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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2017-6-3 11:15:14 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师和同学,谁能用比较通俗的说法解释一下deformation electronic density和differential charge density两个概念的最本质区别吗?如果能附带一些学习资料就更好了!非常感谢!

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发表于 Post on 2017-6-3 11:49:13 | 只看该作者 Only view this author

△H 的计算

   Figure 2中的 △H 怎么计算得到的呢?怎么统计的数值呢?谢谢!


Figure 2.png (29.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

Figure 2.png

Highly Efficient Carbon Monoxide Capture by Carbanion-Functionalized Ionic Liqui.pdf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-3 13:17:12 | 只看该作者 Only view this author
物理小笨 发表于 2017-6-3 11:15
请问各位老师和同学,谁能用比较通俗的说法解释一下deformation electronic density和differential charge  ...

使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
变形密度是密度差的特例
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-3 13:17:56 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-6-3 11:49
Figure 2中的 △H 怎么计算得到的呢?怎么统计的数值呢?谢谢!


计算出H,求差值
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发表于 Post on 2017-6-3 15:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-6-3 13:17
计算出H,求差值

文献只提到用M06-2x/6-311G++(d,p)计算binding △H  跟您说的意思是一样的吗?

图.png (78.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

图.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-3 19:26:36 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2017-6-3 15:47
文献只提到用M06-2x/6-311G++(d,p)计算binding △H  跟您说的意思是一样的吗?

说明他用的是图中的粗糙方法
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发表于 Post on 2017-6-4 08:53:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,虚原子出现在坐标中会影响计算吗?是不是提交计算时必须把虚原子删除(位置调整好后)?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-4 11:58:00 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2017-6-4 08:53
sob老师,虚原子出现在坐标中会影响计算吗?是不是提交计算时必须把虚原子删除(位置调整好后)?谢谢老师!

不影响计算
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发表于 Post on 2017-6-5 17:10:37 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在读文献的时候发现了他用的一个基组,但是怎么找也找不到他说的(541/541/311/1)基组。我在https://bse.pnl.gov/bse/portal和文献中没有找到所描述的这类基组。我将文献出处和参考文献附上,还请老师看看,是什么问题?(我之前问过您说lan ecp中没有相对论效应)不知道是不是该提这样一个很具体,非理论的问题。



1.jpg (92.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

1.jpg

2.jpg (45.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

2.jpg

33HayP.pdf

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34.pdf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-5 19:13:48 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2017-6-5 17:10
sob老师,我在读文献的时候发现了他用的一个基组,但是怎么找也找不到他说的(541/541/311/1)基组。我在http ...

(541/541/311/1)只是对基组特征的描述,没有具体指代
不要去学他们,就用这里推荐的基组足矣
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

如果非要用一模一样的,去看引用的文献,自行写基组定义
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发表于 Post on 2017-6-5 20:36:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!能不能打扰您一下:我用您推荐的Multiwfn计算了中心金属的价态,我该引用哪些参考文献?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-6 08:58:21 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2017-6-5 20:36
sob老师您好!能不能打扰您一下:我用您推荐的Multiwfn计算了中心金属的价态,我该引用哪些参考文献?


一方面引用Multiwfn,见官网上download页面的引用方式说明;另一方面引用LOBA方法原文,即Phys. Chem. Chem. Phys., 2009, 11, 11297–11304
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发表于 Post on 2017-6-6 09:49:38 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,老师您辛苦了

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发表于 Post on 2017-6-6 10:30:41 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,想请教您两个问题:
1.体系中有配位键的情况下,是不是需要手动设置电子数,实际电子数=高斯默认电子数-配位键数?
2.上述情况下,手动设置电子数后再做stable是否有意义?(高斯会因为我自己调了电子数而认为波函数不稳定吗?)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-6-6 12:56:06 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2017-6-6 10:30
sob老师,想请教您两个问题:
1.体系中有配位键的情况下,是不是需要手动设置电子数,实际电子数=高斯默认 ...

1 计算设的是体系净电荷和自旋多重度,不是设电子数。和配位键数也没有直接联系
2 如果你不知道当前的自旋多重度设定是否合理,是否对应基态,可以用stable关键词检测

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