。

498746012 · 发表于 Post on 2017-5-26 18:11:02

本帖最后由 498746012 于 2017-5-26 18:21 编辑

sob老师您好！能不能请教一下：一个有机分子我已经优化完了（B3LYP/6-31G** opt freq），我想算一下它的偶极矩，但是http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9%B5%C4%D1%A1%D4%F1 中老师您说6-31G**算偶极矩不好，所以我用B3LYP/def2SVP 用优化好的结构算了一个单点来得到偶极矩，这应该是用Mulliken charges算的偶极矩，如附件所示，但是http://muchong.com/html/201309/6357069.html 中老师您说用Mulliken电荷算偶极矩结果很差，就连整体分子的偶极矩都无法很好重现。是不是应该用B3LYP/def2SVP算完单点的fch文件导入到multiwfn中算一下ADCH电荷，保存成fch文件再用multiwfn算偶极矩？老师算偶极矩的时候需要加 dipole 关键词吗？学生愚钝，望老师赐教

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-27 05:58:22

498746012 发表于 2017-5-26 18:11
sob老师您好！能不能请教一下：一个有机分子我已经优化完了（B3LYP/6-31G** opt freq），我想算一下它的偶 ...

干嘛要考虑原子电荷，输出文件直接给出的偶极矩就是基于电子密度算的。除了ADCH原子电荷以外的原子电荷，对应的偶极矩都比基于默认输出的偶极矩准确度要低

算偶极矩必须带弥散函数，def2SVP根本不够，最起码也得是def2-SVPD。通常B3LYP/def2-TZVPD就能给出很好的偶极矩。

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-5-27 09:28:11

本帖最后由 meatball1982 于 2017-5-27 09:31 编辑

大家好。
我现在在学习Gaussian.正在看《exploring chemistry with electronic structure methods》一书的第二版（因为说第三版不如第二版，而且第三版现在没买到）。
书中有许多的练习例子，我尝试着找了一下，都是第三版本的(http://expchem3.com/)。
请问，有没有第二版本的例子的打包下载，或是我在哪里可以找到。
非常感谢。

1130240115 · 发表于 Post on 2017-5-27 09:34:13

第二版的例子和练习：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... peid%26typeid%3D175

498746012 · 发表于 Post on 2017-5-27 09:37:52

sobereva 发表于 2017-5-27 05:58
干嘛要考虑原子电荷，输出文件直接给出的偶极矩就是基于电子密度算的。除了ADCH原子电荷以外的原子电荷， ...

感谢老师在百忙之中给予回复

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-5-27 09:38:09

1130240115 发表于 2017-5-27 09:34
第二版的例子和练习：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=96&extra=page%3D1%26filter%3 ...

收到。已经下载，继续学习。
真是非常感谢。

二掌柜的 · 发表于 Post on 2017-5-27 18:45:56

...
               (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
               (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -2882.07984666    A.U. after  129 cycles
         Convg  = 0.9106D-06          -V/T =  2.0072
         S**2 = 0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public/home/lxg11wsr/software/gaussian03/g03/l502.exe at Fri May 26 14:22:11 2017.
Job cpu time:  4 days  8 hours 49 minutes 48.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 1439 Int=    0 D2E=    0 Chk=    62 Scr=    1

这是报错的部分，应该是不收敛，这应该从哪里更正？
谢谢

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-5-27 19:09:49

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-5-27 19:10 编辑

FAQ: http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

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不收敛出现I502报错

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