简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

misaki · 发表于 Post on 2017-5-31 17:29:21

sobereva 发表于 2017-5-31 16:51
原则上可以这样做，报错看具体情况。
但是这样做没什么意义，只基于之前小基组的结构就完了，没必要读取 ...

老师您的意思就是直接保存之前的结构进行优化？我用之前的结构重新优化，发现和之前的结构差别挺大的。
所以我就想用之前的波函数重新优化，我这个算的是过渡态，报的是l103错误

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-31 17:47:27

misaki 发表于 2017-5-31 17:29
老师您的意思就是直接保存之前的结构进行优化？我用之前的结构重新优化，发现和之前的结构差别挺大的。
...

是

解决看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

misaki · 发表于 Post on 2017-5-31 17:50:59

sobereva 发表于 2017-5-31 17:47
是

解决看

老师我看报错前的结构变化，和之前的基组泛函偏离的也是比较远的。是否可以说明不同基组泛函得到的结构可能会不一样？

785524519 · 发表于 Post on 2017-5-31 23:06:42

sob老师我选用优化的金属链计算，结构也用优化后的结果：# B3LYP/6-31G* scrf td(nstates=3,root=1) density out=wfn
报错为Error termination via Lnk1e in E:\Program Files\gaussian09\l9999.exe at Wed May 31 22:54:22 2017.
请问这是什么原因出错？

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-1 06:30:42

785524519 发表于 2017-5-31 23:06
sob老师我选用优化的金属链计算，结构也用优化后的结果：# B3LYP/6-31G* scrf td(nstates=3,root=1) densit ...

贴具体报错提示，不要贴lxxxx出错

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-1 06:39:36

misaki 发表于 2017-5-31 17:50
老师我看报错前的结构变化，和之前的基组泛函偏离的也是比较远的。是否可以说明不同基组泛函得到的结构可 ...

可

785524519 · 发表于 Post on 2017-6-1 09:11:25

sobereva 发表于 2017-6-1 06:30
贴具体报错提示，不要贴lxxxx出错

麻烦sob老师了：
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX=          -487.8134 YYYY=          -487.8134 ZZZZ=       -23857.2500 XXXY=             0.0000
XXXZ=             0.0000 YYYX=             0.0000 YYYZ=             0.0000 ZZZX=             0.0000
ZZZY=             0.0000 XXYY=          -162.6045 XXZZ=       -10764.7824 YYZZ=       -10764.7824
XXYZ=             0.0000 YYXZ=             0.0000 ZZXY=             0.0000
N-N= 3.689027822200D+02 E-N=-4.629431976737D+03  KE= 1.615090915331D+03
Symmetry AG KE= 6.907894778262D+02
Symmetry B1G  KE=-2.108533023181D-33
Symmetry B2G  KE= 5.838898755213D+01
Symmetry B3G  KE= 5.838898755212D+01
Symmetry AU KE= 2.322848066936D-33
Symmetry B1U  KE= 6.907511622815D+02
Symmetry B2U  KE= 5.838615005968D+01
Symmetry B3U  KE= 5.838615005968D+01
1|1|UNPC-USER-87PPE5LKIB|SP|RB3LYP TD-FC|6-31G(d)|Na10|ADMINISTRATOR|3
1-May-2017|0||# B3LYP/6-31G* scrf td(nstates=3,root=1) density out=wfn
||Na_10_2.89||0,1|Na,0,0.,0.,15.050448|Na,0,0.,0.,11.837233|Na,0,0.,0.
,8.313282|Na,0,0.,0.,5.101686|Na,0,0.,0.,1.604987|Na,0,0.,0.,-1.604987
|Na,0,0.,0.,-5.101686|Na,0,0.,0.,-8.313282|Na,0,0.,0.,-11.837233|Na,0,
0.,0.,-15.050448||Version=IA32W-G09RevD.01|State=1-SGG|HF=-1622.990497
1|RMSD=6.202e-009|Dipole=0.,0.,0.|Quadrupole=-10.1245636,-10.1245636,2
0.2491273,0.,0.,0.|PG=D*H [C*(Na1Na1Na1Na1Na1.Na1Na1Na1Na1Na1)]||@
Blank file name read.
Error termination via Lnk1e in E:\Program Files\gaussian09\l9999.exe at Wed May 31 22:54:22 2017.
Job cpu time:    0 days  0 hours  3 minutes 39.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    78 Int=    0 D2E=    0 Chk=    8 Scr=    1
结尾输出没明显看出哪里出错

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-1 13:32:32

785524519 发表于 2017-6-1 09:11
麻烦sob老师了：
Hexadecapole moment (field-independent basis, Debye-Ang**3):
XXXX= -4 ...

Blank file name read.
没读到wfn文件输出路径。

785524519 · 发表于 Post on 2017-6-1 15:04:29

sobereva 发表于 2017-6-1 13:32
Blank file name read.
没读到wfn文件输出路径。

谢谢sob老师

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-6-1 15:13:26

本帖最后由 meatball1982 于 2017-6-1 15:18 编辑

大家好。

我在重复<<Explor Chem >>第二版的一个练习exercise 8.2(8_02b)过程中，遇到了问题。

例子是通过伸长C-H的键，扫描能量，研究断键过程。

% CPU=0-11
% mem=32GB
% GPUCPU=0-3=0-3
#T UQCISD(T,E4T) 6-311++G(D,P) Scan IOP(2/16=1) Test

CH4->CH3+H PES Scan (RQCISD)

0 1
C
H 1 R
H 1 1.086 2 109.49
H 1 1.086 2 109.49 3 120.
H 1 1.086 2 109.49 3 -120.

R 0.75 40 0.2

我将键长变的更加的长。
我现在，希望使用cbs方法，代替现有的方法。
根据g09的手册，

"只能用于能量计算",于是，我通过cbs计算能量(我选择的是CBS-QB3)，通过"UHF/3-21G*" 优化结构。

% chk=./ch4_cbs.chk
% CPU=0-11
% mem=32GB
% GPUCPU=0-3=0-3
# CBS-QB3 //UHF/3-21G* Scan Test

CH4->CH3+H PES Scan (RQCISD)

0 1
C
H 1 R
H 1 1.086 2 109.49
H 1 1.086 2 109.49 3  120.
H 1 1.086 2 109.49 3 -120.

R 0.75 40 0.2

计算没有出错，是"Normal termination of Gaussian 16"
但我用gauss view 5 open log文件时，

出现了Error
ConnectiionGLOG::Parse_Gauss_Coord()
Failure reading oriented atomic coordinates
Line Number 2209
的错误，
我看了一下log的2209行。

2202  ----------------------------------------------------------------------
2203
2204  Dipole orientation:
2205    6       -0.00000000       0.00000000       0.12463451
2206    1       0.00000000       -0.00000000       -1.93590863
2207    1       1.94319438       0.00000000       0.81220869
2208    1       -0.97159719       1.68285570       0.81220869
2209    1       -0.97159719       -1.68285570       0.81220869

我看不出有什么问题，
通过
onnectiionGLOG::Parse_Gauss_Coord()
我google了一下。
https://www.researchgate.net/pos ... Gaussian_Error_mean
说是得到的构象unusual,gauss view 画不了。

我想问的是，如何解决才能读入log文件。

我希望提取能量。

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-1 15:18:39

meatball1982 发表于 2017-6-1 15:13
大家好。

我在重复第二版的一个练习exercise 8.2(8_02b)过程中，遇到了问题。

CBS-QB3根本没法做scan
稍微看一点热力学组合方法的基本知识你就会明白为什么

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-6-1 15:29:12

sobereva 发表于 2017-6-1 15:18
CBS-QB3根本没法做scan
稍微看一点热力学组合方法的基本知识你就会明白为什么

sobereva:
非常感谢你的回复。
我看了g09手册，CBS方法只能计算能量，所以才用
UHF/3-21G进行优化，只是通过CBS计算能量。
01.如果不能通过CBS进行scan.我可不可以通过其它的基组和方法实现scan，将scan过程中的各个构象提取出来，分别用CBS方法计算能量，如果这样行不通，是不是说通过CBS相关的方法（主要是想更加精确）就无法实现scan的过程。
02.sobereva，能不能推荐“热力学组合方法的基本知识”的书籍。我自己研究研究。

再次感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-1 17:42:08

meatball1982 发表于 2017-6-1 15:29
sobereva:
非常感谢你的回复。
我看了g09手册，CBS方法只能计算能量，所以才用

CBS系列热力学组合方法目的不是算能量，而是算热力学数据，其中已经包含了优化、振动分析等步骤，根本就不可能和scan结合使用

meatball1982 · 发表于 Post on 2017-6-1 21:28:18

sobereva 发表于 2017-6-1 17:42
CBS系列热力学组合方法目的不是算能量，而是算热力学数据，其中已经包含了优化、振动分析等步骤，根本就 ...

谢谢sobereva.
基本明白你的意思了。
关于《热力学组合方法》的相关内容，还在找和看。

ygao_ustc · 发表于 Post on 2017-6-1 21:49:00

老师您好！我在用vasp算能带投影（考虑到SOC的情况），得到PROCAR。我发现有的能带有的k点的投影是0，就是说对于每个原子每个轨道的投影都是0。这是我算错了吗？怎样理解这种现象呢？

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