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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-5-27 20:20:37 | 只看该作者 Only view this author
这年头还在用G03的应该请进博物馆的玻璃罩里了

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发表于 Post on 2017-5-27 23:00:13 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!先祝您端午节快乐。有几个问题想请教一下。1、gaussian09计算激发态可以采用气相模型和溶剂模型(+scrf),是否要采用TDDFT中的线性响应理论计算只能用溶剂模型计算(最常用的是PCM)?2、溶剂效应分显示溶剂和隐式溶剂(溶剂主要效果是对溶质产生极化),我想算金属体系的电子激发是否用隐式溶剂,其中调节eps,epsinf就相当于调节溶剂的类型?是否如此调节等价于调节体系外加电场大小下电子发生激发?3、但计算激发态时候控制激发电子数的设置是nstates=N,与2同时控制电子激发态个数和激发能吗?4、查看IOP只得到IOP=(6/8=3)输出密度矩阵,怎么才能得到隐式溶剂模型下溶质、溶剂(溶剂)的电荷分布和电势的数据呢?5、想用gaussian09中TDDFT线性响应理论计算金属体系的电子激发态的电荷分布和电势,请问sob老师有没有什么建议?
之前提问过回去思考下,结果思路有点乱,问题也多。希望sob老师抽空解答下。谢谢您!
你生而有翼,为何竟愿一生匍匐前进,形如虫蚁?-——贾拉尔•阿德丁•鲁米

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-28 04:50:50 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-27 23:00
sob老师您好!先祝您端午节快乐。有几个问题想请教一下。1、gaussian09计算激发态可以采用气相模型和溶剂模 ...


1 意义不明。如果你要以线性响应方式考虑溶剂效应,那显然必须是用隐式溶剂模型,气相下计算根本不牵扯这个概念
2 通常用隐式溶剂模型,但显式也不是不能用,只不过比较麻烦。隐式溶剂模型下主要靠eps、epsinf决定溶剂特征,但当需要考虑非极性作用时,还牵扯其它参数。这没法简单说成等价于“调节外加电场”。
3 那不叫控制激发电子数,那指的是算几个激发态
4 诸如# B3LYP/6-31G* TD(root=x) SCRF density out=wfn,末尾空一行写wfn文件输出路径,则计算完了.wfn文件里就有x激发态的密度,可以用Multiwfn做各种分析,包括计算原子电荷、静电势等。
5 问题不明确

参阅
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-5-28 09:52:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-5-28 04:50
1 意义不明。如果你要以线性响应方式考虑溶剂效应,那显然必须是用隐式溶剂模型,气相下计算根本不牵扯 ...

感谢sob老师!祝假期美满!
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发表于 Post on 2017-5-28 16:29:32 | 只看该作者 Only view this author

冻结原子后优化出虚频

Sob老师 我冻结了HCl分子的键长 研究它和我的目标分子的相互作用  但优化后在我冻结的原子处出现了虚频  是我的初始构型有问题吗

1-1-fixed-21.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-29 05:20:40 | 只看该作者 Only view this author
好好学习 发表于 2017-5-28 16:29
Sob老师 我冻结了HCl分子的键长 研究它和我的目标分子的相互作用  但优化后在我冻结的原子处出现了虚频  是 ...

根本就没必要冻结,冻结毫无意义,还导致因为优化不到真正极小点可能导致虚频
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发表于 Post on 2017-5-30 15:07:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 785524519 于 2017-5-30 15:09 编辑

sob老师我采用全电子轨道(B3LYP/6-31g)计算10个Na原子链,基组轨道是10*13 ,fock和重叠积分矩阵大小都是130*130 ,但是为什么算出来的能级数是128,比130少了2?能级数不应该和FOCK矩阵大小对应吗
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-30 15:58:31 | 只看该作者 Only view this author
785524519 发表于 2017-5-30 15:07
sob老师我采用全电子轨道(B3LYP/6-31g)计算10个Na原子链,基组轨道是10*13 ,fock和重叠积分 ...

可能高斯自动去除了线性依赖基函数,导致维度降低了
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发表于 Post on 2017-5-30 17:39:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2017-5-30 18:12 编辑

祝老师端午节快乐!gaussview中,如何把一个分子和另外一个虚原子设置成一个整体(图片中2号虚原子和左边的分子怎么捆绑到一起)?这样就可以把它们当作一个整体,三个虚原子调整角度。我的做法是把分子和虚原子设置化学键,这样他们就可以一起动了。但是感觉这样太罗嗦,提交计算的时候还得删除化学键,不知道老师有没有其它办法?还有,生成gjf文件的时候能不能设置一下不保存虚原子的坐标?生成的gjf文件中有虚原子坐标。


2017-05-30 17:30:11屏幕截图.png (45.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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发表于 Post on 2017-5-31 14:20:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我计算CH4+O2→CH3•+HO2• 反应,考虑氧气为三重态,将CH4设置为Fragment1 O2设为Fragment2,电荷与自旋多重度设置为:0 3 0 1 0 3
对于氧气这样的对称破缺态,是否还需要添加guess=mix等关键词

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-31 14:25:03 | 只看该作者 Only view this author
subway110 发表于 2017-5-31 14:20
sob老师,我计算CH4+O2→CH3•+HO2• 反应,考虑氧气为三重态,将CH4设置为Fragment1 O2设为Frag ...


当你试图算单重态氧与CH4反应才可能用得着guess=mix,体系整体是三重态时候默认设置就可以。
当前情况片段设置毫无意义,不要设。
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发表于 Post on 2017-5-31 16:32:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下我用小基组优化的结构然后读取波函数,用不同的泛函和基组继续优化,总是报错。是否就可以说不能这样做

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-31 16:51:28 | 只看该作者 Only view this author
misaki 发表于 2017-5-31 16:32
老师,我想问一下我用小基组优化的结构然后读取波函数,用不同的泛函和基组继续优化,总是报错。是否就可以 ...

原则上可以这样做,报错看具体情况。
但是这样做没什么意义,只基于之前小基组的结构就完了,没必要读取波函数
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发表于 Post on 2017-5-31 17:02:56 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算输入文件中溶剂书写正确,提交作业总是出错

本帖最后由 xiaojingling016 于 2017-5-31 17:04 编辑

最近计算一些有溶剂的东西,比如tetrachloroethylene,butyronitrile等,在输入文件关键词部分    [size=13.3333px]scrf=(iefpcm,solvent=tetrachloroethylene),不知道为什么,作业一提交就出错,溶剂拼写没错误,不知道咋回事


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-31 17:22:02 | 只看该作者 Only view this author
xiaojingling016 发表于 2017-5-31 17:02
最近计算一些有溶剂的东西,比如tetrachloroethylene,butyronitrile等,在输入文件关键词部分    scrf=(ie ...

明显写得不对,你到http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm里面搜,明显搜不到你的这两种溶剂写法
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